微生物変異株解析、高等生物のSNPやゲノム構造変化の解析

ゲノム変異解析

■お問い合わせ窓口(A)

TEL:077-565-6999


[サンプル送付先]
タカラバイオ株式会社 CDMセンター 遺伝子工学研究/検査 受託受付担当 宛て
〒525-0058 滋賀県草津市野路東七丁目4番38号
TEL:077-567-9262
ご注意:伝票の品名に受託名をご記載ください。 お問い合わせフォームは こちら

特長

  • 次世代シーケンサーによる網羅的ゲノム変異解析
  • 参照配列に対する変異箇所(置換、欠失、挿入など)を迅速に検出
  • 検出した変異のアノテーション情報の付加もサポート

概要

次世代シーケンサーを用いて、ゲノム上にあるSNPや変異塩基、挿入・欠失領域、その他ゲノム配列の構造変化をとらえることが可能です。疾患原因遺伝子の探索や機能解析、微生物有用株の作製などに必要な変異情報を取得します。
■チラシをご覧ください。
ゲノム変異解析サービス
短納期NGS解析受託
クラウド解析キャンペーン

サービス内容

大量の配列を取得できるNovaSeq/HiSeq/MiSeqによる高速シーケンス(NGS)解析では、微生物から高等生物レベルのゲノムDNA変異候補領域を効率良く取得できます。
ゲノムDNAを提供いただき、ペアエンド解析を行います。参照配列に対し、アセンブルを行った配列をマッピング、または取得した配列をマッピングして変異箇所(置換、欠失、挿入など)の解析を行いリスト化いたします。大きなゲノムの構造変化(Structural Variants:SVs)、シーケンス冗長度情報を利用してコピー数変化(Copy Number Variations: CNVs)の候補領域を検出しリスト化することも可能です。
SNPレポート例

変異解析(マッピング・変異検出)
参照配列に対し、シーケンスにより得られたリード配列をマッピングし、一塩基置換や短い挿入欠失部位を検出します。ビューワを用いてマッピング結果や、変異箇所を視覚的にご覧いただくことができます。
IGV(Integrative Genomic Browser)
IGV(Integrative Genomic Browser)

アノテーション情報の付加
遺伝子情報が存在する生物種の場合は、検出した変異と遺伝子の位置関係、変異による影響(アミノ酸置換など)についてアノテーションを付加することも可能です。また、dbSNPなどの既知SNPs情報を付加することも可能です。
ヒト全ゲノムシーケンス解析についてはこちらをご覧ください。

解析結果例


【オプション解析】
  • ゲノム比較解析
    リードをアセンブルし、作成したコンティグを参照配列へマッピングして比較することで、一塩基置換や短い欠失挿入だけでなく、大型の欠失挿入部位も検出します。微生物などの小型ゲノムの生物種が対象です。
  • クラウド解析サービス (VariantFilter)
    変異解析結果より、クラウド上で変異の絞り込みを行っていただくことが可能です。目的遺伝子、既知SNP、変異クオリティ、変異影響度などを使用した変異絞り込み、対照群とコントロール群を指定し、対照群特異的な変異の絞り込み等が可能です。
    クラウド解析は事前のWEB会員登録が必要です。納品後6ヵ月間ご利用いただけます。

価格・納期

ご依頼の内容により異なりますので、お問い合わせください。
相乗りシーケンス解析サービスページチラシPDF記載の価格もご参照ください。

納品物

  • 作業報告書
  • シーケンスデータ一式
  • 変異候補の抽出結果、マッピング結果等
    ※クラウド解析サービスをご利用の場合は、変異解析結果をクラウド上にアップロードし、納品時にクラウドURLをご連絡いたします。クラウドサービスは納品後6ヵ月間ご利用いただけます。

■クラウド解析サービスご利用環境について
クラウド解析サービスは、Google Chromeの使用を推奨いたします。Google Chrome 70.0.3538.77のバージョンで動作確認をしております。それ以外のブラウザでは正しく機能しないことがありますのでご注意ください。

ご注文方法

オンライン注文とFAX注文の2種類からお選びください。
相乗りシーケンスからご依頼の場合は、オンライン注文からご注文ください。

  • オンライン注文:
    WEB会員登録後、必要事項を入力してご注文ください。オンライン注文へ
    ※ 生物種、検体数等によってはオンライン注文に対応しておりません。その場合は見積書をご用意いたしますので、お問い合わせください。

    ご注文方法の概略については、こちらをご参照ください。
    「オンラインのご注文方法について」

    ※オンライン注文ページは Internet Explorer11.0のバージョンのブラウザで動作確認をしております。それ以前のブラウザでは正しく機能しないことがありますのでご注意ください。 また、JavaScriptを無効にしている場合やポップアップブロックを有効にしている場合は、一部の画面が表示できません。

  • FAX注文:
    • 高速シーケンス解析依頼書をダウンロードいただき、必要事項をご記入ください。
    • 依頼書記載のサンプル名称と、実際の送付サンプルに記載の名称は必ず一致させてください。
    • サンプル送付の前に、記入済み依頼書を依頼書に記載のFAXまで送付ください。



サンプル送付
  • 解析サンプルならびに依頼書(オンライン注文の場合は注文依頼完了画面の印刷物)を上記サンプル送付先へご送付ください。
  • 解析データは平日午前着指定でご送付ください。

受入サンプル

  • 参照配列情報
  • ゲノムDNA
以下の点にご注意の上、解析サンプルを調製してください。

ライブラリー DNA量 濃度 純度
OD260/OD280 OD260/OD230
ゲノムDNA TruSeq Nano DNA Library Prep Kit 500 ng以上 20 ng/μl以上 1.6以上
TruSeq DNA PCR-Free Library Prep Kit 2 μg以上 40 ng/μl以上 1.6以上
  • DNAは滅菌水もしくはReduced EDTA TE buffer:10 mM Tris-HCl、0.1 mM EDTA pH8.0に溶解してください。
  • 電気泳動(1%ゲル)にて10~20 kbに明確なバンドが検出され、低分子の混入及び分解がないことをご確認ください。
  • PCR freeライブラリーをご希望の場合は、別途お問い合わせください。
  • 上記基準に満たない場合は別途お問い合わせください。

ご留意事項

供与核酸の品質によっては、再提供をお願いすることがあります。
ヒト生体試料の解析にあたり、個人情報に関わるサンプルは、お客様ご所属施設の倫理委員会等で遺伝子解析研究に用いられることの承認が得られており、かつお客様の元で匿名化されたものに限らせていただきます。
詳しくは、「ヒトゲノム・遺伝子解析受託サービスについて」をお読みください。
お客様よりご提供いただいたサンプル・情報および納品物の複製物は、別途期限を定めている場合を除き、業務終了後3ヵ月を経過すると順次廃棄いたします。ご了承ください。

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注意事項
  • 本受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。納品物を試験研究目的以外へご使用される場合、弊社では納品物に起因する損失・損害等については一切の責任を負いかねます。納品物によっては、その構成物(例えば、ベクター、蛍光色素など)の使用に制限がある場合がありますのでご注意ください。
  • 納品物に起因して、直接的もしくは間接的に発生したお客様の損害については、明らかに弊社の責に帰すべき事由による場合を除いて、弊社は一切その責任を負いません。

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