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クルードサンプルでの増幅例4:植物葉からPlant DNA Isolation Reagentで簡易調製した抽出液

MightyAmp DNA Polymerase(製品コード R071A/B、R070A/B)、PrimeSTAR GXL DNA Polymerase(製品コード R050A/B)
タカラバイオのPlant DNA Isolation Reagent (製品コード 9194)は塩化ベンジル法がベースのready‐to‐useな試薬で、非常に簡単な操作で植物サンプルからゲノムDNAを簡易抽出することができる。本試薬で簡易的に調製したDNA溶液には、ある程度の植物由来PCR阻害物質が含まれるため、これを鋳型とするPCR増幅にはTaKaRa Ex Taq Hot Start Version、MightyAmp DNA Polymerase、あるいはPrimeSTAR GXL DNA Polymeraseの使用を推奨している。
方 法シロイヌナズナの幼葉、トマトの幼葉、あるいはホウレンソウの成葉から抽出したゲノムDNA溶液を鋳型として、各酵素の推奨条件でPCRを実施し、電気泳動により増幅バンドを確認した。
ターゲット遺伝子と増幅サイズシロイヌナズナMERI5B遺伝子(約1.0 kb)、トマトXET遺伝子(約0.6 kb)、ホウレンソウcoxI遺伝子(約0.5 kb)
使用量ゲノムDNA抽出液原液または希釈液をそれぞれ2 μl/25 μl反応系で使用
レーン1:原液 2:2倍希釈液 3:5倍希釈液 4:10倍希釈液 5:20倍希釈液 6:40倍希釈液 M:250 bp DNA Ladder

(1)10~20 mgのサンプルから簡易調製した場合


(2)100 mgのサンプルから簡易調製した阻害物質を多く含む場合
 2‐1. MightyAmpによる反応性の向上2‐2. 高速プロトコール(GXL)による改善

■ 植物由来の簡易調製ゲノムDNAを鋳型とする場合・・・
◆反応性を重視する増幅にはTaKaRa Ex Taq Hot Start Version、MightyAmp DNA Polymeraseを推奨
TaKaRa Ex Taq HSは核酸量が多いサンプルでも良好に働きます。
植物由来のPCR阻害物質を多く含むサンプルの場合、MightyAmpを用いることで反応性がさらに向上する。
◆正確性を求める増幅にはPrimeSTAR GXL DNA Polymeraseを推奨
High Fidelity PCR酵素の多くは核酸量が多いサンプルからの増幅が不得意であるが、PrimeSTAR GXLは核酸量の多いサンプルにも幅広く対応でき、またPCR阻害物質にも比較的強い特性を有している。
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