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各社PCR酵素でのバイサルファイト処理DNAの増幅

【方法】
バイサルファイト処理後のHeLaゲノムDNAを鋳型として、TaKaRa EpiTaq HSほか各社PCR酵素で増幅した。
(処理済HeLaゲノムDNA 100 ng/50 μl反応系) 反応条件は、下記の通り。

バイサルファイト処理MethylEasy Xceed Rapid DNA Bisulphite Modification Kit(製品コード ME002)
ターゲットCDKN2ABRCA1 gene 上流のCpG アイランド領域
増幅サイズ144 bp (CDKN2A)、1,017 bp (BRCA1)

<反応液組成>
 液量終濃度
バイサルファイト処理HeLa ゲノムDNA(50 ng/μl)2 μl100 ng / 50 μl
10×EpiTaq PCR Buffer (Mg2+ free)5 μl1 ×
25 mM MgCl25 μl2.5 mM
dNTP Mixture(各2.5 mM)6 μl0.3 mM
Sense Primer(20 μM)1 μl0.4 μM
Antisense Primer(20 μM)1 μl0.4 μM
TaKaRa EpiTaq HS(5 U/μl)0.25 μl1.25 U/50 μl
滅菌蒸留水up to 50 μl 

<PCR条件>
98℃10 sec.
40 cycles
55℃30 sec.
72℃[30 sec.(144 bp)or 1 min.(1,017 bp)]

(TaKaRa EpiTaq HS以外は各社反応条件に従い実施した。)
【結果】
CDKN2A(144 bp)BRCA1(1,017 bp)
(各5 μlアプライ)
(弊社比較データ)
レーン1:TaKaRa EpiTaq HS
2:TaKaRa Taq HS
3:A社PCR酵素*
4:B社PCR酵素*
5:C社PCR酵素*
6:D社PCR酵素*
7:E社PCR酵素*
M:100 bp DNA Ladder
* バイサルファイト処理DNAでの使用を推奨している。
TaKaRa EpiTaq HSで最も良好な増幅が確認できた。
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