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ThruPLEX® Plasma-seq Kit Q&A

Q1 ThruPLEX Plasma-seq Kitで使用できるサンプルの種類は?
A1 ThruPLEX Plasma-seq Kitは、血漿から精製されたcell-free DNAからイルミナ社NGS用のDNAライブラリーを作製するよう設計されています。ThruPLEX Plasma-seq Kitは、幅広いGCカバレッジの多様なライブラリーを作製できるよう改良され、1~30 ngのcell-free DNAで再現性の高い結果を得ることができます。
用途インプットサンプルの種類推奨インプット量
血漿由来DNAのシーケンス・リキッドバイオプシー;ctDNA解析、ターゲットシーケンス血漿から精製されたcell-free DNA1~30 ng


Q2 ThruPLEX Plasma-seq Kit とThruPLEX DNA-seq Kitは何が違うのか?
A2 ThruPLEX Plasma-seq Kitは、血漿から精製されたcell-free DNA用に最適化したキットです。Cell-free DNAの断片化は必要なく、プロトコールが異なります(Q3参照)。

Q3 ThruPLEX Plasma-seq KitとThruPLEX DNA-seq Kitのプロトコールはどういう点が異なるか?
A3
  • テンプレート調製ステップ:処理液量と処理温度が異なります。
  • ライブラリー合成ステップ:反応液量と反応温度が異なります。
  • ライブラリー増幅ステップ:反応液量と増幅サイクル数が異なります。

Q4 ThruPLEX Plasma-seq Kitの試薬を、ThruPLEX DNA-seq Kitの試薬で代用できるか?
A4 いいえ、ThruPLEX Plasma-seq Kitの試薬は他のキットで使用することはできません。

Q5 どの様なインデックスやバーコードが用意されているか?
A5 ThruPLEX Plasma-seq 12S Kitおよび48S Kitには、チューブまたは96ウェルプレートに分注されたイルミナNGS用の8塩基シングルインデックスが含まれています。これらのインデックス配列は、英国ケンブリッジのWellcome Trust Sanger Instituteによって開発されたものです。インデックス配列については、Nature Methods(2010)7(2), 111-118.をご覧ください。
ThruPLEX Plasma-seq 96D Kitには、96ウェルプレートに分注されたイルミナ社TruSeq HT i5およびi7デュアルインデックスが含まれています。i5インデックスにはD501~D508配列があり、i7インデックスにはD701~D712配列があります。
インデックスの詳細については、ThruPLEX Plasma-seq Kitの取扱説明書のAppendix 1をご覧ください。

Q6 血漿からのcell-free DNAの精製に推奨される方法はあるか?
A6 ThruPLEX Plasma-seq Kitは、QIAamp Circulating Nucleic Acid Kit(Qiagen社、Code No.55114)を用いて調製したcell-free DNAで最適化されています。
インプットDNAを溶解するバッファーのTrisおよびEDTAの濃度は、それぞれ10 mMおよび0.1 mMを超えてはいけません。リン酸塩を含むバッファーは使用できません。

Q7 血液採取にはどのような採血管を使用すればよいか?
A7 Vacutainer Venous Blood Collection Tubes with K2 EDTA(Becton Dickinson社、Code No.36643)で採取した血液を使用しています。
詳細な手順については、こちらをご覧ください。

Q8 血液からの血漿調製はどのようにしたらよいか?
A8 血漿は、ダブル遠心分離プロトコールを用いて血液から分離する必要があります。調製済みの血漿サンプルは、cell-free DNAを精製するまで-80℃で保存してください。
詳細な手順については、こちらをご覧ください。

Q9 尿や他の生体液から精製したcell-free DNAはThruPLEX Plasma-seq Kitで使用できるか?
A9 ThruPLEX Plasma-seq Kitはヒト血漿から分離されたcell-free DNAに最適化されていますが、他の生体液由来の分解したDNAでも使用できる可能性があります。血漿以外のサンプルを用いる場合は、最初にDNA抽出/精製キットでcell-free DNAを抽出しなければなりません。これらのサンプルから得られたcell-freeDNAは通常、分解を受けて断片化しているので、さらに断片化を行う必要はありません。各反応でのcell-free DNAのインプット量は10 μlを超えない様にしてください。

Q10 ThruPLEX Plasma-seq Kitと組み合わせて使用できるターゲット濃縮システムはあるか?
A10 ThruPLEX Plasma-seq Kitは、Agilent SureSelect、Roche NimbleGen SeqCap EZなどの主要なエクソームおよびターゲット濃縮製品と組み合わせて使用可能です。ThruPLEX Plasma-seq Kitのターゲット濃縮プロトコールとアプリケーションノートは、http://rubicongenomics.com/applications/enrichment/でご覧ください。
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