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Application

ICELL8® cx Single-Cell System

ICELL8® Single-Cell Systemを用いた細胞混合サンプルの解析

方法
K562細胞(1)、Z-138細胞(2)、HeLa細胞(3)、U87細胞(4)、および各細胞を一定量混合したもの(2種細胞の混合:(1)+(4)および(2)+(3)、3種細胞の混合:(1)+(2)+(4)、4種細胞の混合:(1)+(2)+(3)+(4)の計8種の細胞サンプルを準備し、ICELL8 Single-Cell Systemを用いてSmartChip一枚にナノディスペンシングを行い、シングルセルを取得した。ここで得られた生細胞由来のウェルに逆転写反応液を添加してシーケンスライブラリーを調製し、イルミナ社次世代シーケンサーで遺伝子配列情報を取得した。各種サンプル由来のデータは主成分分析(PCA解析)し、遺伝子発現の類似度からグループ分けを行った。
結果
SmartChipへのナノディスペンシングにより、1,440ウェルにおいてシングルセルが確認され、そのうち1,182細胞が生細胞であると判断された(図1)。
種々の細胞を混合したサンプルについては、独立して解析を行った細胞のいずれかに分類され、個々の細胞が持つ遺伝子プロファイルを反映していることが解った(図2、図3、図4)。
また、2種の異なる細胞(K562、U87)の混合比率を90:10、99:1と設定してPCA解析を行った場合も、同様にグループは大きく2つに分かれ、その割合も反映されていた(図5、図6)。
2種の細胞混合サンプル(K562,Z-138)のPCA解析結果
図1.細胞サンプルごとの分注結果

2種の細胞混合サンプル(K562,Z-138)のPCA解析結果
図2.2種の細胞混合サンプル(HeLa、Z-138)のPCA解析結果

3種の細胞混合サンプル(K562,U87, Z-138)のPCA解析結果
図3.3種の細胞混合サンプル(K562、U87、Z-138)のPCA解析結果

4種の細胞混合サンプル(K562,U87, Z-138, HeLa)のPCA解析結果
図4.4種の細胞混合サンプル(K562、U87、 Z-138、HeLa)のPCA解析結果

2種の細胞の混合比率を90%~10%に調整して分注、PCA解析を行った結果
図5.2種の細胞の混合比率を90:10に調整して分注し、PCA解析を行った結果

2種の細胞の混合比率を99%~1%に調整して分注、PCA解析を行った結果
図6.2種の細胞の混合比率を99:1に調整して分注し、PCA解析を行った結果
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