低発現遺伝子の変動も高感度に検出

Agilent Array発現解析

■お問い合わせ窓口(AX)

TEL:077-565-6999


[サンプル送付先] タカラバイオ株式会社 CDMセンター 遺伝子工学研究/検査 受託受付担当 宛て
〒525-0058 滋賀県草津市野路東七丁目4番38号
TEL:077-567-9262
ご注意:伝票の品名に受託名をご記載ください。

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特長

  • 豊富なアレイ解析実績にもとづいた、確実・安心の受託サービスをご提供
  • 組織や細胞からのRNA抽出、解析後のデータマイニングなどトータルにサポート
  • 広いダイナミックレンジと高い再現性により、低発現遺伝子の変動も逃さずキャッチ
  • 微量RNAからの解析にも対応

概要

アジレント社認定のサービスプロバイダーとして、各種アレイを用いた網羅的な遺伝子発現解析を行います。遺伝子工学に熟練した技術者と充実した設備により、精度の高い受託サービスを提供いたします。
ご要望に応じて、微量total RNA(500 pg以上、濃度100 pg/μl以上)からの解析、解析後のデータマイニングを行います。
また、KEGGサービスプロバイダーとして納品データにKEGGパスウェイリンクを付加しています。

  • 遺伝子発現解析用マイクロアレイ
    ヒト、マウス、ラットでは、アジレント社のSurePrint技術によりさらに高密度化を実現したSurePrint G3 Gene Expression 8x60Kアレイを受託解析にご利用いただけます。ヒトおよびマウスについては、新しいプローブコンテンツの搭載によりコーディング領域のカバー率が大幅に向上しただけでなく、linc RNA(large intervening non-coding RNA)などのnon-coding RNAに対するプローブも搭載されています。
    解析目的に応じて下記アレイリストより最適なプラットフォームをご利用ください。

    生物種製品名コンテンツ参照データベース
    ヒト SurePrint G3 Human Gene Expression 8x60K v3 26,083 Entrez gene RNAs, 30,606 lncRNAs RefSeq Build 66 / Ensemble Release 76 / Unigene Build 236 / GenBank (Aug 2014) など
    マウス SurePrint G3 Mouse Gene Expression 8x60K v227,122 Entrez gene RNAs, 4,578 lncRNAsRefSeq Build 66 / Ensembl Release 76 / Unigene Build 236 / GenBank (Aug 2014) など
    SurePrint G3 Mouse Gene Expression 8x60K24,321 Entrez gene RNAs, 4,576 lncRNAsRefSeq Build 37 / Ensembl Release 55 / Unigene Build 176 / GenBank (Apr 2009) など
    ラット SurePrint G3 Rat Gene Expression 8x60K v230,584 Entrez gene RNAsRefSeq Build 66 /  Ensembl Release 76 / Unigene Build  236 / GenBank (Aug 2014) など
    SurePrint G3 Rat Gene Expression 8x60K19,742 Entrez gene RNAsRefSeq Build 36.2 / Ensembl Release 55 / Unigene Build 177 / GenBank (Jan 2009) など


    モデル生物
    生物種 製品名 生物種 製品名 生物種 製品名
    シロイヌナズナ Arabidopsis (V4) ダイズ Soybean イネ Rice
    大麦 Barley 小麦 Wheat トウモロコシ Corn(Maize)
    トマト Tomato セイヨウアブラナ Brassica 綿(ワタ) Cotton
    タバコ Tobacco タルウマゴヤシ Medicago Canine (V2)
    Porcine (V2) Horse Sheep
    ニワトリ Chicken (V2) Bovine (V2) ウサギ Rabbit
    アカゲザル Rhesus Monkey (V2) ゼブラフィッシュ Zebrafish (V3) サケ Salmon
    Mosquito ショウジョウバエ Drosophila (V2) 線虫 C. elegans (V2)
    アフリカツメガエル Xenopus (V2) 酵母 Yeast (V2) イネいもち病菌 Magnaporthe (V2)
    大腸菌 E. coli  
    各アレイのバージョンなどは変更となる場合があります。アレイ詳細についてはアジレント社ホームページをご覧ください。
    旧アレイでの解析をご希望の場合は、別途お問い合わせください。

  • Agilent Array特長
    少量サンプルからの解析:「Low Input Quick Amp Labeling Kit(LIQA)」により、少ないtotal RNA(数10 ng)からの解析が可能です。
    高品質アレイ:SurePrintテクノロジーで印刷された60 merの高品質カスタムオリゴアレイです。また、スポットは常に均一であるため高い精度のデータを算出します。
    5ケタのダイナミックレンジ:プローブ設計、ハイブリ条件を最適化することで、5ケタのダイナミックレンジのデータが算出されます。これによりノイズに埋もれていた低発現遺伝子の網羅的解析が可能になります。
■チラシをご覧ください。

