プレミックスシーケンス解析(8連チューブ/96ウェルプレート)

プレミックスシーケンス(8連チューブ)Q&A

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<サンプルに関する疑問>

Q1 依頼書の「サンプル情報」の書き方がわかりません。
A1  「8連チューブ記載名」には、実際に送付いただくサンプルチューブに記載の文字をご記入ください。1本での送付の場合やサンプルチューブ記載名が無い場合には空欄で構いません。
「データ名称」は、ご記入の文字が納品ファイル名になります。半角英数字とドット(.)、ハイフン(-)、アンダーバー(_)が使用可能です。空欄の場合には弊社IDで納品いたします。
「備考欄」には、PCR産物あるいはプラスミドDNAの記載やサイズなどをご記入ください。必須ではありませんが、納品データ確認時の参考にさせていただきます。
「空ウェル」には、8連チューブ中にサンプルが入っていないウェルがある場合に○印をご記入ください。○印のウェルのデータは省いて納品いたします。
Q2 8連チューブ中にPCR産物のウェルとプラスミドDNAのウェルが混在していてもかまいませんか?
A2  構いません。例えば、AウェルとBウェルをPCR産物、CとDをプラスミドDNA、EFGHが空ウェルという場合でも解析できます。
Q3 サンプルの送付方法を教えてください。
A3  8連チューブの蓋をしっかり閉めて、漏れのないようにします。複数本の送付がある場合には依頼書「8連チューブ記載名」に記入する名称をチューブに油性ペンなどで書いてください。 A~Hまたは1~8などが予め8連チューブに記載されていない場合には、A~Hのウェル識別名も書き加えてください。 適当な緩衝材でチューブを包み、破損のない状態にして、冷蔵便または冷凍便で平日午前着にて依頼書同梱のうえ送付してください。
Q4 PCR産物は精製済みのものを入れるのでしょうか?
A4  はい、精製済み(dNTP除去、PCRプライマー除去)のPCR産物をご提供ください。
クルードな鋳型を増幅するようなPCRキットをご使用の場合には、バッファー交換を伴う精製を行うことを推奨します。
Q5 100 bp以下のPCR産物でも解析できますか?
A5  解析自体は可能ですが、解析精度の良いデータを得るのは非常に難しいです。 キャピラリー式のシーケンサーを使用して解析いたしますが、この機器の特徴として解析始めの波形シグナルの分離が悪い傾向があります。 そのため、鋳型長が100 base以下ですと解析できる長さが数十ベースから数ベースになることが多く、ベースコールがうまくできない場合もあります。
Q6 データ不良の場合、再解析をしてもらえるのですか?
A6  基本的には再解析は行いません。なお、シーケンスごとにポジティブコントロールを入れて同時に解析しています。 ポジティブコントロールが不良の場合にはすべての解析の再解析を実施しています。
Q7 BACやFosmidの場合の濃度について教えてください。
A7  プラスミドDNAと同じ濃度または2倍量程度で良好なデータが得られた実績があります。参考としてください。
Q8 サンプルを発送したいのですが、土日の受取りは可能でしょうか?
A8  申し訳ございませんが、土日祝日の受取りはできません。平日午前着指定で送付してください。
Q9 サンプルを送付したのですが、受領メールが届きません。
A9  サンプル受領メールは到着日の午後にお送りしています。また、午後着分は翌営業日にお送りしますのでご了承ください。

<データに関する疑問>

Q10 ORIGINALとPeakTraceの2種類のデータがあります。
A10  ORIGINALのデータは従来の納品データです。シーケンサー付属のKBベースコーラーで蛍光値を塩基配列に置換しています。全ての塩基をAGCTのいずれかに変換します。Nは存在しません。
PeakTraceは2018年10月より納品物に追加しています。Nucleics社のPeakTraceベースコーラーを用いて、蛍光値を塩基配列に置換しています。長鎖領域のクオリティの向上・波形ピークの外観が改善され、長鎖のシーケンス解析にお勧めです。ノイズなどのquality scoreが5以下の塩基はNとなります。quality scoreが5を超える塩基はAGCTのいずれかに変換します。
両ベースコーラーは同じ蛍光値を用いて塩基置換しています。

<WEB納品に関する疑問>

Q11 納品のメールが3日経っても届きません。
A11  受領メールに記載の6310PT-****の番号を077-565-6999までご連絡ください。また、納品メールはタカラバイオでの自動送付となり、お客様のメール設定によってはジャンクメールに振り分けられる場合がありますので、今一度ご確認ください。 なお、ポジティブコントロール不良による納品の遅れの場合には、サンプル受領後3日以内にメールでご連絡しております。ご確認をよろしくお願いいたします。
Q12 納品メールを複数人に送付してほしいのですが。
A12  ご依頼時の依頼書に送付先のメールアドレスをご記入ください。オンライン注文の場合にはご連絡先確認画面のコメント記入欄にご記入ください。 ご依頼の度にご記入いただく必要があります。

<WEB会員IDに関する疑問>

Q13 WEB会員IDを共有したいのですが。
A13  原則、会員様おひとりに対して1つのIDでご登録ください。
Q14 WEB会員IDまたはパスワードを忘れました。
A14  WEB会員新規登録・変更画面の「すでにWEB会員にご登録いただいている方へ」下部の「ID、パスワードをお忘れの方はこちらへ」をクリックし、メールアドレスをご記入ください。ご記入いただいたメールアドレスへ会員IDとパスワードをお知らせいたします。
Q15 WEB会員IDの登録内容を変更したいのですが。
A15  WEB会員新規登録・変更画面の「すでにWEB会員にご登録いただいている方へ」から、ユーザーIDとパスワードを入力しログイン後、登録内容を変更してください。

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