Exiqon社LNA関連製品 概説

microRNA解析に最適なLNA技術

microRNAは、鎖長が19~25塩基と短鎖であること、GC含有量にばらつき(5~95%)があること、さらにファミリー間の配列保存性が高いことから、従来のDNAプローブでは信頼性の高い検出を行うことが困難でした。特にDNAプローブを用いたマイクロアレイ解析では、GC含有量が低い多くのmicroRNAを検出することができませんでした。
Exiqon社のLNA(Locked Nucleic Acid)技術はこれらの問題に革新的なソリューションを提供します。RNA誘導体であるLNAは、非常に高い配列特異性と結合親和性を示し、LNAを含むオリゴヌクレオチドを用いることで1塩基レベルのミスマッチも検出が可能です。また、プローブ中にLNAを1塩基用いるごとにTm値が2~8℃上昇するため、microRNAのような短鎖のターゲットに対しても均一なTm値を持つマイクロアレイプローブを作製することができます。
Exiqon社はこのLNA技術を用いて、microRNA解析のためのマイクロアレイ、定量PCRプライマー、in situハイブリダイゼーションプローブ、インヒビターなどの製品を提供しています。
LNA修飾プローブとDNAプローブの比較
Exiqon社miRCURY LNA microRNA ArrayおよびA社のDNAベースアレイに、同じ660種類の合成miRNAをハイブリダイゼーションした際のシグナル強度(log2signal/100 amol target)を示した。4 log2以下のシグナルは検出限界以下であり、8 log2以上のシグナルは良好に検出ができる。
DNAプローブ(右図)は約半数のプローブがmiRNAに対するプローブとしての信頼性が低いが、LNA修飾プローブ(左図)は信頼性の高いmicroRNA検出が可能である。なお、miRNAのGC含有量とDNAプローブによるばらつきには相関性が見られた。

LNAとは?
Locked Nucleic Acid(LNA)とは、リボース環の2’位の酸素原子と4’位の炭素原子がメチレンを介して架橋(オレンジ色)されたRNAアナログの一種です。LNAを含むオリゴヌクレオチドは、相補的なDNAやRNAに対する熱安定性が上昇し、極めて高い結合親和性と配列特異性を示します。
また、プローブ中にLNAを用いると、1塩基につき2~8℃ Tm値が上昇するため、LNAを用いた最適化により、microRNAのような短鎖ターゲットに対して、均一なTm値のプローブを作製することができます。

DNAヌクレオチドの一部をLNAに置換し、LNA含有量を調節することで、高いTm値を保ったままプローブ鎖長を短くすることが可能です。

LNAの利点

優れた配列特異性
  • 1塩基レベルのミスマッチを検出可能
  • microRNAに存在するファミリー間の識別が可能
Tm値のノーマライズが可能
  • GC含有率にかかわらず再現性の高いmircoRNA検出が可能
非常に高感度
  • 体液やFFPEサンプルなどからのmicroRNA解析が可能
  • わずか40 ngのtotal RNAからプロファイリングが可能

Exiqon社miRNA研究用試薬

Exiqon社 mRNA/IncRNA アンチセンスオリゴヌクレオチド

mRNA, IncRNAの機能解析に
LNA longRNA GapmeR

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