• 既知遺伝子の発現定量解析に
• 未知の発現領域の同定と定量が可能
• スプライシングバリアントや融合遺伝子の検出に

次世代シーケンサーによるRNA-seq解析では、転写産物の発現定量化だけではなく、配列から新規転写産物や新規スプライスジャンクションを網羅的に探索することや、微量転写産物を検知することが期待されています。タカラバイオでは、HiSeqを用いたRNA解析が可能です。

■チラシをご覧ください。

相乗りシーケンス（NGS）解析

遺伝子発現解析受託サービス

total RNAを提供いただきHiSeqを用いたWhole Transcriptome解析を行います。ヒト、マウス、ラットなどゲノム情報が充実している生物種については、膨大なデータから遺伝子発現量を推定する解析サービスもサポートしています。本解析では、エキソン間をまたぐリードやマルチヒットリードの取り扱いなどを工夫することにより、正確な遺伝子発現解析を可能にしています。新規遺伝子候補も抽出することが可能です。解析結果は、遺伝子および新規遺伝子領域毎の発現量（FPKM等）とリード数をまとめたファイル、UCSCゲノムブラウザのリード数表示用ファイルで納品いたします。
バリアント解析をご希望の方は、ペアエンドシーケンス解析により遺伝子モデル毎の発現量の算出を行います。またSplicing junctionごとの発現量をもとめるオプション解析もございます。

• 作業の流れ
  
• 配列情報、発現情報
  塩基配列およびそのクオリティ値、新規領域を含む遺伝子ごとの発現情報とそのリード数などを納品いたします。
  
  新規遺伝子発現解析例
  
• ビューワ
  遺伝子位置情報 （IGVによるマッピング情報閲覧）をご確認いただけます。
  ※ 情報解析の内容によっては、ビューワの種類が異なる場合があります。
  
  Mapping結果表示例（IGV）
  
  
  Splicing Junction結果表示例（IGV）
  
  

【オプションサービス】

• 細胞・組織からのRNA調製
• Splicing Junction発現解析
  Splice variantごとの発現量を算出します。
• Fusion Gene解析
  癌などの疾患に関与する網羅的な融合遺伝子の検出を、mRNA-seqの配列データから行います。
• rRNA除去作業
  polyAの付与されていないRNAを解析する際に、totalRNAよりrRNAを予め除去します。
• 微量RNA増幅作業
• データマイニング
  各種統計検定による変動遺伝子抽出（群間比較、クラスタリング、パターン解析）、GOやパスウェイを解析による遺伝子機能解析など、実験デザイン・ご希望に応じた手法での解析を実施します。

ご依頼の内容により異なりますので、お問い合わせください。

• 作業報告書
• シーケンスデータ一式
• 配列情報／発現情報データ、ビューワ表示用ファイル等

• 依頼書作成とFAX連絡
  • 高速シーケンス解析依頼書をダウンロードいただき、必要事項をご記入ください。
  • 依頼書記載のサンプル名称と、実際の送付サンプルに記載の名称は必ず一致させてください。
  • サンプル送付の前に、記入済み依頼書をFAXでご送付ください。
• サンプル送付
  • 解析サンプルならびに依頼書を上記サンプル送付先へご送付ください。
  • サンプルは乾燥・漏れならびに容器破損が無いようにご注意いただき、凍結状態を維持するために充分量のドライアイスを同梱し冷凍便で、平日午前着指定でご送付ください。
    また遠隔地を除き、翌日必着でご送付ください。
    

以下のフォーマットにご記入のうえ、依頼書記載のFAX番号へご送付ください。

• 高速シーケンス解析依頼書（PDF）
• 高速シーケンス解析依頼書（Excel）

• total RNAなど
  以下の点にご注意の上、解析サンプルを調製してください。

  	サンプル量	濃度	純度*2
  			OD260/OD280	OD260/OD230	28S/18S
  total RNA*1	4 μg以上	200 ng/μl以上	1.6以上		2.0以上
  組織・細胞（オプション）	別途ご相談*3

  
  

  *1	ヒト・ラット・マウス以外の生物種については8 μg以上のtotal RNAをご準備いただく場合がございます。 すでにpolyA＋ RNAの状態でサンプルをご用意されている場合は、別途ご相談ください。
  *2	電気泳動にてrRNAの明瞭なバンドが検出され、分解していないことをあらかじめご確認ください。
  *3	送付サンプルの採取方法によっては良質なRNAが抽出できない場合がございます。

  ・RNAサンプルはRNase free水に溶解してください。
  ・DNase処理を実施してください。
  ・上記基準に満たない場合は別途お問い合わせください。

・	ご送付いただいたRNAサンプルはアジレント2200 TapeStationなどを用いて検定を行います。この時点で量・純度が次の作業に十分でない場合はご連絡し、対応方法についてご相談いたします。
・	ヒト生体試料の解析にあたり、個人情報に関わるサンプルは、お客様ご所属施設の倫理委員会等で遺伝子解析研究に用いられることの承認が得られており、かつお客様の元で匿名化されたものに限らせていただきます。 詳しくは、「ヒトゲノム・遺伝子解析受託サービスについて」をお読みください。
・	お客様よりご提供いただいたサンプル・情報および納品物の複製物は、別途期限を定めている場合を除き、業務終了後3ヵ月を経過すると順次廃棄いたします。ご了承ください。