膨大なデータに埋もれた注目すべき遺伝子の発見をサポートします

データマイニング

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[サンプル送付先]
タカラバイオ株式会社 CDMセンター 遺伝子工学研究/検査 受託受付担当 宛て
〒525-0058 滋賀県草津市野路東七丁目4番38号
TEL:077-567-9262
ご注意:伝票の品名に受託名をご記載ください。 お問い合わせフォームは こちら

特長

  • マイクロアレイやRNA-Seqの実験デザインに応じたマイニング手法をご提案
  • 最適な解析パラメータをご提案

概要

マイクロアレイやRNA-Seqなどの膨大な遺伝子発現解析データから、より有意義な結果を得るためにバイオインフォマティクス技術を駆使し、各種統計学的手法を用いたサービスをご提供します。 長年の発現解析のノウハウにもとづき、お客様のお手持ちのデータ、あるいはタカラバイオで受託解析により得られたデータより、お客様の研究目的に合わせたデータマイニング方法のご提案、ならびにカスタマイズをさせていただきます。
■チラシをご覧ください。
遺伝子発現解析受託サービス

サービス内容

  1. 変動遺伝子抽出
    マイクロアレイ発現データやRNA-Seqによって得られたFPKM値について、繰り返し実験の有無や検体間比較の内容に応じて、以下の作業を行います。
    変動遺伝子抽出
    1-a)fold-changeによる変動遺伝子抽出
    繰り返し実験数n=1やn=2の検体間比較の場合には、比較する群のシグナル値もしくはシグナル平均値から、発現比を案出します。主に、発現比が2倍以上・1/2以下を示す遺伝子を抽出します。
    1-b)有意差検定による変動遺伝子抽出
    繰り返し実験数n=3以上の場合、有意差検定を行います。2群の比較の場合はt検定(t-test)を行い、3群以上の比較の場合には分散分析(ANOVA)による抽出を行います。得られたp値(p.value)から統計学的多重性を考慮し、q値(q.value)を算出します。主にq値<0.05を満たす遺伝子を抽出します(条件の変更も承ります)。有意差検定に使用するデータは、数値データの前処理やフィルタリングを行ったデータを用います。
    1-c)パターン解析、クラスタリング解析による遺伝子分類
    複数の細胞での薬剤投与実験のような多群間比較や、タイムコース実験などの結果から特徴のある変動遺伝子を抽出する場合には、パターン解析やクラスタリング解析などによりグループ作成を行います。パターン解析は発現比を用いて遺伝子の発現パターンを分類する方法で、対照群に対して比較群の発現が増加しているか、減少しているか、変化無しかのいずれかのパターンの組み合わせにより分類します。
    クラスタリング解析は発現プロファイルの相関の類似度によって、類似した発現パターンを持つ遺伝子クラスターを分類します

    変動遺伝子抽出

  2. 遺伝子機能解析
    抽出や分類を行った遺伝子に対して、有意に多く含まれるGO(Gene Ontology) termやパスウェイを解析することにより、生物学的な意味づけを行います。
    2-a)キーワード遺伝子検索
    NCBI検索データベースを使用し、指定のキーワードにヒットする遺伝子の発現解析結果をエクセルにまとめます。1依頼あたり英語のキーワードまたはGO termを5 個まで指定可能です。生物種やキーワードによっては、ヒットする遺伝子が存在しない、もしくは少ない場合があります。この場合でもキーワードの変更はお受けできませんのであらかじめご了承ください。
    2-b)GO 頻度解析
    GO(Gene Ontology)頻度解析は、biological process(遺伝子産物のネットワークが担う機能)、molecular function(遺伝子産物が担う機能)、cellular component(遺伝子の発現場所)の3つに分類されるGOを使用します。パターン解析やクラスタリング解析、Fold-changeなどによって分類または抽出された遺伝子群において、特定のGO機能を持つ遺伝子群の割合が、登録遺伝子(マイクロアレイの場合は搭載遺伝子)全体のGO機能割合と比較して有意であるかどうかをFisher's exact test(Fisherの正確確率検定)で有意差検定を行い、統計値(p.value)の結果をもとに判断することができます。GO頻度解析は、各リストのGOの絶対数ではなく、GOの出現頻度を評価するため、各リストのより詳細な遺伝子機能の特徴を捉えることが可能です。1依頼あたり4比較解析まで指定可能です。
    2-c)GO Slim機能比率解析
    GO Slim機能比率解析は、Gene Ontology のcut-down versionであるGO Slim(biological processおよびcellular componentの2つに分類)を使用します。発現が上昇もしくは減少した遺伝子群などの指定のリストに含まれる機能をGO Slimを用いて円グラフにまとめます。各リストに含まれる遺伝子の機能の概観や機能比率を捉えることができます。1依頼あたり4比較解析まで指定可能です。生物種はヒト、マウス、ラットに限ります。
    2-d)KEGGパスウェイ挙動解析
    発現が上昇もしくは減少した遺伝子群などに対して、KEGGパスウェイマップ上に登録されている遺伝子(マイクロアレイの場合は搭載遺伝子)の挙動(Up、Downなど)を色分けして表示させます。各KEGGパスウェイマップにおける遺伝子の変動を捉えることができ、色分けされた興味あるノード(遺伝子を含むポイント)を選択することで、登録されているGeneIDの情報を確認できます。1依頼あたり4比較解析まで指定可能です。ヒト、マウス、ラット以外の生物種については、KEGGパスウェイへの登録がない、もしくは少ない場合がございます。別途ご相談ください。