アレイ発現解析受託サービス
アレイ発現解析

遺伝子発現解析受託サービス

サービス内容

total RNAをご送付いただき、比較する組み合わせをご指定ください。1色法の解析で、ラベル化cRNAの作製、ハイブリダイゼーション、スキャニングなどの一連の作業を行い、シグナルデータおよび比較解析データをお返しいたします。解析にはアジレント社が推奨する試薬・ソフトウェアを使用し、標準化を行った数値化データ(スケーリングデータ)も納品いたします。
ヒト、マウス、ラット(SurePrint G3 Gene Expression 8x60Kアレイ)では、タカラバイオ独自のオリジナルビューワAquaでデータをお返しします。操作性が向上し、PCのOSによらず、Macintoshでもスムーズにデータを閲覧頂けます。 また通常納品物に、有意差検定ツール(t-test)などをお付けしています。

組織・細胞からのRNA抽出やデータマイニングなどのオプション作業も充実しております。
ヒト、マウスおよびラット各アレイでは、フォーマットや使用試薬などが異なるデータを比較することができません。データの比較が必要な場合は、同一アレイで解析されることを推奨します。
生物種によってはKEGGパスウェイリンクを付加できないものもあります。
【オプションサービス】
(サンプル調製)
  • 組織や細胞からのRNA抽出/DNase I 処理/サンプル再精製(純度が低いRNAの精製)
  • 微量total RNA(500 pg以上、濃度100 pg/μl以上)からの増幅
(解析)

価格・納期

1色法での解析の場合
サービス項目
参考価格
参考納期
SurePrint G3 Human Gene Expression 8x60K v3 ¥75,000 オンライン注文(1~20検体) 約1ヵ月
¥92,000 5検体以下
¥89,000 6~10検体
SurePrint G3 Mouse Gene Expression 8x60K v2 ¥75,000 オンライン注文(1~20検体)
¥92,000 5検体以下
¥89,000 6~10検体

・オンライン注文では、事務手続き、作業内容を簡便化することによって低価格対応しております。オンライン注文に関してはこちらからアクセスしてください。
・11検体以上は別途お問い合わせください。
・各種オプションサービス(RNA抽出、データマイニングなど)が可能です。別途お問い合わせください。

納品物

  • 作業報告書
    • ご依頼内容、RNA品質検定結果、解析結果の概要をまとめた作業報告書です。
  • 解析補足資料(PDFファイル)
    • RNA品質基準、解析プロトコール、データ算出方法などを詳細に記載した、解析内容をご理解いただくための参考資料です。
  • Rawデータ
    • 数値化ソフトウェア「Agilent Feature Extraction」を用いて得られた、サンプル間の正規化前の解析結果です。
  • RNA QCレポート、ハイブリダイゼーション QCレポート
    • RNAの品質検定レポート、ハイブリダイゼーションの品質確認レポートです。
  • 解析データおよびオリジナルビューワ「Aqua」
    • Adobe AIR上で動く弊社オリジナルビューワ「Aqua」での結果閲覧や各種ツールにて解析をして頂けます。パソコンのOSによらずお使い頂けます。Excelよりも操作性が向上し、膨大なデータをスピーディーに閲覧頂けます。解析結果データはSQLite3形式で記述されています。
    • 解析データと遺伝子情報が一つのファイルにまとまっており、データを効率よく確認できます。またアジレント・テクノロジー株式会社より提供された遺伝子情報に加え、KEGG Pathway IDを付加・リンクしており、簡単にパスウェイの情報を入手できます。


    (1)シグナルデータ
    1アレイごとにシグナル値を補正したスケーリングデータをまとめたファイルです。 各検体間での転写産物のシグナル強度の比較などにご利用ください。


    (2)発現比率データ
    シグナルデータを用いて検体間の発現比率を算出したファイルです。


    (3)変動遺伝子データ
    発現比率ファイルから変動(2倍以上、1/2倍以下)が確認された遺伝子を解析の一例としてまとめたファイルです。抽出条件により「変動遺伝子1」、「変動遺伝子2」のシートを準備しています。

  • クラスター分析ツール(階層クラスタリング)
    • 解析サンプルを選択いただき、ボタン1つでピアソン相関によるクラスタリング解析を行い、系統樹を作成することができます。 階層的クラスタリングを行うことで、サンプル間に存在するグループ構造を視覚的に理解しやすくなります。 計算方法は群平均法の他に、ウォード法、最近隣法、最遠隣法、McQuitty法、メディアン法、重心法などご選択頂けます。 ご依頼内容、RNA品質検定結果、解析結果の概要をまとめた作業報告書です。


  • 有意差検定ツール(Student T-test)
    • 繰り返し実験や群間の有意差検定を簡単な操作で何度でもご自由に行うことができます。 control群とtest群を指定すると群平均シグナル値、群間の変動倍率、p-value、q-valueを算出します。 また、1検体同士の比較解析にも対応していますので、ご依頼時に指定いただいたペアと異なる比較もご自由に行っていただけます。 解析データはエクスポートして、Excelで扱うことも可能です。


