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EpiXplore™ Methylated DNA Enrichment Kitで濃縮後、EpiScope® Promoter qPCR Arrayで解析した例

HeLa S3細胞、A549細胞から抽出したゲノムDNAを超音波処理により断片化し、各2.0 μgをEpiXplore Methylated DNA Enrichment Kitによるメチル化DNAの濃縮に用い、最終的にそれぞれ60 μlの非結合画分(FT)および結合画分(EL)の濃縮物を得た。1反応あたり1 μlの濃縮物をリアルタイムPCRの鋳型として使用し、EpiScope Promoter qPCR Array (Human)SYBR Premix Ex Taq GC (Perfect Real Time)を用いてリアルタイムPCRを行った。解析結果を図1に示す。

EpiScope Promoter qPCR Array (Human)での解析結果
図1. EpiScope Promoter qPCR Array (Human)での解析結果
EpiXploreの非結合画分および結合画分のDNAをリアルタイムPCRで解析し、各画分の定量値をパーセンテージで表した(青:非結合画分、赤:結合画分)。いくつかの遺伝子において、細胞の種類により濃縮度合いが大きく異なることが確認され、これらの遺伝子の転写開始点上流付近のDNAメチル化状態に違いがあることが示唆された。なお、A549のCDKN2AとCDKN2Bは、非結合画分、結合画分ともに検出されなかった。
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