cfDNA変異解析

ThruPLEX GI ctDNA Assay：ThruPLEX技術を用いたタカラバイオオリジナル解析サービス

特長

  • 分子バーコード技術により、低頻度の変異を検出
  • 消化器がん（GI）に関与する28の遺伝子が対象
  • カスタムにて、任意の遺伝子について新規構築も可能

概要

cfDNAを材料とし、ThruPLEX技術によりライブラリーを作製した後にキャプチャー濃縮技術により消化器がん関連遺伝子の変異を超高感度で検出します。
任意の遺伝子について新規構築も可能で、遺伝子を絞り込むことにより多検体を低コストで検出可能です。

※本サービスは、当社が国立大学法人大阪大学に設置した大阪大学大学院医学系研究科 先端ゲノム医療学共同研究講座 前田大地特任教授（常勤）らのグループとの共同研究の成果を活用して実施します。

■チラシをご覧ください。
ThruPLEX GI ctDNA Assay

サービス内容

cfDNAまたはゲノムDNAをお預かりし、ThruPLEX技術を用いてライブラリー作製を行い、キャプチャー濃縮技術により標的領域の遺伝子を濃縮します。
イルミナ社シーケンサーNovaSeqにより次世代シーケンスを行い、消化器がん関連遺伝子の変異を検出します。
オプションにて血漿、組織等からのDNA抽出作業も可能です。
解析結果は、変異候補を一覧にまとめたファイルをエクセル形式、テキスト形式で納品いたします。

  • ThruPLEX技術によるライブラリー作製
    ThruPLEX技術によるライブラリー作製
    分子バーコードが含まれるStem-Loop構造のアダプターを使用することで、アダプター同士のライゲーションが抑えられ、より多くのcfDNAに分子バーコードを付加することができ、高感度、高精度な変異検出が可能になります。


  • ターゲット濃縮
    キャプチャー濃縮技術により、標的とする28のターゲット遺伝子を濃縮します。
    ※COSMIC、CIViCなど公共データベースに登録された消化器がんで代表的な遺伝子を対象としています。

    【対象とする28遺伝子と対象エキソン情報】
    対象とする28遺伝子と対象エキソン情報

    【性能について】
    性能について

価格・納期

ご依頼の内容により異なりますので、お問い合わせください。

お見積りについてはこちらよりご依頼ください。

納品物

・作業報告書
・シーケンスデータ
・変異検出結果、マッピング結果等

【変異候補の一覧結果例（Excel）】
変異候補の一覧結果例

ご注文方法

・サンプル送付の前に、以下のフォーマットに必要事項をご記入の上、電子メールにてこちらへご送付ください。
・依頼書記載のサンプル名称と、実際の送付サンプルに記載の名称は必ず一致させてください。
※WEB会員にログインした状態で依頼書をダウンロードいただくと、WEB会員登録情報が依頼書に反映されます。
  • サンプル送付
    ・解析サンプルならびに依頼書を下記サンプル送付先へご送付ください。
    ・サンプルは乾燥・漏れならびに容器破損が無いようにご注意いただき、平日午前着指定でご送付ください。また遠隔地を除き、翌日必着でご送付ください。
    ・送付サンプルがDNAの場合には－20℃の状態の冷凍便でお送りください。

受入サンプル

DNA、血液、組織など
以下の点にご注意の上、解析サンプルを調製してください。
【核酸の場合】
　サンプル量濃度備考
cfDNA120 ng以上0.55 ng/μl以上
  • DNAは滅菌水もしくはReduced EDTA TE buffer：10 mM Tris-HCl、0.1 mM EDTA pH8.0に溶解してください。
  • 濃度測定は蛍光定量（Qubit等）を推奨します。
ゲノムDNA310 ng以上2.4 ng/μl以上
上記基準に満たない場合は別途お問合せ下さい。

【血漿、組織等の場合】
　サンプル量保管・搬送
温度		備考
血漿10 ml以上冷凍
（－80℃）
  • EDTA/2K採血管にて採血してください。
    ※EDTA/2Na等、他の凝固剤はご使用にならないでください。
  • 血漿は15 ml遠心管にて－80℃で保管してください。
  • 血漿の分離は下記条件で実施してください。
    遠心：1,900×g、10分間で遠心分離し、上清を回収
    ※採血後2時間以内に血漿の分離を実施してください。採血後、時間の経過とともに血球由来のゲノムDNAの量が増加し、解析結果に大きく影響を及ぼします。採血から血漿の分離までの時間は厳密に管理してください。
    ※中間層にあるバフィーコートを吸わないように細心の注意を払って操作してください。バフィーコートの混入は解析結果に大きな影響を及ぼします。
    ※可能な場合は、上記1回目の遠心分離後に下記条件にて2回目の遠心分離をお勧めいたします。
    遠心：16,000×g、10分間、4℃で遠心分離し、上清を回収
    ※10 ml以上ご提供いただいた場合でも、充分なcfDNAを得られない可能性がございますのでご注意ください。
組織25 mg程度冷凍
（採取日より6ヵ月以内）
  • 検体は3～5 mm角片に刻んでください。
  • 総量が200 mg以下となるようにしてください。
  • 採取後速やかに耐凍チューブなどに入れ、－80℃にて保存してください。
  • 正常部位や壊死部分を除去したサンプルにてご依頼ください。
培養細胞別途ご相談ください。
上記基準に満たない場合は別途お問い合わせください。

ご留意事項

  • 供与核酸の品質によっては再提供をお願いすることがあります。
  • ヒト試料の解析にあたり、個人情報に関わるサンプルは、お客様ご所属施設の倫理委員会等で遺伝子解析研究に用いられることの承認が得られており、かつお客様の元で匿名化されたものに限らせていただきます。
    詳しくは、「ヒト試料・情報の取り扱いについて」をお読みください。
  • お客様よりご提供いただいたサンプル・情報および納品物の複製物は、別途期限を定めている場合を除き、業務終了後3ヵ月を経過すると順次廃棄いたします。ご了承ください。

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注意事項
  • 本受託サービスは、個別に合意した場合を除き、すべて研究目的として作業を行います。納品物を試験研究目的以外へご使用される場合、弊社では納品物に起因する損失・損害等については一切の責任を負いかねます。納品物によっては、その構成物（例えば、ベクター、蛍光色素など）の使用に制限がある場合がありますのでご注意ください。
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