total RNA 250 pg~10 ngからcoding、non-coding RNAの解析が可能

SMARTer® Stranded Total RNA-Seq Kit - Pico Input Mammalian

  • イルミナ社NGS装置対応のRNA-Seq用ライブラリー作製キット
  • 微量サンプル(total RNA 250 pg)からでもcoding / non-coding RNAの解析が可能
  • リボゾームRNA除去の前処理が不要
  • 方向性情報解析にも対応
  • FFPEやLCM由来の分解を受けたtotal RNAも使用可能
  • 5時間の迅速プロトコールで最大96インデックスの設定が可能
イルミナ社NGS装置対応のRNA-Seq用ライブラリー作製キット RNA-Seq解析関連製品
メーカー
略称
製品コード TaKaRa
Code
製品名 容量 価格(税別) 特記事項 説明書
データシート
ベクター情報
参考
資料
CLN 635005 Z5005N SMARTer® Stranded Total RNA-Seq Kit - Pico Input Mammalian
  • ライセンス
12回 ¥240,000
30%OFFクーポン配布中!
説明書・データシート・ベクター情報
CLN 635006 Z5006N SMARTer® Stranded Total RNA-Seq Kit - Pico Input Mammalian
  • ライセンス
48回 ¥780,000
30%OFFクーポン配布中!
説明書・データシート・ベクター情報
CLN 635007 Z5007N SMARTer® Stranded Total RNA-Seq Kit - Pico Input Mammalian
  • ライセンス
96回 ¥1,100,000
30%OFFクーポン配布中!
説明書・データシート・ベクター情報

製品説明

SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit - Pico Input Mammalianは、250 pg~10 ngの哺乳類total RNAからイルミナ社シーケンサー用ライブラリーを迅速に作製するキットである。本キットは、FFPEやLCMサンプルから調製された、分解の進んだ低品質RNAも使用できる。インデックスとアダプターを付加したstrand-specific RNA-seqライブラリーを、一連の操作により約5時間で作製できる。
total RNA中に含まれるリボゾームRNA(rRNA)(および一部ミトコンドリアRNA)は、rRNA特異的プローブを使用したリボソームcDNAを除く独自技術を採用することにより、効率的に除かれる。その結果、シーケンスコストを下げ、マッピング精度(mapping statistics)を上げることができる。
96回用(製品コード 635007)の製品には12種類のReverseプライマーと8種類のForwardプライマーが含まれており、ハイスループット解析用に最大96インデックスが設定できる。

*RNAサンプル量が、10 ng以上の場合は以下の製品のご使用をお勧めします。
・10~100 ng total RNAの場合:
   SMARTer Stranded Total RNA Sample Prep Kit - Low Input Mammalian(製品コード 634861)
・100 ng~1 μg total RNAの場合:
   SMARTer Stranded Total RNA Sample Prep Kit - HI Mammalian(製品コード 634873~634873)
実験フローチャート
図1.実験フローチャート

各ヒト組織のエキソンマッピングと転写産物同定
図2.各ヒト組織のエキソンマッピングと転写産物同定
250 pg total RNAから、R-Probesの+/-で作製されたライブラリーのリード数分布を示す。各ライブラリーは、106ペアエンドリードに対応するシーケンスが解析された。

各ヒト組織のエキソンマッピングと転写産物同定
図3.ラットとマウス組織のエキソンマッピングと転写産物同定
250 pg または500 pg total RNAから、R-Probesの+/-で作製されたライブラリーのリード数分布を示す。各ライブラリーは、106ペアエンドリードに対応するシーケンスが解析された。

各ヒト組織のエキソンマッピングと転写産物同定
図4.リボソームcDNA除去のライブラリーへの影響
250 pg ヒト脳total RNAまたは心臓total RNAからリボソームcDNA除去処理+/-(R-Probesの+/-)で作製された各ライブラリーのFPKMs(Fragments Per Kilobase Of Exon Per Million Fragments Mapped)の相関性を調べた

分解されたRNAの解析例
図5.分解されたRNAの解析例
RIN値8の250 pgヒトtotal RNAは4分間のFragmentation処理を行い、分解の進んだRIN値2.5の250 pgヒトtotal RNAはそのまま本キットによりライブラリー作製を行った。
イルミナ社MiSeqによりシーケンス後、インサートサイズごとの分布を示す。

分解されたRNAの解析例
図6.使用RNA量間での高再現性
250 pgおよび10 ngマウス脳total RNAから作製された各ライブラリーのFPKMs(Fragments Per Kilobase Of Exon Per Million Fragments Mapped)の相関性を調べた。

内容

Package 1:
   TSO Mix
   R-Probes
   ZapR
   Control Total RNA (1 μg/μl、mouse brain)

Package 2:
   SMART Pico Oligos Mix
   5X First-Strand Buffer
   SMARTScribe RT (100 U/μl)
   RNase Inhibitor (40 U/μl)
   10X ZapR Buffer
   Stranded Elution Buffer
   PCR2 Primers
   Nuclease-Free Water
   SeqAmp DNA Polymerase
   SeqAmp PCR Buffer (2X)

Indexing Primer Set:
   12回用(製品コード 635005)
   Indexing Primer Set HT for Illumina-12
   Forward PCR Primer HT Index 2 (F2; 12 μM)
   Reverse PCR Primer HT Index 1~12 (R1~R12; 12 μM)

   48回用(製品コード 635006)
   Indexing Primer Set HT for Illumina - 48 A
   Forward PCR Primer HT Index 1~4 (F1~4; 12 μM)
   Reverse PCR Primer HT Index 1~12 (R1~R12; 12 μM)

   96回用(製品コード 635007)
   Indexing Primer Set HT for Illumina
   Forward PCR Primer HT Index 1~8 (F1~8; 12 μM)
   Reverse PCR Primer HT Index 1~12 (R1~R12; 12 μM)

保存

Package 1:-70℃
Package 2:-20℃
Indexing Primer Set:-20℃

本製品以外に必要な試薬、機器(主なもの)

下記の製品は本キット中に含まれません。下記の製品はユーザーマニュアルに記載のProtocolで使用できることが確認されています。他製品では代替はできないため、ご注意ください。

・シングルチャンネルピペット: 10 μl、20 μlおよび200 μl
・8連チャンネルピペット: 20 μl、200 μl
・First-Strand cDNA 合成専用のPCRサーマルサイクラー
・Double-Strand cDNA 増幅専用のPCRサーマルサイクラー
・フィルターピペットチップ: 10 μl、20 μlおよび200 μl
・0.2 ml tube minicentrifuge
・96-well PCR chiller rack: IsoFreeze PCR Rack (MIDSCI, Cat. No. 5640-T4) or 96 Well Aluminum Block (Light Labs, Cat. No. A-7079)

PCR増幅およびバリデーション
・Qubit dsDNA HS kit (Life Technologies, Cat. No. Q32851)
・Nuclease-free thin-wall PCR tube(0.2 ml;USA Scientific社 Code 1402-4700)
・Nuclease-free nonsticky 1.5 ml tubes (USA Scientific社 Code 1415-2600)

SPRI Bead精製
・Agencourt AMPure XP PCR Purification Kit(5 ml; Beckman Coulter社; 5 ml, Code. A63880、60 ml, Code. A63881)
・0.2 ml チューブ用Magnetic Separation Device
・80% Ethanol(用時調製)

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注意事項
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