シングルセルからのライブラリー調製

PicoPLEX® DNA-seq Kit

  • シングルセルからシーケンス可能なライブラリー調製まで3ステップのシンプルワークフロー
  • サンプルの移し替え不要の1チューブ反応
  • 3時間以内にイルミナ社NGS用ライブラリーが完成
  • コピー数多型(CNV)や染色体異数性を検出
メーカー
略称
製品コード TaKaRa
Code
製品名 容量 価格(税別) 特記事項 説明書
データシート
ベクター情報
参考
資料
CLN R300381 RB3381 PicoPLEX® DNA-seq Kit
48回 ¥374,000
30%OFFクーポン配布中!
説明書・データシート・ベクター情報

製品説明

PicoPLEX DNA-seq Kitは、独自のPicoPLEXテクノロジーにより、シングルセルからイルミナ社NGS用ライブラリーを作製するキットである。同一チューブで全ての反応を行うことができるため、コンタミネーションやエラーを低減できる。また、3ステップの簡単操作で、時間とコストが削減できる。キットには48回分の試薬が含まれており、48個のシングルセルまたはDNA(6~60 pg)からデュアルインデックスを付加したライブラリーを作製することができる。インデックスは使い切りのマイクロウェルプレートに分注済みである。

図1.PicoPLEX DNA-seq Kitのワークフロー



図2.PicoPLEX DNA-seqテクノロジー
PicoPLEX DNA-seq KitはPicoPLEX WGA Kitと同じテクノロジーを利用している。
Step 1:細胞を溶解
Step 2:特殊なrandom primerでDNA選択的にプレ増幅を行う
Step 3:次の増幅でイルミナ用アダプターとインデックスを付加する

図3.アレイ解析との比較検証
PicoPLEX DNA-seq Kitで作製した胚のシングルセルライブラリーを用いて24sure array(イルミナ)とNGSの結果の同等性を調べた。シーケンスの結果はアレイの結果と一致していた。また、2番染色体はアレイでは正常に見えるが、NGSでは重複を検出していて、アレイより正確なケースも見られた(赤矢印)(GIVF提供データ)。


図4.PicoPLEX DNA-seq Kitで作製されたライブラリーのリード数
FACSソートした26個のH929細胞からライブラリーを作製し、ライブラリー定量せず、同じ液量ずつプールしてMiSeqでシーケンスをした。PicoPLEX DNA-seqの反応は再現性が高いため、プール前にライブラリーを定量しなくても良好な結果が得られた。No cellはウェルに細胞が無かったため、リードを取得できなかった。


図5.染色体異常検出の再現性
FACSソートした11の独立したH929細胞からライブラリーを作製しMiSeqで解析した。35 bpシングルリードでデータを取得後、トータルリード250,000リードでデータ解析を行った。ゲノム全体にマッピングされ、各細胞ごと同様な結果が得られ、高い再現性が示された。

内容

・Cell Extraction Buffer (Green)
・Extraction Enzyme Dilution Buffer (Violet)
・Cell Extraction Enzyme (Yellow)
・Pre-Amp Buffer (Red)
・Pre-Amp Enzyme (White)
・Amplification Buffer(Orange)
・Amplification Enzyme (Blue)
・Nuclease-Free Water (Clear)
・Dual Index Plate
Indexの配列、プレートレイアウトはこちらをご覧ください。

本キット以外に必要な機器、試薬等

  • サーマルサイクラー
  • 微量高速遠心機
  • PCRチューブまたは 96-well PCRプレートとシール
  • ピペットチップ
  • 80% (v/v) エタノール
  • PBS
  • single donor reference DNA (positive control)
  • Agencourt AMPure XP beads (Beckman Coulter, CAT. no. A63880)

保存

-20℃

この製品を見た人は、こんな製品も見ています。

注意事項
  • 弊社の取扱い製品はすべて研究用として販売しております。ヒト、動物への医療、臨床診断用には使用しないようご注意ください。また、食品、化粧品、家庭用品等として使用しないでください。
  • タカラバイオの承認を得ずに製品の再販・譲渡、再販・譲渡のための改変、商用製品の製造に使用することは禁止されています。
  • タカラバイオ製品に関連するライセンス・パテントについては、ライセンスマークをクリックして内容をご確認ください。
    また、他メーカーの製品に関するライセンス・パテントについては、各メーカーのウェブサイトまたはメーカー発行のカタログ等でご確認ください。
  • ウェブサイトに掲載している会社名および商品名などは、各社の商号、または登録済みもしくは未登録の商標であり、これらは各所有者に帰属します。

▲このページのトップへ