DNA濃縮技術を用いた特定領域のシーケンス

エクソーム解析

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[サンプル送付先]
タカラバイオ株式会社 CDMセンター 遺伝子工学研究/検査 受託受付担当 宛て
〒525-0058 滋賀県草津市野路東七丁目4番38号
TEL:077-567-9262
ご注意:伝票の品名に受託名をご記載ください。 お問い合わせフォームは こちら

特長

  • エクソン領域を濃縮して低コストに解析
  • カスタムプローブ設計にも対応
  • 検出変異塩基に各種アノテーション付加(日本人変異頻度・疾患情報・変異影響度)

概要

ヒトやマウスなど、参照配列が公開されている生物種について、ゲノム上の特定領域を濃縮、シーケンスすることで、その領域に絞り込んだ変異解析を行うことができます。濃縮は目的領域に相補的に設計された核酸プローブと、断片化されたゲノムDNAを相互作用させることで行います。解析対象を特定領域に絞り込むことで、少ないシーケンス量で十分なdepth(冗長度)を得ることができ、全ゲノムのリシーケンスと比較して低コストで解析を実施できます。特に、タンパク質のコーディング領域(エクソン領域)を網羅的にシーケンス・変異解析を行うエクソーム解析は、遺伝病等の疾患遺伝子の探索に有効で、現在盛んに研究が行われています。
■チラシをご覧ください。

相乗りシーケンス(NGS)解析

ゲノム変異解析サービス

サービス内容

ゲノムDNAを送付いただき、SureSelect Target Enrichment(アジレント・テクノロジー社)を用いてターゲット領域を濃縮し、主にHiSeqを用いて網羅的にシーケンスを行います。 自動化装置を用いたライブラリー作製も行っており、良好なシーケンスデータを短期間で大量にご提供できます。 取得した配列を参照配列にマッピングし、一塩基変異や短い挿入欠失部位の検出を行います。また、遺伝子位置が既知の生物種では、遺伝子との位置関係や変異による影響(アミノ酸置換など)についてアノテーションを付加することも可能です。
以下のような特定のゲノム領域に対して設計済みのキット(Exome、Kinome解析用など)による濃縮の他に、カスタム領域の濃縮についてもSureDesignを用いたプローブ位置の設計から承ることが可能です。その他のキットでの濃縮をご希望の場合もお問い合わせください。

・Human All Exon V6 Kit (約58 Mb)
・Human All Exon V6+UTRs Kit (約89 Mb)
・Human All Exon V5 Kit (約50 Mb)
・Human All Exon V5+UTRs Kit (約71 Mb)
・SureSelect XT Mouse All Exon Kit (約50 Mb)

  • 作業の流れ

  • エクソーム変異解析(マッピング・変異検出)
    参照配列に対し、シーケンスにより得られたリード配列をマッピングし、一塩基置換や短い挿入欠失部位を検出します。
  • 変異アノテーション
    ヒトやマウスなど遺伝子情報が存在する生物種の場合は、検出した変異と遺伝子の位置関係、変異による影響(アミノ酸置換など)についてアノテーションを付加することも可能です。また、dbSNPなどの既知SNPs情報を付加することも可能です。

    ヒト検体を解析する場合は、以下の情報も付加されます。
    ・日本人および東アジア人変異頻度情報
    ・疾患情報(疾患影響度)
    ・変異影響度情報



[オプション解析]
体細胞変異解析
 癌ゲノム変異を検出し、ドライバー遺伝子やパスウェイの探索を行います。
家系変異解析

価格・納期

ご依頼の内容により異なりますので、お問い合わせください。

納品物

  • 作業報告書
  • シーケンスデータ一式
  • 変異候補の抽出結果、マッピング結果等

ご注文方法

  • 依頼書作成とFAX連絡
    • 高速シーケンス解析依頼書をダウンロードいただき、必要事項をご記入ください。
    • 依頼書記載のサンプル名称と、実際の送付サンプルに記載の名称は必ず一致させてください。
    • サンプル送付の前に、記入済み依頼書をFAXでご送付ください。
  • サンプル送付
    • 解析サンプルならびに依頼書を上記サンプル送付先へご送付ください。
    • サンプルは乾燥・漏れならびに容器破損が無いようにご注意いただき、-20℃の冷凍便で平日午前着指定でご送付ください。
      また遠隔地を除き、翌日必着でご送付ください。

以下のフォーマットにご記入のうえ、依頼書記載のFAX番号へご送付ください。

受入サンプル

  • ゲノムDNA
以下の点にご注意の上、解析サンプルを調製してください。

サンプル量 濃度 純度
OD260/OD280 OD260/OD230
ゲノムDNA 5 μg以上 100 ng/μl以上 1.6以上

DNAは滅菌水もしくはReduced EDTA TE buffer:10 mM Tris-HCl、0.1 mM EDTA pH8.0に溶解してください。
電気泳動(1%ゲル)にて10~20 kbに明確なバンドが検出され、低分子の混入及び分解がないことをご確認ください。
上記基準に満たない場合は別途お問い合わせください。

ご留意事項

ヒト生体試料の解析にあたり、個人情報に関わるサンプルは、お客様ご所属施設の倫理委員会等で遺伝子解析研究に用いられることの承認が得られており、かつお客様の元で匿名化されたものに限らせていただきます。
詳しくは、「ヒトゲノム・遺伝子解析受託サービスについて」をお読みください。
お客様よりご提供いただいたサンプル・情報および納品物の複製物は、別途期限を定めている場合を除き、業務終了後3ヵ月を経過すると順次廃棄いたします。ご了承ください。
タカラバイオはアジレント・テクノロジー社認定のサービスプロバイダです。

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注意事項
  • 本受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。納品物を試験研究目的以外へご使用される場合、弊社では納品物に起因する損失・損害等については一切の責任を負いかねます。納品物によっては、その構成物(例えば、ベクター、蛍光色素など)の使用に制限がある場合がありますのでご注意ください。
  • 納品物に起因して、直接的もしくは間接的に発生したお客様の損害については、明らかに弊社の責に帰すべき事由による場合を除いて、弊社は一切その責任を負いません。

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