SMARTer® ICELL8® 3' DE Kit

  • ハイスループットなシングルセル解析:1,200~1,500個のシングルセルのシーケンスデータを一度に取得
  • サンプルの柔軟性:一度の実験で最大8種類の異なる細胞サンプルを解析可能
  • mRNA 3'配列の濃縮:mRNA 3'末端由来の配列のみを解析することで遺伝子発現差解析に必要とされるリード数を減らすことが可能
  • Illuminaシーケンシンスライブラリー:Illumina社NGSプラットフォームのシーケンシングに適したライブラリーを作製
メーカー
略称
製品コード TaKaRa
Code
製品名 容量 価格(税別) 特記事項 説明書
データシート
ベクター情報
参考
資料
CLN 640164 WF0146 SMARTer® ICELL8® Chip and Reagent 3' DE Kit
  • New
  • 化学物質排出把握管理促進法(PRTR法)
  • 安全データシート(SDS)添付
1 Kit ¥431,000
説明書・データシート・ベクター情報
CLN 640165 WF0147 SMARTer® ICELL8® Chip and Reagent 3' DE Kit
  • New
  • 化学物質排出把握管理促進法(PRTR法)
  • 安全データシート(SDS)添付
3 Kit ¥1,035,000
説明書・データシート・ベクター情報
CLN 640166 WF0148 SMARTer® ICELL8® Chip and Reagent 3' DE Kit
  • New
  • 化学物質排出把握管理促進法(PRTR法)
  • 安全データシート(SDS)添付
5 Kit ¥1,615,000
説明書・データシート・ベクター情報

注意:本製品はシングルセル解析システムSMARTer ICELL8 Single-Cell Systemの専用試薬です。

製品説明

SMART法を用いたシングルセルRNA-seqライブラリー構築と、SMARTer ICELL8システムの細胞分離と細胞選択能力を組み合わせることで、最大8種類のサンプルからのシングルセルの遺伝子差発現解析のためのIlluminaシーケンスライブラリーの調製が可能です。本キットには、preprinted oligo(dT)プライマーを含んだ5,184個のナノウェルを持つSMARTer ICELL8 3' DE Chip、およびcDNA合成用の試薬が含まれます。

細胞サンプルの染色および希釈後、ICELL8 MultiSample NanoDispenser(MSND)を用いて細胞をSMARTer ICELL8 Chip上のナノウェルに分注します。その後、付属の専用ソフトウエアCellSelect Softwareを使用して、生存しているシングルセルを含むウェルを選択します。解析を行う細胞を選択後、対象となるウェルにRT-PCR試薬を分注し、一回のランでcDNA合成および増幅の両方をチップ内で行います。RT-PCR後、cDNA産物をプール、精製し、transposaseに基づく方法でmRNA 3'末端のcDNAを濃縮した後、イルミナインデックス配列を組み込んだPCR増幅を行いシーケンス用ライブラリーの調製を行います。

本キットによって作製されたライブラリー由来のシーケンスデータは、ナノウェル特異的バーコード配列を用いて個々の細胞にトレースされ、mRNA 3'末端カウンティングによる遺伝子差発現分析を行うことが可能です。1,200~1,500個の細胞から高品質で3'末端に焦点を絞ったシーケンスデータを取得することにより、シングルセルの効率的で低コストなハイスループットな遺伝子差発現分析を行うことが可能です。本キットでは情報解析にUMIは使用できません。UMIを使用した3' DE発現解析を行う場合の必要試薬はこちらをご覧ください。
表1. 3' DE発現解析にUMIを使用する場合とUMIを使用しない場合の製品選択について
  UMIを使用しない場合 UMIを使用する場合
製品名 SMARTer ICELL8 Chip and Reagent 3' DE Kit 必要試薬をまとめたキット製品はご用意していません。以下試薬を個別にご購入ください。
製品コード 640164、640165、640166 -
構成品 ・SMARTer ICELL8 3' DE Chip(640143) ・SMARTer ICELL8 3' DE Chip(640143)
・SMARTer ICELL8 Collection Kit(640048) ・SMARTer ICELL8 Collection Kit(640048)
・SMARTer ICELL8 Loading Kit(640109) ・SMARTer ICELL8 Loading Kit(640109)
・SMARTer ICELL8 3' DE Reagent Kit(640167)(逆転写酵素を含む) ・SMARTer ICELL8 3' DE for UMI Reagent Kit(640005)(逆転写試薬は含まれません)
プロトコール 1 Step RT-PCR 2 Step RT-PCR
細胞溶解 凍結融解 (-80℃, 30 min)とTriton 凍結融解 (-80℃, 30 min)

SMARTer ICELL8 Chip and Reagent 3' DE Kitでは情報解析にUMIは使用できません。UMIを使用した3' DE発現解析を行う場合は必要な試薬を個別にご購入ください。なお、血球系サンプルにはSMARTer ICELL8 Chip and Reagent 3' DE Kitのご使用をお勧めします。

細胞調製の条件検討で分注テストを行う際にはSMARTer ICELL8 150v Chipなどをご利用ください。

内容

SMARTer ICELL8 Chip and Reagent 3' DE Kit(製品コード 640164/640165/640166)
  • SMARTer ICELL8 3' DE Chip
  • SMARTer ICELL8 Collection Kit
  • SMARTer ICELL8 Loading Kit
  • SMARTer ICELL8 3' DE Reagent Kit
    Box 1: Control K562 Total RNA (1 μg/μl)
    Box 2: MgCl2 (1 M)
    5X First-Strand Buffer
    SeqAmp PCR Buffer (2X)
    SMARTScribe Reverse Transcriptase (100 U/μl)
    SeqAmp DNA Polymerase
    Triton X-100 (10%)
    SMARTer ICELL8 3’ DE Oligo Mix
    DTT (100 mM)
    GC Melt (5 M)
    dNTP Mix (25 mM each)
    Second Diluent (100X)
    ICELL8 Fiducial Mix (1X)
    RNase Inhibitor (40 U/μl)
    Primer P5 (5 μM)
    Nuclease-Free Water

保存

SMARTer ICELL8 3' DE Chip:室温
SMARTer ICELL8 Collection Kit:室温
SMARTer ICELL8 Loading Kit:室温
Control K562 RNA:-70℃
その他:-20℃

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注意事項
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