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Sma I

GenBank® 登録各種DNA認識部位数一覧表

制限酵素Genome DNA Analysis Gradeについて、DNASISを用いて、GeneBankに登録されている各種シーケンスデータの中からその認識部位を検索し、生ずるであろうフラグメントの平均サイズを求めた。
赤字は、タカラバイオで販売している酵素です。

GenBank登録塩基数
R110.0 (98/12)+Update (~'99/4/30)
Primate Rodent Other Mammalians Other Vertebrate
421,340,832 bp 67,418,996 bp 17,407,332 bp 27,237,394 bp
酵素名 認識配列 部位数
ヵ所
平均サイズ
bp
部位数
ヵ所
平均サイズ
bp
部位数
ヵ所
平均サイズ
bp
部位数
ヵ所
平均サイズ
bp
Aat II GACGTC 16,995 24,792 4,448 15,157 1,611 10,805 2,442 11,154
Aor51H I AGCGCT 18,909 22,283 6,808 9,903 1,605 10,846 3,358 8,111
Bgl I GCCN5GGC 35,367 11,913 11,759 5,733 3,773 4,614 4,008 6,796
Bln I CCTAGG 35,608 11,833 8,275 8,147 2,236 7,785 4,320 6,305
BssH II GCGCGC 12,443 33,862 4,290 15,715 1,320 13,187 1,555 17,516
Bst1107 I GTATAC 26,448 15,931 4,781 14,101 1,232 14,129 2,510 10,852
Cla I ATCGAT 12,345 34,130 3,925 17,177 1,369 12,715 2,909 9,363
Cpo I CGGWCCG 3,630 116,072 1,345 50,126 507 34,334 754 36,124
Dra I TTTAAA 48,085 8,762 13,463 5,008 4,289 4,059 7,789 3,497
Eco52 I CGGCCG 19,879 21,195 5,830 11,564 2,683 6,488 4,339 6,277
Fse I GGCCGGCC 3,612 116,650 994 67,826 428 40,671 314 86,743
Mlu I ACGCGT 5,065 83,187 1,659 40,638 455 38,258 998 27,292
Mun I CAATTG 32,266 13,058 6,307 10,690 1,544 11,274 3,614 7,537
Nae I GCCGGC 21,562 19,541 7,010 9,618 2,274 7,655 3,062 8,895
Nhe I GCTAGC 23,684 17,790 6,211 10,855 1,050 16,578 2,221 12,264
Not I GCGGCCGC 4,055 103,906 1,852 36,403 452 38,512 589 46,243
Nru I TCGCGA 3,680 114,495 1,306 51,623 422 41,250 646 42,163
Nsb I TGCGCA 15,571 27,059 5,631 11,973 1,494 11,651 2,078 13,108
Nsp V TTCGAA 14,643 28,774 4,269 15,793 1,306 13,329 2,093 13,014
PshB I ATTAAT 37,939 11,106 9,161 7,359 4,126 4,219 6,536 4,167
Psp1406 I AACGTT 17,371 24,255 3,621 18,619 1,107 15,725 2,355 11,566
Pvu I CGATCG 3,340 126,150 1,691 39,869 357 48,760 848 32,120
Sac II CCGCGG 17,274 24,392 5,240 12,866 2,849 6,110 3,301 8,251
Sal I GTCGAC 7,254 58,084 2,506 26,903 813 21,411 1,827 14,908
Sfi I GGCCN5GGCC 9,093 46,337 2,467 27,328 769 22,636 547 49,794
Sma I CCCGGG 36,317 11,602 9,159 7,361 2,948 5,905 3,245 8,394
Smi I ATTTAAAT 16,778 25,113 1,551 43,468 760 22,904 870 31,307
SnaB I TACGTA 13,012 32,381 2,132 31,622 698 24,939 1,879 14,496
Spe I ACTAGT 26,472 15,916 4,887 13,796 1,551 11,223 3,959 6,880
Sse8387 I CCTGCAGG 14,827 28,417 3,640 18,522 1,045 16,658 1,183 23,024
Ssp I AATATT 46,510 9,059 10,726 6,286 4,653 3,741 7,642 3,564
Xba I TCTAGA 36,175 11,647 8,771 7,687 2,615 6,657 3,642 7,479
Xho I CTCGAG 18,971 22,210 6,175 10,918 1,744 9,981 2,217 12,286

