Illumina社NGSプラットフォームおよびIon TorrentのためのcDNA調製キット(超微量)

SMARTer® Ultra® Low Input RNA Kit for Sequencing - v3

  • イルミナ社次世代シーケンサーやIon TorrentによるNGS解析用のcDNA調製キット
  • 1細胞またはtotal RNA 10 pgの超微量サンプルからcDNA調製が可能
  • 操作はシンプルで簡単な1チューブプロトコール
  • 付属のSeqAmp DNA Polymerase使用により高GC遺伝子も効率良く増幅
  • 従来品に比べて高品質RNA-Seqデータを取得可能
        ・完全長遺伝子解析により全トランスクリプトーム情報を取得
        ・5'端、3'端でのcDNA合成のバイアスがない
        ・rRNA配列の混入は2%以下
        ・GCリッチ遺伝子の増幅効率向上
メーカー
略称
製品コード TaKaRa
Code
製品名 容量 価格(税別) 特記事項 説明書
データシート
ベクター情報
参考
資料
CLN 634848 Z4848N SMARTer® Ultra® Low Input RNA Kit for Sequencing - v3
  • 化学物質排出把握管理促進法(PRTR法)
  • 安全データシート(SDS)添付
  • ライセンス
12回 ¥267,800
説明書・データシート・ベクター情報
CLN 634849 Z4849N SMARTer® Ultra® Low Input RNA Kit for Sequencing - v3
  • 化学物質排出把握管理促進法(PRTR法)
  • 安全データシート(SDS)添付
  • ライセンス
24回 ¥494,400
説明書・データシート・ベクター情報
CLN 634850 Z4850N SMARTer® Ultra® Low Input RNA Kit for Sequencing - v3
  • 化学物質排出把握管理促進法(PRTR法)
  • 安全データシート(SDS)添付
  • ライセンス
48回 ¥803,400
説明書・データシート・ベクター情報
CLN 634851 Z4851N SMARTer® Ultra® Low Input RNA Kit for Sequencing - v3
  • 化学物質排出把握管理促進法(PRTR法)
  • 安全データシート(SDS)添付
  • ライセンス
96回 ¥1,236,000
説明書・データシート・ベクター情報
CLN 634852 Z4852N SMARTer® Ultra® Low Input RNA Kit for Sequencing - v3
  • 取寄
  • 化学物質排出把握管理促進法(PRTR法)
  • 安全データシート(SDS)添付
  • ライセンス
192回 ¥2,060,000
説明書・データシート・ベクター情報
CLN 634853 Z4853N SMARTer® Ultra® Low Input RNA Kit for Sequencing - v3
  • 取寄
  • 化学物質排出把握管理促進法(PRTR法)
  • 安全データシート(SDS)添付
  • ライセンス
480回 ¥4,923,400
説明書・データシート・ベクター情報

製品説明

SMARTer Ultra Low Input RNA Kit for Sequencing - v3は、非常に少量の細胞やtotal RNAからのトランスクリプトーム解析(RNA-Seq)用のライブラリー作製に有用なcDNA調製キットである。本製品は、わずか1~1,000個の細胞、またはごく微量のtotal RNA(10 pg~10 ng)からのcDNA調製に適している。従来製品と比較して、GC含量の高い遺伝子も効率よく増幅できるため、より多くの遺伝子について網羅的にマッピングできる。増幅されたcDNAは、Low Input Library Prep Kit(製品コード 634947)や、イルミナ社のNextera sample preparation kitを用いてライブラリー作製しイルミナ社シーケンサーで解析できる。また、Ion Xpress Plus Fragment Library Kit(Life Technologies)でライブラリーを作製し、Ion Torrentシーケンサーで解析できる。

本製品はoligo dTプライマーを利用しており、分解が少なく高品質のRNA(RIN>8)、または損傷のないインタクトな細胞をサンプルとして使用する。
SMART(Switching Mechanism At 5’End of RNA Template)技術は、遺伝子の全長をカバーでき、遺伝子の全長解析、スプライスジャンクション解析、細胞中でのスプライシング現象の解析など、トランスクリプトーム解析において威力を発揮する優れた技術である。

シーケンス結果の従来製品との比較
表1.従来製品とのシーケンス結果比較
本製品(UL-v3)と従来製品SMARTer Ultra Low Input RNA Kit for Illumina Sequencing (UL-HV)から得られたシーケンス結果を比較した。cDNAライブラリーは、100 pgヒト脳total RNA (HBR)または10 pgマウス脳total RNA (MBR)から作製された。シーケンスは、イルミナ社MiSeqシステムを使用した。10 pgサンプルにおいて、本製品で得られるデータが顕著に改善されていた。

