PacBioで解析した微生物ゲノム配列を高精度配列に改善

微生物ゲノム配列フィニッシング解析

■お問い合わせ窓口(A)

TEL:077-565-6999


[サンプル送付先]
タカラバイオ株式会社 CDMセンター 遺伝子工学研究/検査 受託受付担当 宛て
〒525-0058 滋賀県草津市野路東七丁目4番38号
TEL:077-567-9262
ご注意:伝票の品名に受託名をご記載ください。 お問い合わせフォームは こちら

特長

  • PacBioシーケンサーで解析した細菌等ゲノムドラフト配列を高精度配列に改善
  • ゲノム配列の環状化および重複末端配列除去等の作業を行います
  • 公共データベース登録する際にお勧めします

概要

PacBioシーケンサーを利用すると細菌をはじめ微生物のゲノム配列はギャップなく染色体配列が1本のコンティグ配列で構築されます。ただし、得られたコンティグ配列は、ゲノム全体をカバーしているもののそのまま利用するには不十分です。コンティグ配列はランダムな位置で切断され、両末端は重複配列で構成されていることがしばしばです。これらを解消し、ゲノム配列を再構築することで、公共データベース登録に理想的な配列を作成いたします。

サービス内容

PacBioシーケンスデータおよびアセンブルデータを提供いただき、以下の作業を実施いたします。
(原核生物の例)

・両末端が重複するコンティグ配列の環状化
・ゲノム開始点の修正
・ゲノム向きの整列
・他コンティグ配列にも含まれる配列除去
・再ポリッシングによるコンティグ配列の高精度化


※その他の生物種の場合は別途お問い合わせください。

価格・納期

ご依頼の内容により異なりますので、お問い合わせください。

納品物

  • 作業報告書
  • 再ポリッシング結果(bam, bai, fasta, html)
  • フィニッシング後のコンティグ配列(fasta, fastq)

ご注文方法

  • 依頼書作成とFAX連絡
    • 高速シーケンス解析依頼書をダウンロードいただき、必要事項をご記入ください。
    • 依頼書記載のサンプル名称と、実際の送付サンプルに記載の名称は必ず一致させてください。
    • サンプル送付の前に、記入済み依頼書をFAXでご送付ください。
  • サンプル送付
    • シーケンスデータならびに依頼書を上記サンプル送付先へご送付ください。
    • シーケンスデータはハードディスク等に保存した状態で破損が無いようにご注意いただき、宅配便で平日午前着指定でご送付ください。

以下のフォーマットにご記入のうえ、依頼書記載のFAX番号へご送付ください。

受入サンプル

  • シーケンスデータ
    PacBioシーケンサーから得られたシーケンスデータ(h5, xml)
  • アセンブルデータ
    アセンブルにより得られたコンティグ配列(fasta)

ご留意事項

供与アセンブルデータがゲノム全長のものでない場合には、環状化が行われません。
真核生物の場合は別途お問い合わせください。

この製品を見た人は、こんな製品も見ています。

注意事項
  • 本受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。納品物を試験研究目的以外へご使用される場合、弊社では納品物に起因する損失・損害等については一切の責任を負いかねます。納品物によっては、その構成物(例えば、ベクター、蛍光色素など)の使用に制限がある場合がありますのでご注意ください。
  • 納品物に起因して、直接的もしくは間接的に発生したお客様の損害については、明らかに弊社の責に帰すべき事由による場合を除いて、弊社は一切その責任を負いません。

▲このページのトップへ