Illumina社NGSプラットフォームおよびIon TorrentのためのcDNA調製キット(超微量)

SMART-Seq® v4 Ultra® Low Input RNA Kit for Sequencing

  • イルミナ社次世代シーケンサーやIon TorrentによるNGS解析用のcDNA調製キット
  • LNA技術とSMART-Seq2法により検出遺伝子数が大幅増
  • 1細胞またはtotal RNA 10 pgの超微量サンプルからcDNA調製が可能
  • 付属のSeqAmp DNA Polymerase使用により高GC遺伝子も効率良く増幅
  • 操作はシンプルで簡単な1チューブプロトコール
SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit for Sequencing RNA-Seq解析関連製品 日本語テクニカルノートあります!
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メーカー
略称
製品コード TaKaRa
Code
製品名 容量 価格(税別)
キャンペーン価格
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参考
資料
CLN 634888 Z4888N SMART-Seq® v4 Ultra® Low Input RNA Kit for Sequencing
  • RNAシーケンス解析
  • 化学物質排出把握管理促進法(PRTR法)
  • 安全データシート(SDS)添付
  • ライセンス
12回 ¥267,800
¥214,240
2017/11/27~
2018/02/28

説明書・データシート・ベクター情報
CLN 634889 Z4889N SMART-Seq® v4 Ultra® Low Input RNA Kit for Sequencing
  • 化学物質排出把握管理促進法(PRTR法)
  • 安全データシート(SDS)添付
  • ライセンス
24回 ¥494,400
説明書・データシート・ベクター情報
CLN 634890 Z4890N SMART-Seq® v4 Ultra® Low Input RNA Kit for Sequencing
  • 化学物質排出把握管理促進法(PRTR法)
  • 安全データシート(SDS)添付
  • ライセンス
48回 ¥803,400
説明書・データシート・ベクター情報
CLN 634891 Z4891N SMART-Seq® v4 Ultra® Low Input RNA Kit for Sequencing
  • 化学物質排出把握管理促進法(PRTR法)
  • 安全データシート(SDS)添付
  • ライセンス
96回 ¥1,236,000
説明書・データシート・ベクター情報
CLN 634892 Z4892N SMART-Seq® v4 Ultra® Low Input RNA Kit for Sequencing
  • 化学物質排出把握管理促進法(PRTR法)
  • 安全データシート(SDS)添付
  • ライセンス
192回 ¥2,060,000
説明書・データシート・ベクター情報
CLN 634893 Z4893N SMART-Seq® v4 Ultra® Low Input RNA Kit for Sequencing
  • 化学物質排出把握管理促進法(PRTR法)
  • 安全データシート(SDS)添付
  • ライセンス
480回 ¥4,923,400
説明書・データシート・ベクター情報
CLN 634894 Z4894N SMART-Seq® v4 Ultra® Low Input RNA Kit for Sequencing
  • 化学物質排出把握管理促進法(PRTR法)
  • 安全データシート(SDS)添付
  • ライセンス
960回 ¥5,500,000
説明書・データシート・ベクター情報
CLN 635013 Z5013N 10X Lysis Buffer
  • 化学物質排出把握管理促進法(PRTR法)
  • 安全データシート(SDS)添付
1.85 ml ¥7,000
説明書・データシート・ベクター情報

※色文字での表示は、キャンペーン価格およびそのキャンペーン期間です。

製品説明

SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit for Sequencingは、1細胞、あるいは微量のtotal RNAからRNA-Seqライブラリー作製用のcDNAを最も高感度に調製できる、第四世代のSMARTer Ultra Low Kitである。本製品は、従来のSMART(Switching Mechanism At 5’End of RNA Template)技術にLNA(Locked Nucleic Acid)技術とSMART-Seq2法*1を取り入れて進化させた最新のSMART技術を用いている。最新SMART技術とsingle-cell mRNA-seqに対する多くの経験により、本製品はSMART-Seq2法や従来のSMARTer Ultra Lowキットに比べて、より多くの遺伝子配列の同定が可能となっている。わずか1~1,000個の細胞、あるいは10 pg~10 ngのtotal RNAから直接cDNA合成を行い、高感度に全長cDNAの調製を行うことができる。さらにGC含量が高い配列も含めて高い遺伝子カバー率、高い再現性が得られる。本キットで作製したcDNAは、イルミナ社シーケンサー、Ion Torrentシーケンサーのいずれにも適用可能である。ライブラリー作製には、Low Input Library Prep Kit(製品コード 634947)、イルミナ社のNextera XT DNA sample preparation kit、あるいはIon Xpress Plus Fragment Library Kit(Life Technologies)が利用できる。
*1SMART-Seq2法はラドウィックがん研究所で開発された技術で、SMART法にLNA(Locked Nucleic Acid)を導入して特異性を向上させることにより、高感度な遺伝子発現解析を行う方法である。
Picelli et al.(2013) Nature Methods 10,1096–1098.