    タカラバイオはKEGGの正規サービスプロバイダーです。
    KEGGプロバイダー
    2-e)KEGGパスウェイ頻度解析
    パターン解析やクラスタリング解析、Fold-changeなどによって分類または抽出された遺伝子群がどういったpathwayに含まれるかをFisher's exact test(Fisherの正確確率検定)で有意差検定を行い、結果を統計値(p.value)で示します。遺伝子群に特徴的なパスウェイがリストアップされるため、目的の比較解析において影響が生じているパスウェイを統計的に判断することができ、またPathway上のどこに解析に使用したリストに含まれる遺伝子が存在するかを見ることができます。1依頼あたり4比較解析まで指定可能です。

    KEGGパスウェイ頻度解析
    お手持ちのマイクロアレイ発現解析データやRNA-Seq遺伝子発現解析結果の整理・統合・加工や、アノテーション情報の追加など、お客様のご要望に応じて行います。

価格・納期

ご依頼の内容により異なりますので、お問い合わせください。

【参考例】
マウスにある薬剤Aと薬剤B、コントロールをそれぞれn=3で投与し、それぞれの薬剤に特徴的な発現変動のあった遺伝子を抽出し、さらにそれらの遺伝子の生物学的な意味づけを行う。

 データ補正・フィルタリングによる無効プローブの除去
         ↓
 t-testによるコントロールに対して各薬剤によって有意に変動した遺伝子の抽出
         ↓
 パターン解析により薬剤Aと薬剤Bで同じ挙動や特異的な挙動を示す遺伝子グループの作成
         ↓
 Gene Ontology頻度解析またはパスウェイ頻度解析により、各グループの遺伝子機能や関係するパスウェイの推定を行う

1件あたり ¥200,000(税別)~、参考納期 約1ヵ月

納品物

  • 作業報告書
  • 解析結果データ(記録メディア)
※ 解析結果をまとめたExcelファイルおよび関連ファイルで納品いたします。

ご注文方法

データマイニング解析依頼書をダウンロードいただき、必要事項をご記入ください。
記入済み依頼書をアレイ解析依頼書とともに依頼書記載のFAX番号へご送付ください。

受入サンプル

  • マイクロアレイ解析データ(signal値)またはRNA-Seq解析データ(FPKM値)
    その他の形式の場合はお問い合わせください。

ご留意事項

  • お客様よりご提供いただいたサンプル・情報および納品物の複製物は、別途期限を定めている場合を除き、業務終了後3ヵ月を経過すると順次廃棄いたします。ご了承ください。

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注意事項
  • 本受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。納品物を試験研究目的以外へご使用される場合、弊社では納品物に起因する損失・損害等については一切の責任を負いかねます。納品物によっては、その構成物(例えば、ベクター、蛍光色素など)の使用に制限がある場合がありますのでご注意ください。
  • 納品物に起因して、直接的もしくは間接的に発生したお客様の損害については、明らかに弊社の責に帰すべき事由による場合を除いて、弊社は一切その責任を負いません。

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