GenBank登録塩基数
R110.0 (98/12)+Update (~'99/4/30)
Invertebrate Plant Bacterial Viral Bacteriophage
202,566,658 bp 183,586,200 bp 140,681,318 bp 62,775,208 bp 3,323,951 bp
酵素名 認識配列 部位数
ヵ所
平均サイズ
bp
部位数
ヵ所
平均サイズ
bp
部位数
ヵ所
平均サイズ
bp
部位数
ヵ所
平均サイズ
bp
部位数
ヵ所
平均サイズ
bp
Aat II GACGTC 15,372 13,178 14,408 12,742 21,065 6,678 6,458 9,721 204 16,294
Aor51H I AGCGCT 12,107 16,731 11,143 16,475 14,499 9,703 4,719 13,303 319 10,420
Bgl I GCCN5GGC 9,788 20,695 13,473 13,626 17,256 8,153 7,556 8,308 265 12,543
Bln I CCTAGG 7,562 26,787 9,264 19,817 6,723 20,925 7,119 8,818 110 30,218
BssH II GCGCGC 11,537 17,558 11,476 15,997 16,709 8,419 4,455 14,091 178 18,674
Bst1107 I GTATAC 16,003 12,658 17,650 10,401 8,638 16,286 16,528 3,798 284 11,704
Cla I ATCGAT 22,329 9,072 27,829 6,597 16,153 8,709 5,523 11,366 346 9,607
Cpo I CGGWCCG 5,179 39,113 6,312 29,085 7,571 18,582 2,102 29,865 68 48,882
Dra I TTTAAA 32,079 6,315 34,366 5,342 20,755 6,778 22,269 2,819 652 5,098
Eco52 I CGGCCG 11,588 17,481 11,755 15,618 19,368 7,264 3,929 15,977 180 18,466
Fse I GGCCGGCC 901 224,824 1,527 120,227 2,787 50,478 693 90,585 28 118,713
Mlu I ACGCGT 10,745 18,852 9,641 19,042 15,591 9,023 3,639 17,251 214 15,532
Mun I CAATTG 24,477 8,276 27,756 6,614 15,530 9,059 14,142 4,439 458 7,258
Nae I GCCGGC 13,073 15,495 14,748 12,448 19,023 7,395 6,163 10,186 165 20,145
Nhe I GCTAGC 9,874 20,515 16,024 11,457 9,452 14,884 5,416 11,591 188 17,681
Not I GCGGCCGC 1,655 122,397 1,676 109,538 3,830 36,731 897 69,984 42 79,142
Nru I TCGCGA 12,541 16,152 11,107 16,529 14,515 9,692 4,093 15,337 261 12,735
Nsb I TGCGCA 15,222 13,307 12,175 15,079 18,868 7,456 5,207 12,056 294 11,306
Nsp V TTCGAA 23,258 8,710 23,833 7,703 16,514 8,519 5,287 11,874 397 8,373
PshB I ATTAAT 30,044 6,742 30,854 5,950 19,399 7,252 21,525 2,916 561 5,925
Psp1406 I AACGTT 19,522 10,376 20,057 9,153 15,852 8,875 5,237 11,987 433 7,677
Pvu I CGATCG 14,081 14,386 12,287 14,941 15,443 9,110 3,056 20,542 196 16,959
Sac II CCGCGG 11,088 18,269 14,305 12,834 23,842 5,901 4,930 12,733 125 26,592
Sal I GTCGAC 14,935 13,563 14,835 12,375 12,075 11,651 4,926 12,744 215 15,460
Sfi I GGCCN5GGCC 1,558 130,017 2,383 77,040 4,681 30,054 1,768 35,506 53 62,716
Sma I CCCGGG 7,753 26,128 10,311 17,805 20,384 6,902 6,491 9,671 150 22,160
Smi I ATTTAAAT 14,591 13,883 10,109 18,161 4,599 30,590 2,044 30,712 159 20,905
SnaB I TACGTA 13,738 14,745 17,606 10,427 12,347 11,394 4,586 13,688 238 13,966
Spe I ACTAGT 13,933 14,539 18,451 9,950 6,516 21,590 8,180 7,674 180 18,466
Sse8387 I CCTGCAGG 1,725 117,430 1,562 117,533 2,725 51,626 1,515 41,436 62 53,612
Ssp I AATATT 31,709 6,388 33,283 5,516 26,435 5,322 16,274 3,857 585 5,682
Xba I TCTAGA 18,307 11,065 23,471 7,822 8,992 15,645 7,578 8,284 210 15,828
Xho I CTCGAG 15,297 13,242 17,262 10,635 11,024 12,761 6,193 10,136 168 19,785

