シングルセル等から調製された微量RNAのRNA-seq解析

SMART-Seq解析

■お問い合わせ窓口(A)

TEL:077-565-6999


[サンプル送付先]
タカラバイオ株式会社 CDMセンター 遺伝子工学研究/検査 受託受付担当 宛て
〒525-0058 滋賀県草津市野路東七丁目4番38号
TEL:077-567-9262
ご注意:伝票の品名に受託名をご記載ください。 お問い合わせフォームは こちら

特長

  • 微量検体の遺伝子発現定量解析に最適
  • SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit for Sequencingを用いた高感度解析
  • スプライシングバリアントや融合遺伝子の検出にも対応

概要

1-1000細胞またはpgオーダのtotal RNAなどの微量検体からcDNAを調製することができるSMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit for Sequencingを用いた遺伝子発現解析です。微量組織、ソーティング細胞、LCM検体などから調製されたtotal RNAをバイアス少なく増幅し、遺伝子発現解析を実施いたします。既知遺伝子の発現量定量だけでなく、スプライシングバリアントを区別したtranscript単位の定量や、新規遺伝子の検出定量も可能です。
■チラシをご覧ください。
遺伝子発現解析受託サービス
相乗りシーケンス(NGS)解析
SMART-seq解析受託サービス

サービス内容

微量組織、ソーティング細胞、LCM検体などから調製されたtotal RNAを提供いただき、SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit for Sequencingを用いて低バイアス・高感度にcDNAを増幅いたします。増幅cDNAを鋳型に、non-strandedライブラリーを作製し、HiSeq(イルミナ社)を用いてシーケンスいたします。シーケンスデータは参照ゲノム配列にマッピングし、遺伝子単位・transcript単位で既知遺伝子または新規遺伝子を含めて解析し、FPKM値で発現量を算出いたします。必要に応じて融合遺伝子の検出も可能です。

  • 作業の流れ
  • 発現情報
    遺伝子単位またはtranscript単位での発現情報(FPKM)とそのリード数などをExcel表示形式で納品いたします。

    ・遺伝子毎の発現量推定結果


    ・transcript毎の発現量推定結果

  • マッピング結果
    マッピング結果をIGV等でご確認いただけます。


【オプションサービス】

価格・納期

ご依頼の内容により異なりますので、お問い合わせください。
相乗りシーケンス解析、SMART-seq解析のチラシPDFもご参照ください。

納品物

  • 作業報告書
  • シーケンスデータ一式
  • 発現情報、マッピング結果ファイル等

ご注文方法

オンライン注文とFAX注文の2種類からお選びください。HiSeq相乗りプランは、オンライン注文からご注文ください。
  • オンライン注文:
    ※ 生物種、サンプル形態によっては対応していないものがございます。その場合は見積書をご用意いたしますので、お問い合わせください。
    WEB会員登録後、必要事項を入力してご注文ください。オンライン注文へ

    ご注文方法の概略については、こちらをご参照ください。
    「オンラインのご注文方法について」

    ※オンライン注文ページは Internet Explorer11.0のバージョンのブラウザで動作確認をしております。それ以前のブラウザでは正しく機能しないことがありますのでご注意ください。 また、JavaScriptを無効にしている場合やポップアップブロックを有効にしている場合は、一部の画面が表示できません。

  • FAX注文:
    • 高速シーケンス解析依頼書をダウンロードいただき、必要事項をご記入ください。
    • 依頼書記載のサンプル名称と、実際の送付サンプルに記載の名称は必ず一致させてください。
    • サンプル送付の前に、記入済み依頼書を依頼書に記載のFAXまで送付ください。

  • サンプル送付
    • 解析サンプルならびに依頼書(オンライン注文の場合は注文依頼完了画面の印刷物)を上記サンプル送付先へご送付ください。
    • サンプルは乾燥・漏れならびに容器破損が無いようにご注意いただき、平日午前着指定でご送付ください。 また遠隔地を除き、翌日必着でご送付ください。 なお、送付する核酸がRNAの場合には、凍結状態を維持するために充分量のドライアイスを同梱し冷凍便で、送付する核酸がDNAの場合には-20℃の状態の冷凍便でお送りください。

受入サンプル

  • total RNAなど

    以下の点にご注意の上、解析サンプルを調製してください。

    サンプル量 濃度 純度
    OD260/OD280 OD260/OD230 28S/18S
    total RNA 50 ng以上 別途ご相談 1.6以上 2.0以上
    cDNA 5 ng程度 液量10 μl以上
    組織・細胞(オプション) 別途ご相談*1
    *1 送付サンプルの採取方法によっては良質なRNAが抽出できない場合がございます。
    ・RNAサンプルはRNase free水に溶解してください。
    ・DNase処理を実施してください。
    ・サンプル調製時にエタノール沈殿を実施する場合は、共沈剤としてグリコーゲンを添加しないでください。
    ・cDNAサンプルは、 SMART-Seq v4 Ultra Low Input Kitにて増幅したcDNAサンプルを送付ください。
    ・total RNAが50 ng以下の場合でも受託実績ございます。ご相談ください。
    ・上記基準に満たない場合は別途お問い合わせください。

ご留意事項

ご送付いただいたRNAサンプルはアジレント2200 TapeStationなどを用いて検定を行います。この時点で量・純度が次の作業に十分でない場合はご連絡し、対応方法についてご相談いたします。
ヒト生体試料の解析にあたり、個人情報に関わるサンプルは、お客様ご所属施設の倫理委員会等で遺伝子解析研究に用いられることの承認が得られており、かつお客様の元で匿名化されたものに限らせていただきます。
詳しくは、「ヒトゲノム・遺伝子解析受託サービスについて」をお読みください。
お客様よりご提供いただいたサンプル・情報および納品物の複製物は、別途期限を定めている場合を除き、業務終了後3ヵ月を経過すると順次廃棄いたします。ご了承ください。

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注意事項
  • 本受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。納品物を試験研究目的以外へご使用される場合、弊社では納品物に起因する損失・損害等については一切の責任を負いかねます。納品物によっては、その構成物(例えば、ベクター、蛍光色素など)の使用に制限がある場合がありますのでご注意ください。
  • 納品物に起因して、直接的もしくは間接的に発生したお客様の損害については、明らかに弊社の責に帰すべき事由による場合を除いて、弊社は一切その責任を負いません。

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