pBR322ベクターを制限酵素Ava Iで1ケ所切断した直鎖DNAをBAL 31 Nuclease単独、またはExonuclease IIIとS1 Nucleaseの組合せによって、限定分解した例を以下に紹介する。

* 5 × BAL 31 Buffer
  100 mM Tris-HCl（pH8.0）、60 mM CaCl2、60 mM MgCl2、5 mM EDTA、3 M NaCl

* 10 × Exo III Buffer
   660 mM Tris-HCl（pH8.0）、770 mM NaCl、50 mM MgCl2、100 mM DTT

** 5 × S1 Buffer
    250 mM 酢酸ナトリウム緩衝液（pH5.0）、1 M NaCl、5 mM 酢酸亜鉛

BAL 31 Nucleaseは220～1000塩基前後と大きく切除する目的に適しており、Exonuclease III は数10～数100の少ない塩基の切除に適している。BAL 31 Nucleaseの場合、塩基依存性が強いといわれているため、反応の進みにくいDNAの場合は、塩基の影響の少ないExonuclease IIIを用いて時間をかけて分解するのがよい。生成したDNA fragmentが平滑末端である確率はいずれの場合でも10％前後なので、Klenow Fragment（またはT4 DNA Polymerase）により末端修復を行う方が、ライゲーション効率を高めることができる。

図1 BAL 31 NucleaseによるpBR322 DNA Ava I フラグメントの分解
DNAは前記条件で、BAL 31により約2,400 base/3 min（約400 base/min/end）の割合で分解された。

図2 Exo III によるpBR322 DNA Ava I フラグメントの分解
DNAは前記条件で、約1,400 base/40 min（約17.5 base/min/end）の割合で分解された。