  • Supplementalデータ
    • csvファイル
      解析データのシグナルデータ、発現比率データ、変動遺伝子データの各内容を.csv形式でExportしたファイルです。

ご注文方法

オンライン注文とFAX注文の2種類からお選びください。
  • オンライン注文:
    ※オンライン注文でご依頼いただいた場合は、比較解析は含まれません。
    有意差検定ツールを用いてお客様ご自身で解析いただきます。


    WEB会員登録後、必要事項を入力してご注文ください。オンライン注文へ

    ご注文方法の概略については、こちらをご参照ください。
    「オンラインのご注文方法について」

    ※オンライン注文ページは Internet Explorer11.0のバージョンのブラウザで動作確認をしております。それ以前のブラウザでは正しく機能しないことがありますのでご注意ください。 また、JavaScriptを無効にしている場合やポップアップブロックを有効にしている場合は、一部の画面が表示できません。

  • FAX注文:


サンプル送付
  • 解析サンプルならびに依頼書(オンライン注文の場合は注文依頼完了画面の印刷物)を上記サンプル送付先へご送付ください。
  • サンプルは乾燥・漏れならびに容器破損が無いようにご注意いただき、凍結状態を維持するために充分量のドライアイスを同梱し、冷凍便、平日午前着指定でご送付ください。また遠隔地を除き、翌日必着でご送付ください。

受入サンプル

※サンプルのご準備、発送にあたり下記手引きに詳細を記載しています。


  • total RNAなど
    以下の点にご注意の上、解析サンプルを調製してください。
      サンプル量*2 濃度 純度*3
    OD260/OD280 OD260/OD230 28S/18S
    total RNA*1 500 ng以上 50~300 ng/μl 1.6以上 1.8以上
    組織・細胞(オプション) 別途ご相談*4
    *1 すでにpolyA RNAの状態でサンプルをご用意されている場合は、別途ご相談ください。
    *2 精製が必要なtotal RNAの場合、以下のRNA量をご用意ください。
    エタノール沈殿:2 μg以上    DNasa I 処理:10 μg以上
    *3 電気泳動にてrRNAの明瞭なバンドが検出され、分解していないことをあらかじめご確認ください。
    *4 送付サンプルの採取方法によっては良質なRNAが抽出できない場合がございます。

    RNAサンプルはRNase free水に溶解し、1.5 mlチューブでご提供ください。TEや界面活性剤、DEPCを使用すると、反応を阻害する場合がありますので、溶解の際には絶対に使用しないでください。
    RNAサンプル調製時にエタノール沈殿を実施する場合は、共沈剤としてグリコーゲンを添加しないでください。
    血液検体由来RNAを調製される際は、抗凝固剤にヘパリンを使用しないでください。
    上記基準に満たない場合は別途お問い合わせください。

ご留意事項

送付サンプルに起因するシグナル検出不能の場合は、責任を負いかねますのであらかじめご了承ください。
ご送付いただいたRNAサンプルはアジレント2200 TapeStationなどを用いて検定を行います。この時点で量・純度が次の作業に十分でない場合はご連絡し、対応方法についてご相談いたします。
1色法による解析の比較解析については、検体数N個の場合、Nパターンの比較解析は基本料金に含まれます。さらに比較解析をご依頼の場合は別途オプションとして別途料金を申し受けます。 なお、オンライン注文でご依頼いただいた場合は、比較解析は含まれません。有意差検定ツールを用いてお客様ご自身で解析いただきます。
ヒト生体試料の解析にあたり、個人情報に関わるサンプルは、お客様ご所属施設の倫理委員会等で遺伝子解析研究に用いられることの承認が得られており、かつお客様の元で匿名化されたものに限らせていただきます。
詳しくは、「ヒトゲノム・遺伝子解析受託サービスについて」をお読みください。
お客様よりご提供いただいたサンプル・情報および納品物の複製物は、別途期限を定めている場合を除き、業務終了後3ヵ月を経過すると順次廃棄いたします。ご了承ください。
タカラバイオはアジレント・テクノロジー社認定のサービスプロバイダーです。
タカラバイオはKEGGの正規サービスプロバイダーです。
KEGG

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注意事項
  • 本受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。納品物を試験研究目的以外へご使用される場合、弊社では納品物に起因する損失・損害等については一切の責任を負いかねます。納品物によっては、その構成物(例えば、ベクター、蛍光色素など)の使用に制限がある場合がありますのでご注意ください。
  • 納品物に起因して、直接的もしくは間接的に発生したお客様の損害については、明らかに弊社の責に帰すべき事由による場合を除いて、弊社は一切その責任を負いません。

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