環境水からDNA（eDNA）を精製
- 環境水から100 bp～約50 kbのDNA（eDNA）を精製
- 沈殿法、フィルターろ過法の両方に対応
- ろ過フィルターからのeDNA抽出／精製の所要時間は約70分
- 精製DNAはPCR、qPCR、メタバーコーディング解析などの多様なダウンストリームアプリケーションに使用可能。
製品説明
河川や海などの環境中のDNA（環境DNA, eDNA）を網羅的に分析することで、そこに生息する生物の多様性や外来種の存在、人間の活動による環境に対する影響などに関する貴重な情報を得ることができる。この新しい生物調査法は、従来のサンプリングベースの方法よりも研究対象の生態系へのダメージが大幅に少なく、しかも迅速で簡便である。
NucleoSpin eDNA Waterは、淡水から海水まで、様々な水サンプルからeDNAを精製するためのキットである。シリカビーズとXSタイプのスピンカラムの組み合わせにより、汚染物質を含むサンプルからも高品質のeDNAを効率的に分離できる。XSスピンカラムは、DNA汚染のリスクを最小限に抑えるためにエチレンオキシド処理されている。
本製品は、様々な材質のろ過フィルター（47 mm）、カートリッジフィルター（Sterivexなど）やろ過システムに対応している。ろ過フィルターからのeDNA抽出／精製は70分以内で完了し、従来のeDNA精製操作で必要とされてきたオーバーナイトの抽出操作は不要である。
さらに、水サンプルのろ過操作を必要としない、eDNAを直接沈殿させるプロトコールも用意しており、フィルターでは捕捉できない遊離DNAの回収も可能である。
* ろ過可能な水の量は、使用するフィルターと水質（濁度、浮遊物）に大きく依存する。
NucleoSpin eDNA Waterは、淡水から海水まで、様々な水サンプルからeDNAを精製するためのキットである。シリカビーズとXSタイプのスピンカラムの組み合わせにより、汚染物質を含むサンプルからも高品質のeDNAを効率的に分離できる。XSスピンカラムは、DNA汚染のリスクを最小限に抑えるためにエチレンオキシド処理されている。
本製品は、様々な材質のろ過フィルター（47 mm）、カートリッジフィルター（Sterivexなど）やろ過システムに対応している。ろ過フィルターからのeDNA抽出／精製は70分以内で完了し、従来のeDNA精製操作で必要とされてきたオーバーナイトの抽出操作は不要である。
さらに、水サンプルのろ過操作を必要としない、eDNAを直接沈殿させるプロトコールも用意しており、フィルターでは捕捉できない遊離DNAの回収も可能である。
| 原理 | シリカビーズ法／シリカメンブレン法 |
|---|---|
| 形状 | シリカビーズ＋XSスピンカラム |
| 操作 | 手動 |
| サンプル | 環境水（淡水、海水） |
| サンプル量 | フィルターろ過：100～4,000 ml ＊ 沈殿法：＜40 ml |
| 溶出液量 | 100 μl |
| 精製時間 （6サンプル処理時） | フィルターろ過法：60～70分（ろ過時間は除く） 沈殿法：約30分 |
図1．他社製品との比較
本製品（MN）と他社製品（BT、PW）を使用して小川（Creek）および池（Pond）の水からそれぞれeDNAを精製し、後生動物DNAをリアルタイムPCRで検出した。
どちらのサンプルにおいても本製品が最も小さいCt値となり、eDNAを効率的に回収、精製できていることが示された。
どちらのサンプルにおいても本製品が最も小さいCt値となり、eDNAを効率的に回収、精製できていることが示された。
図2．各種メンブレンフィルターとの適合性
河川水0.5 Lを各種メンブレンフィルターでろ過し、本製品を用いてeDNAの精製を行った。得られたeDNAを用いてリアルタイムPCRを行ったところ、いずれのフィルターからもほぼ同等のCt値が得られた。
推奨するGlass Fiber Filter (45 mm, EO-treated)（GF）は、目詰まりのリスクが最も低くろ過時間が最も速いフィルターである。
GF : Glass Fiber Filter (45 mm, EO-treated) RC : 再生セルロース NC : 硝酸セルロース CA : 酢酸セルロース PE : ポリエチレン PC : ポリカーボネート CM : 混合セルロースエステル