8塩基配列を認識する制限酵素について、同様にフラグメントの平均サイズを求めた。

GenBank登録塩基数
R110.0 (98/12)+Update (~'99/4/30)
PrimateRodent Other Mammalians Other Vertebrate
421,340,832 bp 67,418,996 bp 17,407,332 bp 27,237,394 bp
酵素名 認識配列 部位数
ヵ所
平均サイズ
bp
部位数
ヵ所
平均サイズ
bp
部位数
ヵ所
平均サイズ
bp
部位数
ヵ所
平均サイズ
bp
Asc I GGCGCGCC 1,619 260,248 517 130,404 133 130,882 154 176,866
Fse I GGCCGGCC 3,612 116,650 994 67,826 428 40,671 314 86,743
Not I GCGGCCGC 4,055 103,906 1,852 36,403 452 38,512 589 46,243
Pac I TTAATTAA 13,033 32,329 1,273 52,961 494 35,238 789 34,521
Pme I GTTTAAAC 4,719 89,286 555 121,476 172 101,205 431 63,196
Sfi I GGCCN5GGCC 9,093 46,337 2,467 27,328 769 22,636 547 49,794
Sgf I GCGATCGC 322 1,308,512 170 396,582 27 644,716 57 477,849
SgrA I CRCCGGYG - - 1,616 41,720 454 38,342 790 34,478
Smi I ATTTAAAT 16,778 25,113 1,551 43,468 760 22,904 870 31,307
Srf I GCCCGGGC 5,261 80,088 1,295 52,061 366 47,561 270 100,879
Sse8387 I CCTGCAGG 14,827 28,417 3,640 18,522 1,045 16,658 1,183 23,024

GenBank登録塩基数
R110.0 (98/12)+Update (~'99/4/30)
Invertebrate Plant Bacterial Viral Bacteriophage
202,566,658 bp 183,586,200 bp 140,681,318 bp 62,775,208 bp 3,323,951 bp
酵素名 認識配列 部位数
ヵ所
平均サイズ
bp
部位数
ヵ所
平均サイズ
bp
部位数
ヵ所
平均サイズ
bp
部位数
ヵ所
平均サイズ
bp
部位数
ヵ所
平均サイズ
bp
Asc I GGCGCGCC 784 258,376 790 232,388 3,383 41,585 1,006 62,401 31 107,224
Fse I GGCCGGCC 901 224,824 1,527 120,227 2,787 50,478 693 90,585 28 118,713
Not I GCGGCCGC 1,655 122,397 1,676 109,538 3,830 36,731 897 69,984 42 79,142
Pac I TTAATTAA 11,244 18,016 9,053 20,279 3,598 39,100 1,091 57,539 166 20,024
Pme I GTTTAAAC 3,319 61,032 3,068 59,839 1,677 83,889 769 81,632 79 42,075
Sfi I GGCCN5GGCC 1,558 130,017 2,383 77,040 4,681 30,054 1,768 35,506 53 62,716
Sgf I GCGATCGC 1,253 161,665 633 290,026 4,192 33,559 352 178,339 33 100,726
SgrA I CRCCGGYG 9,650 20,991 16,747 10,962 17,575 8,005 5,093 12,326 98 33,918
Smi I ATTTAAAT 14,591 13,883 10,109 18,161 4,599 30,590 2,044 30,712 159 20,905
Srf I GCCCGGGC 578 350,461 604 303,951 2,487 56,567 595 105,505 18 184,664
Sse8387 I CCTGCAGG 1,725 117,430 1,562 117,533 2,725 51,626 1,515 41,436 62 53,612

SgrA Iは特殊な検索条件のため、Primateに対する認識部位数が確認できませんでした。
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