※2019年12月2日より、遺伝子発現量の算出手法を変更いたしました（FPKM値⇒TPM値）。

• 既知遺伝子の発現定量解析に
• 未知の発現領域の同定と定量が可能
• スプライシングバリアントや融合遺伝子の検出に

次世代シーケンサーによるRNA-Seq解析では、転写産物の発現定量化だけではなく、配列から新規転写産物や新規スプライスジャンクションを網羅的に探索することや、微量転写産物を検知することが期待されています。タカラバイオでは、イルミナ社シーケンサーを用いたRNA解析が可能です。

total RNAを提供いただき、Strandedライブラリー作製し、HiSeqまたはNovaSeq（イルミナ社）を用いてシーケンスし、Whole Transcriptome解析を行います。ヒト、マウス、ラットなどゲノム参照配列、遺伝子情報が充実している生物種については、膨大なデータから遺伝子発現量算出まで実施可能です。シーケンスデータを参照ゲノム配列にマッピングし、遺伝子単位・transcript単位で既知遺伝子または新規遺伝子を含めて解析し、発現量を算出いたします。必要に応じて融合遺伝子の検出も可能です。本解析では、エキソン間をまたぐリードやマルチヒットリードの取り扱いなどを工夫することにより、正確な遺伝子発現解析を可能にしています。
またSplicing junctionごとの発現量をもとめるオプション解析もございます。
※微量サンプルからの解析はSMART-Seq解析サービスがございます。

• 作業の流れ
  
• 配列情報、発現情報
  遺伝子単位またはtranscript単位での発現情報（TPM)とそのリード数などをExcel表示形式で納品いたします。
  
  遺伝子発現解析結果例
  


• マッピング結果
  マッピング結果をIGV等でご確認いただけます。
  ※ 情報解析の内容によっては、ビューワの種類が異なる場合があります。
  
  Mapping結果表示例（IGV）
  
  
  Splicing Junction結果表示例（IGV）
  
  

【オプションサービス】

• 細胞・組織からのRNA調製
• Splicing Junction発現解析
  Splice variantごとの発現量を算出します。
• 融合遺伝子解析
  癌などの疾患に関与する網羅的な融合遺伝子の検出を、mRNA-Seqの配列データから行います。
• rRNA除去作業
  polyAの付与されていないRNAを解析する際に、totalRNAよりrRNAを予め除去します。生物種によって対応できない場合もございます。お問い合わせください。
• 微量RNA増幅作業
• データマイニング
  各種統計検定による変動遺伝子抽出（群間比較、クラスタリング、パターン解析）、GOやパスウェイを解析による遺伝子機能解析など、実験デザイン・ご希望に応じた手法での解析を実施します。

ご依頼の内容により異なりますので、お問い合わせください。
相乗りシーケンス解析ページをご参照ください。

• 作業報告書
• シーケンスデータ一式
• 発現情報、マッピング結果ファイル等
  ※2019年12月2日より、遺伝子発現量の算出手法を変更いたしました（FPKM値⇒TPM値）。

オンライン注文とFAX注文の2種類からお選びください。相乗りシーケンスは、オンライン注文からご注文ください。

• オンライン注文
  ※ 生物種、サンプル形態によっては対応していないものがございます。その場合は見積書をご用意いたしますので、お問い合わせください。
  WEB会員登録後、必要事項を入力してご注文ください。オンライン注文へ
  ご注文方法の概略については、こちらをご参照ください。
  「オンラインのご注文方法について」


• FAX注文
  • 高速シーケンス解析依頼書をダウンロードいただき、必要事項をご記入ください。
  • 依頼書記載のサンプル名称と、実際の送付サンプルに記載の名称は必ず一致させてください。
  • サンプル送付の前に、記入済み依頼書をFAXでご送付ください。
    以下のフォーマットにご記入のうえ、依頼書記載のFAX番号へご送付ください。
    • 高速シーケンス解析依頼書（Excel）
    • 臨床検体又は供与細胞に関する情報提供用紙（Excel） ※臨床検体・細胞を送付いただく場合は、受託サービスをお申込みいただく前に、「臨床検体又は供与細胞に関する情報提供用紙」にご記入の上、弊社へお送りください。 弊社にてご提供いただいた情報を元にお取り扱いの可否を判断して折り返しご連絡いたします。
      「臨床検体のお取り扱いについて」の詳細はこちらをご参照ください。


• サンプル送付
  • 解析サンプルならびに依頼書（オンライン注文の場合は注文依頼完了画面の印刷物）を下記サンプル送付先へご送付ください。
    サンプルは乾燥・漏れならびに容器破損が無いようにご注意いただき、凍結状態を維持するために充分量のドライアイスを同梱し冷凍便で、平日午前着指定でご送付ください。
    また遠隔地を除き、翌日必着でご送付ください。

• total RNAなど
  以下の点にご注意の上、解析サンプルを調製してください。

  	サンプル量	濃度	純度*2
  			OD260/OD280	OD260/OD230	28S/18S
  total RNA*1	4 μg以上	200 ng/μl以上	1.6以上		2.0以上
  組織・細胞（オプション）	別途ご相談*3

  
  

  *1	ヒト・ラット・マウス以外の生物種については8 μg以上のtotal RNAをご準備いただく場合がございます。 すでにpolyA＋ RNAの状態でサンプルをご用意されている場合は、別途ご相談ください。
  *2	電気泳動にてrRNAの明瞭なバンドが検出され、分解していないことをあらかじめご確認ください。
  *3	送付サンプルの採取方法によっては良質なRNAが抽出できない場合がございます。

  ・RNAサンプルはRNase free水に溶解してください。
  ・DNase処理を実施してください。
  ・上記基準に満たない場合は別途お問い合わせください。

・	ご送付いただいたRNAサンプルはアジレント2200 TapeStationなどを用いて検定を行います。この時点で量・純度が次の作業に十分でない場合はご連絡し、対応方法についてご相談いたします。
・	ヒト生体試料の解析にあたり、個人情報に関わるサンプルは、お客様ご所属施設の倫理委員会等で遺伝子解析研究に用いられることの承認が得られており、かつお客様の元で匿名化されたものに限らせていただきます。 詳しくは、「ヒトゲノム・遺伝子解析受託サービスについて」をお読みください。
・	お客様よりご提供いただいたサンプル・情報および納品物の複製物は、別途期限を定めている場合を除き、業務終了後3ヵ月を経過すると順次廃棄いたします。ご了承ください。

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