ゲノムシーケンスデータを用いたHLAタイピング解析

ゲノム変異データにHLAタイプを付加できます!

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特長

  • ヒト全ゲノムシーケンス、エクソームシーケンスおよびRNAシーケンスデータを用いてHLAタイプを予測
  • 正確性の高いHLA-HDプログラムを使用
  • シーケンスデータ(fastqファイル)を提供いただくだけで解析可能

概要

癌をはじめとして各種疾患には免疫系が関与していることが報告されており、高速シーケンス解析を実施してゲノム上の変異を検出する際に、併せてHLAタイピングを実施するケースが増えています。これまではハイブリダイゼーション法で特定のHLAタイプを検出する方法が主流でしたが、本手法では全ゲノムシーケンスやエクソームシーケンスデータ中に存在するHLA領域のデータからHLAタイピングするため、シーケンスデータがあれば解析可能です。HLAタイピング解析には、京都大学大学院医学研究科附属ゲノム医学センターで開発されたHLA-HD (HLA typing from High-quality Dictionary)プログラムを用います。本プログラムではIPD-IMGT/HLA データベース情報からHLAアリル配列の辞書を作成し、それに対してシーケンスデータのマッピングを実施することで高精度なタイピング結果を出力することが可能です。

サービス内容

ヒトエクソームシーケンスデータまたは全ゲノムシーケンスデータ(fastqファイル)からHLA-HDプログラムを用いてHLAタイピングを実施し、4桁および6桁のタイピング結果を納品いたします。対象となるHLA遺伝子は、HLA-A、HLA-B、HLA-C、HLA-DRB1、HLA-DQB1、HLA-DPB1です。その他のHLA遺伝子タイピングについては参考データとして納品可能です。



HLA-HD (HLA typing from High-quality Dictionary)プログラムの詳細は以下論文をご確認ください。
S. Kawaguchi et al. “HLA-HD: An accurate HLA typing algorithm for next-generation sequencing data” Hum Mut doi: 10.1002/humu.23230

価格・納期

ご依頼の内容により異なりますので、お問い合わせください。

納品物

  • 作業報告書
  • HLAタイピング結果ファイル(xlsx形式)

 4桁版


ご注文方法

※お見積りをご用意いたしますので、事前にお問い合わせください。
生物種、サンプル情報、送付データ形式、解析内容のご希望などをご連絡ください。


オンライン注文とメール注文の2種類からお選びください。

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  • メール注文
    ・サンプル送付の前に、以下のフォーマットに必要事項をご記入の上、電子メールにてこちらへご送付ください。
    ・依頼書記載のサンプル名称と、実際の送付サンプルに記載の名称は必ず一致させてください。
    ※WEB会員にログインした状態で、解析依頼書をダウンロードいただきますと、登録情報が依頼書に反映されます。

  • サンプル送付
    ・シーケンスデータならびに依頼書(オンライン注文の場合は注文依頼完了画面の印刷物)を下記サンプル送付先へご送付ください。
    ・シーケンスデータはハードディスク等に保存した状態で破損が無いようにご注意いただき、平日午前着指定でご送付ください。

受入サンプル

  • シーケンスデータ
    エクソーム解析や全ゲノムシーケンス解析およびRNAシーケンス解析で得られたシーケンスデータ(fastqファイル)

ご留意事項

ヒト生体試料の解析にあたり、個人情報に関わるサンプルは、お客様ご所属施設の倫理委員会等で遺伝子解析研究に用いられることの承認が得られており、かつお客様の元で匿名化されたものに限らせていただきます。
詳しくは、「ヒトゲノム・遺伝子解析受託サービスについて」をお読みください。
お客様よりご提供いただいたサンプル・情報および納品物の複製物は、別途期限を定めている場合を除き、業務終了後3ヵ月を経過すると順次廃棄いたします。ご了承ください。

ライセンス情報

L75 Service HLA typing
京都大学よりライセンスを受け(特願2018-257041)、タカラバイオが受託サービスを提供しています。
注意事項
  • 本受託サービスは、個別に合意した場合を除き、すべて研究目的として作業を行います。納品物を試験研究目的以外へご使用される場合、弊社では納品物に起因する損失・損害等については一切の責任を負いかねます。納品物によっては、その構成物(例えば、ベクター、蛍光色素など)の使用に制限がある場合がありますのでご注意ください。
  • 納品物に起因して、直接的もしくは間接的に発生したお客様の損害については、明らかに弊社の責に帰すべき事由による場合を除いて、弊社は一切その責任を負いません。
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