イルミナ社NGSプラットフォームのためのライブラリー作製キット

DNA SMART™ ChIP-Seq Kit

  • 新SMART法によるイルミナ社シーケンサー用ChIP-Seqライブラリー作製キット
  • ライゲーション反応を行なわずにライブラリー作製が可能
  • 100 pgという微量DNAからでも対応可能(細胞数では10,000~1,000,000細胞)
  • Double strand DNAだけでなくSingle strand DNAでもOK
  • 操作時間は約4時間と他社同等キットの半分程度
  • ChIP Elute Kit(製品コード 634887)によるDNA精製・濃縮はたった1時間で完了。“そのまま”DNA SMART ChIP-Seqに利用可能
スマート
メーカー
略称
製品コード TaKaRa
Code
製品名 容量 価格(税別) 特記事項 説明書
データシート
ベクター情報
参考
資料
CLN 634865 Z4865N DNA SMART™ ChIP-Seq Kit - 12
  • ライセンス
12回 ¥110,000
30%OFFクーポン配布中!
説明書・データシート・ベクター情報
CLN 634866 Z4866N DNA SMART™ ChIP-Seq Kit - 48 A
  • ライセンス
48回 ¥380,000
30%OFFクーポン配布中!
説明書・データシート・ベクター情報
CLN 634867 Z4867N DNA SMART™ ChIP-Seq Kit - 48 B
  • ライセンス
48回 ¥380,000
30%OFFクーポン配布中!
説明書・データシート・ベクター情報
CLN 634887 Z4887N ChIP Elute Kit
50回 ¥58,000
説明書・データシート・ベクター情報

製品説明

DNA SMART ChIP-Seq Kitは、イルミナ社次世代シーケンサー用のChIP-Seq解析用ライブラリーを作製するキットである。ライゲーション反応を行うことなくDNA断片末端にアダプターを付加するので、操作時間が約4時間と他社同等キットの半分程度である。一般的にクロマチン免疫沈降(ChIP)で得られるDNAは微量で、特に低発現の転写因子に対する抗体を使用した時は、ChIP-Seq用のライブラリー作製は困難な場合が多い。
クロンテック社のSMART法の新技術により、100 pg(~10 ng)という微量DNAからでもライブラリー作製が可能となった。また、Double strand DNAだけでなくSingle strand DNAも対応可能である。

ラインナップは以下の3製品である。
  • DNA SMART ChIP-Seq Kit – 12
    1種類の上流プライマーと12種類の下流プライマーを含み、12種類のインデックス付のライブラリーが作製可能である。
  • DNA SMART ChIP-Seq Kit - 48 A
    4種類の上流プライマーと12種類の下流プライマーを含み、48種類のインデックス付のライブラリーが作製可能である。
  • DNA SMART ChIP-Seq Kit - 48 B
    別の4種類の上流プライマーと12種類の下流プライマーを含み、48種類のインデックス付のライブラリーが作製可能である。

ChIP Elute Kit(製品コード 634887)は、ChIP反応液からDNAの溶出とタンパク質の分解・除去、その後の精製・濃縮を迅速かつ簡便な方法で行うためのキットである。 ChIP反応後のサンプルにDNA Elute ResinとProteinase KによるDNAの溶出とタンパク質の分解・除去を行い、ssDNA Binding Columnsを用いて精製・濃縮するだけで、“そのまま”qPCRおよびDNA SMART ChIP-Seq Kitによるライブラリーの作製が可能である。
従来法では一晩かかっていた反応がわずか1時間で完了する。
DNA SMART ChIP-Seq Kitの実験フローチャート
図1.DNA SMART ChIP-Seq Kitの実験フローチャート
操作は1チューブで、サイズセレクション・精製を含めて約4時間でライブラリー作製ができる。


表1.微量断片化DNAからのChIPライブラリー作製

微量断片化DNAからのChIPライブラリー作製
断片化DNAの使用量にかかわらず、’unique reads without duplicates’で高い値を示し、peak数も同等の値を示した。

表2.細胞ゲノムDNAからのChIP DNAのシーケンス解析

細胞ゲノムDNAからのChIP DNAのシーケンス解析
様々な数の細胞から抽出したゲノムDNAをChIP処理し、得られた断片化DNA全量を使用し直接ChIPシーケンスライブラリーを作製した。細胞数にかかわらず、安定したデータが得られた。

表3.ChIP Elute Kitおよび従来法で調製したサンプルのシーケンス解析結果
Elution /cross-linking reversal method ChIP Elute Traditional ChIP Elute Traditional
Input amount
1 ng
0.25 ng
Library yield (nM)
21.4
16.4
37.3
28.1
Mapped to genome (%)
89.7
90.2
86.4
87.3
Mapped uniquely to genome (%)
71.6
73.2
70.2
71.1
Useful reads (uniquely mapped, non-duplicates; %)
66.0
67.2
58.1
59.0
Non-redundant rate
0.92
0.96
0.83
0.83
No. of peaks identified
37,610
36,924
39,525
37,134
従来法で調製したサンプルとChIP Elute Kitで調製したサンプルのシーケンス結果を比較したところ、検出されたピーク数など同等の値が得られた。

内容

DNA SMART ChIP-Seq Kit
SeqAmp DNA Polymerase
SeqAmp PCR Buffer(2X)
DNA SMART Oligonucleotide Mix
DNA Dilution Buffer(5 mM)
DNA SMART Buffer
Shrimp Alkaline Phosphatase(1 U/μl)
Terminal Deoxynucleotidyl Transferase
DNA SMART T-Tailing Mix
DNA SMART Poly(dA)Primer
SMARTScribe Reverse Transcriptase(100 U/μl)
Library Elution Buffer
Control Fragmented Human gDNA(5 ng/μl)
DNA SMART Custom Read2 Seq Primer(100 μM)
Indexing Primer Set HT for Illumina

ChIP Elute Kit(製品コード 634887)
・Package 1 (Store at 4℃)
 ChIP Elute Resin(2 x 3 ml)
 Proteinase K(100 μl)
 DNA Dilution Buffer(10 ml)

・Package 2 (Store at room temperature)
 ssDNA Binding Columns(50 columns)
 Collection Tubes(50 tubes)
 ssDNA Binding Buffer(25 ml)
 ssDNA Wash Buffer(25 ml)

保存

DNA SMART ChIP-Seq Kit
・DNA SMART Oligonucleotide Mix: -70℃
・その他: -20℃

ChIP Elute Kit
・Package 1: 4℃
・Package 2: RT

キット以外で必要な試薬など(主なもの)

PCR反応

・Thermal cycler
・Nuclease-free thin-wall PCR tubes
・Nuclease-free nonsticky 1.5 ml tubes(Eppendorf社 Code 022431021; USA Scientific社 Code 1415-2600)

AMPure XP Bead 精製

・Agencourt AMPure XP PCR Purification Kit(5 ml Beckman Coulter社 Code A63880; 60 ml Beckman Coulter社 Code A63881)
・80% ethanol(用時調製)
・Magnetic separation device for 0.2 ml tubes

ChIP-Seq ライブラリーチェック

・Qubit 2.0 Fluorometer(Life Technologies Code Q32866)
・Qubit dsDNA HS Assay Kit(Life Technologies Code Q32851, Q32854)
・500 μl thin-walled polypropylene tubes(Qubit 2.0 Fluorometer用)(Life Technologies Code Q32856)
・Agilent High Sensitivity DNA Kit(Agilent社 Code 5067-4626)

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