LNA microRNA 定量PCR用プレート

microRNA Ready-to-Use PCR Panel

  • 384 well plateにプライマーを分注済み、Ready-to-UseのmicroRNA定量PCRパネル
  • わずか40 ngのtotal RNAでヒト約750種類、またはマウス、ラット約750種類のmicroRNAを網羅的に定量
  • RNAやcDNAの増幅は不要:血清、血漿、LCMサンプルなどRNA収量が低いサンプルからでも使用可能
  • cDNAとSYBR Green master mixを混合してプレートに加えるだけ
  • 1塩基のミスマッチも識別可能:類似配列や前駆体microRNAを区別して目的のmicroRNAだけを特異的に検出
  • Version 4のPCR PanelはmiRBase ver. 20.0に対応
メーカー
略称
製品コード TaKaRa
Code
製品名 容量 価格(税別) 特記事項 説明書
データシート
ベクター情報
参考
資料
EXQ YAHS-312ZE-8 E23615 microRNA Ready-to-Use PCR, Human panel I+II, V4.M
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¥250,000
旧製品コード 203615 説明書・データシート・ベクター情報
EXQ YAHS-312ZG-8 E23616 microRNA Ready-to-Use PCR, Human panel I+II, V4.R
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¥250,000
旧製品コード 203616 説明書・データシート・ベクター情報
EXQ YAHS-301ZE-4 E23617 microRNA Ready-to-Use PCR, Human panel I, V4.M
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旧製品コード 203617 説明書・データシート・ベクター情報
EXQ YAHS-301ZG-4 E23618 microRNA Ready-to-Use PCR, Human panel I, V4.R
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¥211,000
旧製品コード 203618 説明書・データシート・ベクター情報
EXQ YAMR-312ZE-8 E23713 microRNA Ready-to-Use PCR, Mouse&Rat panel I+II,V4.M
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¥250,000
旧製品コード 203713 説明書・データシート・ベクター情報
EXQ YAMR-312ZG-8 E23714 microRNA Ready-to-Use PCR, Mouse&Rat panel I+II,V4.R
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旧製品コード 203714 説明書・データシート・ベクター情報
EXQ YAMR-301ZE-4 E23715 microRNA Ready-to-Use PCR, Mouse&Rat panel I,V4.M
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旧製品コード 203715 説明書・データシート・ベクター情報
EXQ YAMR-301ZG-4 E23716 microRNA Ready-to-Use PCR, Mouse&Rat panel I,V4.R
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(4検体分)
¥211,000
旧製品コード 203716 説明書・データシート・ベクター情報

Exiqon社Webサイト

製品説明

本製品は、Exiqon社の設計済み、反応性確認済みの各microRNA LNA PCR Primer Setを384 well plateの各ウェルに1反応分ずつ分注し凍結乾燥させたReady-to-Useの定量PCR用パネル製品です。各プライマーは、最適な位置にLNAを含んでいるため、特異性が極めて高く、配列が類似したmicroRNAや前駆体microRNA配列と区別して目的microRNAだけを検出、定量することができます。
また、LNAを利用しているため検出感度が非常に高く、わずか40 ngのtotal RNAから、ヒト、あるいはマウス、ラットのmicroRNAを網羅的にプロファイリングすることができます。RNAやcDNAの増幅は必要なく、Universal cDNA Synthesis Kit IIで逆転写したcDNAとExiLENT SYBR Green master mixを混合するだけで反応を開始することができ、逆転写反応開始から約3時間で結果を得ることができます(図1)。
cDNA合成反応およびリアルタイムPCR反応には必ずExiqon社の試薬を使用してください。

製品には、Panel Iのみ、またはPanel IとIIがセットになったものが用意されています。
Panel Iには、発現量が多い、疾患で特異的に発現する、論文に引用されることが多いなど、優先順位が高いと考えらえるmicroRNAを検出するプライマーが搭載されており、Panel IIには、Panel Iに入っていないが重要度が高いと考えられるプライマーが搭載されています。
更に、各パネルにはコントロールとして、プレート間の補正用キャリブレーター(3ウェル)とRNA Spike-in(Universal cDNA Synthesis Kitに含まれている)検出用プライマーも含まれています。各パネルに搭載されているプライマーセットのリストはExiqon社Webサイトからダウンロードすることができます。

microRNA Ready-to-Use PCR概要
Human panel I+II, MまたはRPanel Iは約370種類のヒトmiRNAを、Panel I+IIは2枚で約750種類のヒトmiRNAを定量できる。
どちらにも6種類のリファレンス遺伝子(U6, SNORD38B, SNORD49A, miR-103, miR-191, miR-423-5p)検出用プライマーが搭載されている。
Mouse&Rat panel I+II, MまたはRPanel Iは約370種類のマウスおよびラットmiRNAを、Panel I+IIは2枚で約750種類のマウスおよびラットmiRNAを定量できる。
どちらにも6種類のリファレンス遺伝子(U6 snRNA, RNU5G, RNU1A1, miR-103, miR-191, miR-423-3p)検出用プライマーが搭載されている。
各製品名の末尾のMまたはRは、プレートの対応機種を示します。
MApplied Biosystems 7900HT他、多数の機種に対応
RRoche LightCycler 480に対応


図1. Universal RT microRNA PCR Systemの解析フロー

製品のバージョンアップについて

新製品のV4パネルが発売されました。変更点については下記をご確認ください。

microRNA Ready-to-Use PCR, Human panel I+IIおよびHuman panel I
  旧製品(V3) 新製品(V4)

