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Exiqon社のmiRCURY LNA™ microRNA Array使用例

『Exiqon社のmiRCURY LNA microRNA Array』は、LNA(Locked Nucleic Acid)によりTm値が正規化され、かつバリデーション済みのプローブが搭載されているため、高感度で非常に再現性の高い網羅的な発現解析が可能になっている。『miRCURY LNA microRNA Hi-Power Labeling Kit』は、microRNA解析用に蛍光ラベルできるキットで、miRCURY LNA microRNA Arrayでの解析に最適化されている。ラベリングRNAはmicroRNAの濃縮やその他の操作を加えることなく直接、ハイブリダイゼーションに使用することができる。
LNA(Locked Nucleic Acid)とは?
RNA誘導体であるLNAは、メチレン架橋が加えられた人工核酸であり、核酸鎖の構造変化を制限することで相補的なDNAやRNAに対する熱安定性が上昇し、非常に高い結合親和性と特異性を実現する。プローブ中にLNAを1塩基用いるごとにTm値が2~8℃上昇するため、microRNAのような短鎖のターゲットに対しても均一なTm値を持つマイクロアレイプローブを作製することができる。
■ miRCURY LNA microRNA Array

図1.DNAプローブでは、GC含量の違いにより検出するシグナル強度にバラツキがある。一方、LNAプローブでは、テストしたすべてのmicroRNAを高感度に検出した。


表1.高い配列保存性を持つlet-7ファミリーメンバー間の一塩基差の識別が可能な高い特異性を持っている。


図2.微量RNAからも解析が可能
食道がんサンプル(T)およびその近隣の正常組織サンプル(N)からtotal RNAを調製し、さまざまな量のtotal RNAを用いてマイクロアレイ解析を行った。1,000 ngのtotal RNAを使用した結果をそれぞれ300 ng、100 ng、30 ngのtotal RNAを使用した場合と比較したところ、いずれも高い相関性を示した。

■ microRNA Hi-Power Labeling Kit

図3.miRCURY LNA microRNA Labeling Kitは末端塩基配列に依存することなく、microRNAの3’末端に1個の蛍光ラベルを取り込むことができるため、均一なラベリングが可能である。
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