表1 SMART-Seq v4 Kitの感度とマッピング精度(mappability)
Input RNA量 10 pg マウス脳 total RNA
使用キット SMARTer v3 SMART-Seq v4
Number of reads (millions) 4.0(paired)
Number of transcripts(FPKM >0.1) 11,647 10,885 14,731 14,813
Percentage of reads  
Mapped to rRNA 0.8% 0.4% 6.5% 6.1%
Mapped to mithochondria 6.0% 5.4% 3.4% 3.4%
Mapped to genome 96% 97% 96% 95%
Mapped to exons 73% 73% 76% 76%
Mapped to introns 21% 21% 19% 20%
Mapped to intergeneric regions 6.0% 6.2% 4.7% 4.7%
SMART-Seq v4 Kit、またはSMARTer Ultra Low v3 Kitを用いて各10 pgのマウス脳total RNAよりライブラリーを作製した。cDNA増幅のためのPCRは、SMART-Seq v4 Kitでは17サイクル、SMARTer Ultra Low v3 Kitでは18サイクルで実施した。Nextera XT DNA Library Preparation Kitを用いてRNA-seqライブラリーを作製し、Illumina社 MiSeqでシーケンスを行った。
SMARTer v3に比べてSMART-Seq v4の方が、約30%多く遺伝子を検出できた。
低input量における再現性
図1.低input量における再現性
SMART-Seq v4 KitまたはSMARTer Ultra Low v3 Kitを用いて各10 pgのマウス脳total RNAより2連のライブラリーを作製し、各ライブラリーのFPKMs(Fragments Per Kilobase Of Exon Per Million Fragments Mapped)の相関性を比較した。
全プロットの比較(右図)では、どちらも高い相関性(Pearson R between 0.911、0.972)を示した。しかしながら、FPKM<100(左図)を比較すると、SMARTer Ultra Low v3(Pearson R = 0.376;図A)に比べてSMART-Seq v4 Kit(Pearson R=0.739;図B)は明らかに高い値を示した。

内容

Package 1
  Control Total RNA
Package 2
  SMART-Seq v4 Oligonucleotide (48 μM)
  PCR Primer II A (12 μM)
  5X Ultra Low First-Strand Buffer
  SMARTScribe Reverse Transcriptase (100 U/μl)
  3’SMART-Seq CDS Primer II A (12 μM)
  RNase Inhibitor (40 U/μl)
  Nuclease-Free Water
  10X Lysis Buffer
  Afa I (10 U/μl)
  10X AfaI Buffer(製品コード 635013)
  Elution Buffer (10 mM Tris-Cl, pH 8.5)
  0.1% BSA
SeqAmp DNA Polymerase(製品コード 638504、638509)
  SeqAmp DNA Polymerase
  SeqAmp PCR Buffer(2X)

保存

Control Total RNA:-70℃
その他のコンポーネント:-20℃
(10X Lysis Buffer: 融解後は4℃保存、Elution Buffer:融解後は室温保存)

本製品以外に必要な試薬、機器(主なもの)

下記の製品は本キット中に含まれません。下記の製品はユーザーマニュアルに記載のProtocolで使用できることが確認されています。他製品では代替はできないため、ご注意ください。

PCR増幅およびバリデーション:
・First-Strand cDNA 合成専用のPCRサーマルサイクラー
・Double-Strand cDNA 増幅専用のPCRサーマルサイクラー
・High Sensitivity DNA Kit(Agilent社 Code 5067-4626)
・Nuclease-free thin-wall PCR tube(0.2 ml;USA Scientific社 Code 1402-4700)
・Nuclease-free low adhesion 1.5 ml tube(USA Scientific社 Code 1415-2600)またはLoBind tube(Eppendorf社 Code.022431021)

SPRI Bead精製:
・Agencourt AMPure PCR Purification Kit(5 ml Beckman Coulter社 Code A63880 ; 60 ml Beckman Coulter社 Code A63881)-増幅cDNAの精製に使用する
・Small volume用Magnetic stand
・100% Ethanol

シーケンスライブラリー作製:
使用シーケンスシステムにより必要なものを選択する。
・Ion Xpress Plus Fragment Library Kit(Life Technologies Code 4471269)
・Nextera XT DNA Sample Preparation Kit(Illumina社 Code FC-131-1024, FC-131-1096)
・Low Input Library Prep Kit(製品コード 634947)
・Covaris社 DNA Shearing装置

その他
・シングルチャンネルピペット: 10 μl、20 μlおよび200 μl
・8連チャンネルピペット: 20 μl、200 μl
・フィルターピペットチップ: 2 μl、20 μlおよび200 μl
・1.5 ml tube用minicentrifuge
・0.2 ml tubeまたはstrip用minicentrifuge

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注意事項
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