SMARTer ICELL8 Human TCR Profiling(cxシステム用)

  • SMARTer ICELL8 cxシステムで分離した数百の単一ヒトT細胞のα鎖およびβ鎖のV(D)J可変領域のシーケンスとペアリング情報を取得
  • SMART技術とRACE法の組合せにより、低頻度のTCR変異体も検出可能
  • 一度の解析で最大8種類の異なる細胞サンプルを解析
  • シングルセルTCR解析と同時に5' DE発現解析が可能(近日公開予定)
メーカー
略称
製品コード TaKaRa
Code
製品名 容量 価格(税別) 特記事項 説明書
データシート
ベクター情報
参考
資料
CLN 640200 WF0219 SMARTer™ ICELL8® cx TCR Chip
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1 Chip ¥275,000
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CLN 640179 WF0179 SMARTer® ICELL8® Human TCR a/b Profiling - Indexing Primer Set
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1 Set ¥28,000
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CLN 640180 WF0180 SMARTer® ICELL8® Human TCR a/b Profiling - Indexing Primer Set
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5 Set ¥100,000
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CLN 640181 WF0181 SMARTer® ICELL8® Human TCR a/b Profiling - Indexing Primer Set
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10 Set ¥180,000
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CLN 640182 WF0182 SMARTer® ICELL8® Human TCR a/b Profiling Reagent Kit
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  • 化学物質排出把握管理促進法(PRTR法)
  • 安全データシート(SDS)添付
1 Kit ¥72,000
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CLN 640197 WF0212 SMARTer™ ICELL8® cx Loading Kit
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1 Kit ¥14,000
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CLN 640048 WF0128 SMARTer™ ICELL8® Collection Kit
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1 Kit ¥4,000
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製品説明

T細胞が持つ抗原特異性には特定のTCRα鎖-TCRβ鎖の組合せが関連するため、ペアリング情報を得ることは抗原認識に関する研究において非常に重要です。従来法のシングルセルT細胞のシーケンスは、個々のT細胞におけるα鎖-β鎖のペアリングを決定することはできますが、大量の細胞を個別にシーケンスする必要があるため、非常にコストが高く複雑な分析が必要でした。
SMARTer ICELL8 cx TCR Chipと関連試薬を用いて、SMARTer ICELL8 cxシステムによりシングルセル化された数百のT細胞のα鎖とβ鎖の情報を、1つのシーケンス用ライブラリーとして解析することができます。さらに、Indexing Primer Setを用いて最大10枚のICELL8 TCR Chip由来のcDNAライブラリーをプールし、同時にNGS解析することができます。本製品はSMART法によるcDNA合成とRACEベースのTCR遺伝子特異的PCRを組み合わせて、TCRα鎖およびTCRβ鎖の可変領域(VDJ)の全長を増幅することができるため高感度なTCRシーケンスが実施できます。

SMARTer ICELL8 cx TCR Chip(5,184ナノウェル)には1,728種類のウェルバーコード(SMARTer Oligoにウェルバーコードを付加)があらかじめプリントされており、各バーコードはチップ上に3ウェルずつプリントされています。SMARTer ICELL8 cxシステムを用いてT細胞をチップに分注し、同システムでイメージングした後に生きた単一のT細胞を含むウェルを同定・選択します。RT-PCR試薬を選択した生きた単一のT細胞を含むウェルのみに分注し、cDNA合成と増幅反応を各ウェル内で行います。 次に、バーコード化されたcDNA増幅産物をチップから回収・プールし、精製したcDNAを1st TCR-specific PCRの鋳型として使用します。さらに2nd TCR-specific PCRによりイルミナインデックスプライマーの取り込むことでイルミナ社のNGS解析に対応したcDNAライブラリーが作製できます。
シングルセルTCR解析と同時に5' DE解析が可能
本製品を用いた応用例として、5 '末端のキャプチャーによる遺伝子差発現解析をシングルセルTCR解析と並行して行うことができます。回収したcDNA増幅産物の一部を用いて5' DE解析用のライブラリー作製を行うことで、特定のクロノタイプを持つT細胞についての遺伝子発現解析することが可能です。

5' DE解析用のプロトコールは近日中の公開を予定しています。

表1.ICELL8 TCR Chipと試薬の購入例
製品名 容量 製品コード 必要数
SMARTer ICELL8 cx TCR Chip 1 Chip 640200 1
SMARTer ICELL8 Human TCR a/b Profiling - Indexing Primer Set 1 Set 640179 1
SMARTer ICELL8 Human TCR a/b Profiling Reagent Kit 1 Kit 640182 1
SMARTer ICELL8 Collection Kit 1 Kit 640048 1
SMARTer ICELL8 cx Loading Kit 1 Kit 640197 1
1枚のSMARTer ICELL8 cx TCR Chipを使用する場合は上記製品リストの製品を各1点ずつ購入してください。別売のIndexing Primer Set製品を購入することで、最大10枚のSMARTer ICELL8 cx TCR ChipをプールしてNGS解析することができます。

内容

SMARTer ICELL8 Human TCR a/b Profiling - Indexing Primer Set(製品コード 640179) for 1 Chip
ICELL8 TCRa Human Primer 2 Forward HT Index 1 (aF1;2 μM)
ICELL8 TCRb Human Primer 2 Forward HT Index 1 (bF1;2 μM)
SMARTer ICELL8 Human TCR a/b Profiling - Indexing Primer Set(製品コード 640180) for 5 Chip
ICELL8 TCRa Human Primer 2 Forward HT Index 1-5 (aF1-aF5;2 μM)
ICELL8 TCRb Human Primer 2 Forward HT Index 1-5 (bF1-bF5;2 μM)
SMARTer ICELL8 Human TCR a/b Profiling - Indexing Primer Set(製品コード 640181) for 10 Chip
ICELL8 TCRa Human Primer 2 Forward HT Index 1-10 (aF1-aF10;2 μM)
ICELL8 TCRb Human Primer 2 Forward HT Index 1-10 (bF1-bF10;2 μM)
SMARTer ICELL8 Human TCR a/b Profiling Reagent Kit(製品コード 640182)
Package 1:
Package 2:
Control Jurkat Total RNA (1 μg/μl)
Second Diluent (100X)
RNase Inhibitor (40 U/μl)
ICELL8 Fiducial Mix (1X)
cDNA Amplification dNTP Mixture (25 mM each)
Triton X-100 (3%)
SMARTScribe Buffer (10X)
GC Melt (5 M)
MgCl2 (1 M)
Oligo dT Amp Primer (100 μM)
DTT (100 mM)
SMARTScribe Reverse Transcriptase (100 U/μl)
cDNA Amplification Buffer (2X)
ICELL8 Amp Primer (10 μM)
TCRa Human Primer 1 (2 μM)
TCRb Human Primer 1 (2 μM)
cDNA Amplification Polymerase (50X)
P5 Primer (5 μM)
TCR Amplification Polymerase (1.25 U/μl)
TCR Amplification Buffer (5X)
TCR Amplification dNTP Mixture (2.5 mM each)
Nuclease-Free Water
SMARTer ICELL8 Collection Kit (製品コード 640048)
Collection Fixture
Collection Tube
Collection Film
SMARTer ICELL8 cx Loading Kit (製品コード 640197)
Optical Imaging Film
Sealing Film
Blotting Paper
SmartChip Intermediate Film

保存

Control Jurkat Total RNA :-70℃
SMARTer ICELL8 Collection Kit:室温
SMARTer ICELL8 Loading Kit:室温
その他 :-20℃

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