GF : Glass Fiber Filter (45 mm, EO-treated) RC : 再生セルロース NC : 硝酸セルロース CA : 酢酸セルロース PE : ポリエチレン PC : ポリカーボネート CM : 混合セルロースエステル
図3．淡水池におけるヨーロッパヒキガエルの季節的活動変動の確認
ヨーロッパのヒキガエルは通常3月頃に活動を開始し、4月に産卵を始める。
本製品とNucleoSpin Filters Midiを組み合わせて使用し、ヒキガエルまたはその卵やオタマジャクシの存在を、eDNAのPCR分析によって調査した。
PCRプライマーは、ヒキガエル固有（toad specific）または一般的な真核生物（eukaryote）のDNAを増幅するように設計した。
本製品とNucleoSpin Filters Midiを組み合わせて使用し、ヒキガエルまたはその卵やオタマジャクシの存在を、eDNAのPCR分析によって調査した。
PCRプライマーは、ヒキガエル固有（toad specific）または一般的な真核生物（eukaryote）のDNAを増幅するように設計した。
内容
・Buffer DISSOLVE
・Liquid Proteinase K
・Buffer ACID
・Precipitation Buffer PREC
・NucleoTrap Suspension
・Resuspension Buffer RESU
・Wash Buffer WB
・NucleoSpin eDNA XS column
・Elution Buffer BE
・Liquid Proteinase K
・Buffer ACID
・Precipitation Buffer PREC
・NucleoTrap Suspension
・Resuspension Buffer RESU
・Wash Buffer WB
・NucleoSpin eDNA XS column
・Elution Buffer BE
保存
室温
操作手順（フィルターろ過法の場合）
本製品以外に必要な試薬・消耗品・機器
- 【フィルターろ過法（通常プロトコール）の場合】
- ・ろ過用フィルター
Glass Fiber Filter (45 mm, EO-treated)（製品コード 740564） または各種47 mmメンブレンフィルター、カートリッジフィルター
- ・ろ過装置（メンブレンホルダー、ろ過ビン、吸引ポンプなど）
- ・5 mlチューブ（エッペンドルフBiopurグレード、または同等品）
- ・NucleoSpin Filters Midi（製品コード 740607）
- ・15 ml遠心チューブ（ファルコンチューブなど）
- ・ローラー型シェーカー
- ・1.5 mlチューブ
- ・15 mlチューブ用遠心機
- ・微量高速遠心機
- 【フィルターろ過法（簡易プロトコール）の場合】
- ・ろ過用フィルター
Glass Fiber Filter (45 mm, EO-treated)（製品コード 740564） または各種47 mmメンブレンフィルター、カートリッジフィルター
- ・ろ過装置（メンブレンホルダー、ろ過ビン、吸引ポンプなど）
- ・5 mlチューブ（エッペンドルフBiopurグレード、または同等品）
- ・MN Bead Tube Holder 5 ml （製品コード 740459）
- ・Disposable 5 ml syringe
- ・ローラー型シェーカー
- ・2 mlチューブ
- ・1.5 mlチューブ
- ・微量高速遠心機
- 【沈殿法の場合】
- ・Buffer PREC（製品コード 740568）
- ・50 ml遠心チューブ（ファルコンチューブなど）
- ・ローラー型シェーカー
- ・1.5 mlチューブ
- ・50 mlチューブ用遠心機
- ・微量高速遠心機
NucleoSpinはマッハライ・ナーゲル社の登録商標です。
- 注意事項
- 本ページの製品はすべて研究用として販売しております。ヒト、動物への医療、臨床診断用には使用しないようご注意ください。また、食品、化粧品、家庭用品等として使用しないでください。
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