製品コード

203611、203612、203613、203614 203615、203616、203617、203618
対応miRBase ver. 19.0 ver. 20.0
変更点:V4パネルはmiRBase v.20.0に対応(87種類の既存のprimer setの設計を更新。UniSp5およびUniSp6 PCR primer setの設計を更新)。
旧製品の販売は終了しました。

microRNA Ready-to-Use PCR, Mouse&Rat panel I+IIおよびMouse&Rat panel I
  旧製品(V3) 新製品(V4)

製品コード

203709、203710、203711、203712 203713、203714、203715、203716

対応miRBase

ver. 19.0 ver. 20.0
変更点:V4パネルはmiRBase v.20.0に対応(63種類の既存のprimer setの設計を更新。UniSp5およびUniSp6 PCR primer setの設計を更新)。
旧製品の販売は終了しました。

使用例


図2. FFPEサンプルから抽出した微量RNAサンプルの相対定量
腫瘍組織部位、または正常組織部位のFFPE切片から抽出した40 ngのtotal RNAを用いて、microRNA Ready-to-Use PCR, Human panel I+IIで730種類のmiRNAの定量PCRを行った。424種類のプライマーでCq値が37以下であり、そのうち144種類は腫瘍サンプルの発現が正常サンプルに比べて1/2以下(青)、26種類は2倍以上となっていた(赤)。


図3. 血清サンプルを用いた発現プロファイリング
血清35 μlから抽出したtotal RNAをサンプルとして368種類のmiRNAの発現プロファイリングを行った。逆転写反応をn=3で実施しHuman panel Iで定量した結果、120種類以上のmiRNAが平均Cq値35以下であった。hsa-miR-16(血清/血漿で高発現)とhsa-let-7aを赤色で示す。U6リファレンス遺伝子は橙色で示す。


図4. 測定日間の再現性の検討
ヒト心臓、肝臓のtotal RNA各40 ngを用いて、異なる日にmicroRNA Ready-to-Use PCR Human panel I+IIでのmiRNA発現プロファイリングを実施し、実施日間の再現性を調べた。Cq値35以下の全てのmicroRNAのCq値は、測定日が異なっても高い相関性を示した(全297データポイント)。


図5. 異なるラボ間での再現性の検討
同一のtotal RNAサンプル(心臓、肝臓由来)を用いて、2か所の異なるラボで、異なるオペレーター、異なる日にmicroRNA Ready-to-use PCR panelを用いたmiRNA発現プロファイリングを実施し、再現性を調べた。Cq値35以下の全てのmicroRNAの平均Cq値(逆転写反応3回分の平均)は、異なるラボ間でも高い相関性を示した(全297データポイント)。

4タイプのmiRNA定量PCR primer set製品

Exiqon社のmicroRNA LNA PCR primer set製品は、Ready-to-UseのPCRパネル製品を含め、以下の4タイプの製品をご用意しています。研究目的に応じた製品を選択してご使用ください。

I miRNome panel
プロファイリング解析に
Human panel : 約750種類のバリデーション済みヒトmiRNA検出プライマーを搭載
Mouse & Rat panel : 約750種類のバリデーション済みマウス&ラットmiRNA検出プライマーを搭載
II Focus panel
特定のサンプルの
プロファイリング解析に
Cancer Focus microRNA PCR Panel (Human) :
がん遺伝子や腫瘍抑制因子に関連する84種類のmiRNAのバリデーション済み検出プライマーを搭載
Serum / Plasma Focus microRNA PCR Panel (Human) :
血清や血漿に存在する179種類のmiRNAのバリデーション済み検出プライマーを搭載
Toxicology Focus microRNA PCR Panel (Human, Rat, Monkey, Dog)
毒性学に関連する87種類のmiRNAのバリデーション済み検出プライマーを搭載
(Exosome Focus panelおよびStem Cell Focus panelは、Pick-&-Mix panelから選択できます)
III Pick-&-Mix panel
カスタム設計パネル
ご自身が研究対象とするmiRNA PCR primer setを、基本レイアウトを元に96 wellまたは384 well PCRプレートに独自のレイアウトに配置できるカスタム設計miRNA PCRパネル。マイクロアレイやmiRNomeパネルスクリーニング結果の検証実験などに最適。(最小発注枚数8プレート)
IV Individual assay
単一miRNAの解析に
Individual microRNA LNA PCR primer set : 目的のmiRNAプライマーセットを単品で注文可能。バリデーション済みの約1,400種類のプライマーセットから選択。(プライマーセットの検索にはLNA PCR Primer Set検索サイトをご利用ください)
Custom microRNA LNA PCR primer set : miRBase未登録のmiRNAなどに対するプライマーをカスタム合成

PCRパネルレイアウトファイル

PCRパネル製品に搭載されているLNA miRNA PCR primer setの詳細は、こちらのExiqon社Webサイトに掲載されているレイアウトファイルにてご確認ください。

内容

Human Panel I+II(製品コード 203611、203612、203615、203616)
Mouse & Rat Panel I+II(製品コード 203709、2037010、203713、203714)

Panel IおよびII が各4枚(いずれも384 well plate)

Human Panel I(製品コード 203613、203614、203617、203618)
Mouse & Rat Panel I(製品コード 203711、203712、203715、203716)

Panel Iのみが4枚(384 well plate)

保存

-20℃

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