1細胞または1,000細胞からのcDNA増幅
図1.1細胞または1,000細胞からのcDNA増幅
HeLa細胞(図A)およびJurkat細胞(図B)の1細胞または1,000細胞からSMARTer Ultra Low Input RNA Kit for Sequencing - v3を用いてcDNAを調製した。
得られたcDNAをAgilent 2100バイオアナライザーにより解析した結果、単一メインピークが得られた。(HeLa細胞での1 kbまでのピークは高発現しているFTH1遺伝子由来である)

シークエンス結果比較
図2.シーケンス結果比較
SMARTer Ultra Low Input RNA Kit for Sequencing - v3(UL-v3)または、SMARTer Ultra Low Input RNA Kit for Illumina Sequencing-HV(UL-HV)を使用し、100 pgヒト脳total RNAからライブラリーを作製後、シーケンスを行った。遺伝子をGC含量ごとに分類し、各キットのデータ比較を行った。各キット(図A、B)とも再現性の良いデータが得られた。UL-v3とUL-HVを比較すると(図C)、高GC含量の遺伝子(赤色)では、UL-v3キットの方がより高い発現を示した。一方、GC含量が中程度(灰色)または低い(青色)遺伝子では、両キットで同程度の発現レベルを示した。

インプットRNA量と転写産物領域分布
図3.インプットRNA量と転写産物領域分布
X軸は、各遺伝子長を100%として表し、数値0は遺伝子転写産物の5’端を、数値100は3’端を示している。Y軸は、遺伝子の平均転写産物のカバー率を示す。本キットにより作製されたcDNAライブラリーでは、使用RNA量に関らず、遺伝子のほぼ全領域をカバーしている。

各次世代シーケンサーで得られたデータ
表2.各次世代シーケンサーで得られたデータ
1細胞または1,000細胞のHeLa細胞またはJurkat細胞から本キットにより作製されたcDNAライブラリーを、MiSeqシステム(イルミナ社)(A)またはIon Torrentシステム(Life Technologies)(B)の解析結果を示す。

内容

BOX1
  SMARTer II A Oligonucleotide(12 μM)
  Control Total RNA(1 μg/μl)
BOX2
  3' SMART CDS Primer II A(12 μM)
  Primer II A - v3(12 μM)
  5X First-Strand Buffer
  SMARTer dNTP Mix (20 mM each)
  Dithiothreitol (DTT;100 mM)
  SMARTScribe Reverse Transcriptase(100 U/μl)
  Nuclease-Free Water
  RNase Inhibitor(40 U/μl)
  10X Lysis Buffer - v3
  Elution Buffer (10 mM Tris-HCl, pH 8.5)
  10X Afa I Buffer
  0.1% BSA
  Afa I(10 U/μl)
SeqAmp DNA Polymerase(製品コード 638504)
  SeqAmp DNA Polymerase
  SeqAmp PCR Buffer(2×)

保存

Control Total RNA、SMARTer IIA Oligonucleotide: -70℃
10X Lysis Buffer - v3、Elution Buffer: -20℃(融解後は4℃保存)
その他のコンポーネント: -20℃

本製品以外に必要な試薬、機器(主なもの)

下記の製品は本キット中に含まれません。下記の製品はユーザーマニュアルに記載のProtocolで使用できることが確認されています。他製品では代替はできないため、ご注意ください。
  • シングルチャンネルピペット: 10 μl、20 μlおよび200 μl
  • 8連チャンネルピペット: 20 μl、200 μl
  • フィルターピペットチップ: 2 μl、20 μlおよび200 μl
  • 1.5 ml tube用minicentrifuge
  • 0.2 ml tubeまたはstrip用minicentrifuge
PCR増幅およびバリデーション:
  • First-Strand cDNA 合成専用のPCRサーマルサイクラー
  • High Sensitivity DNA Kit(Agilent社 Code.5067-4626)
  • Nuclease-free thin-wall PCR tube(0.2 ml ; USA Scientific社 Code.1402-4700)
  • Nuclease-free low adhesion 1.5 ml tube(USA Scientific社Code.1415-2600)またはLoBind tube(Eppendorf社 Code.022431021)
SPRI Bead 精製:
  • Agencourt AMPure PCR Purification Kit(5 ml Beckman Coulter社 Code.A63880 ; 60 ml Beckman Coulter社 Code. A63881)
       -増幅cDNAの精製に使用する
  • Small volume用Magnetic stand
  • 100% Ethanol
シーケンスライブラリー作製:
使用シーケンスシステムにより必要なものを選択する。
  • Ion Xpress Plus Fragment Library Kit(Life Technologies社 Code.4471269)
  • Nextera XT DNA Sample Preparation Kit(Illumina社、Code. FC-131-1024, FC-131-1096)
  • Low Input Library Prep Kit(製品コード 634947)
  • Covaris社 DNA Shearing装置

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注意事項
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