nCounter Analysis Systemを用いた高感度発現解析

デジタルカウント遺伝子発現解析(nCounter)

■お問い合わせ窓口(A)

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[サンプル送付先]
タカラバイオ株式会社 CDMセンター 遺伝子工学研究/検査 受託受付担当 宛て
〒525-0058 滋賀県草津市野路東七丁目4番38号
TEL:077-567-9262
ご注意:伝票の品名に受託名をご記載ください。 お問い合わせフォームは こちら

特長

  • 配列特異的な分子コードにより最大800種類の標的配列のデジタルカウントが可能
  • PCR増幅を必要としないため増幅バイアスが無く、再現性の高いデータ取得が可能
  • ホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)組織からの高精度な解析が可能

概要

nCounterは NanoString Technologies社が開発したデジタル分子バーコード技術に基づいた分子をダイレクトにカウントするシステムであり、最大800種類のRNAやDNAをシングルチューブで迅速かつ高精度に解析することが可能です。 nCounterの解析は、標的分子の配列に特異的なバーコードを有するプローブ(Reporter Probe)と解析用カートリッジに固定するためのプローブ(Capture Probe)を標的の核酸とハイブリダイズさせ、蛍光スキャナーによりカートリッジの表面に固定化された各標的配列のカラーバーコードの並びをカウントします。
デジタルカウント遺伝子発現解析受託の作業の流れ
NanoString Technologies 社資料より
■チラシをご覧ください。
デジタルカウント遺伝子発現解析受託サービス

サービス内容

ご送付いただいたtotal RNAを品質検定後、nCounterの遺伝子発現パネルとハイブリダイゼーションを行います。データの解析を行い、バーコードのカウント値や正規化後のデータにアノテーションを付加したデータをお返しいたします。 解析にはNanoString Technologies社が指定する試薬・ソフトウェアを使用します。

作業の流れ
デジタルカウント遺伝子発現解析受託の作業の流れ

遺伝子発現パネル
ヒトやマウスの重要なパスウェイや疾患に関する遺伝子を搭載したnCounterの遺伝子発現パネルがご利用いただけます。各パネルのバージョンなどは変更となる場合があります。パネル搭載遺伝子などの詳細については NanoString Technologies 社ホームページをご覧ください。

Gene Expression Panel
生物種 製品名 遺伝子数
ヒト PanCancer Immune Profiling for Human 770
PanCancer Progression Profiling for Human 770
PanCancer Pathways for Human 770
Human Immunology v2 594
Human Inflammation v2 255
Human Breast Cancer ER 202
Human Kinase 536
Human Cancer Reference 236
Stem Cell 199
マウス PanCancer Immune Profiling for Mouse 770
Mouse Immunology 561
Mouse Inflammation v2 254


PanCancer Immune Profiling Panel
各種がんにおけるヒト免疫応答をプロファイルするパネル
 ・ 24種類の免疫細胞の細胞表面マーカー… 109 遺伝子
 ・ CT (がん精巣) antigen… 30 遺伝子
 ・ 免疫応答のモニタリング… >500 遺伝子

PanCancer Progression Profiling Panel
がんの進行度を評価するためのパネル
 ・ 血管形成… 227 遺伝子
 ・ 皮間葉転換… 269 遺伝子
 ・ 転移… 173 遺伝子
 ・ 細胞外マトリックス… 254 遺伝子

PanCancer Pathways Panel
主要ながん関連経路を網羅したパネル
 ・ がん関連パスウェイ… 606 遺伝子
 ・ がんドライバー遺伝子… 124 遺伝子



【オプションサービス】
(サンプル調製)
(解析)

価格・納期

ご依頼の内容により異なりますので、お問い合わせください。

納品物

  • 作業報告書
  • 解析データ
     正規化後のデータにアノテーションを付加したデータ(Excel形式)
     nSolverから出力される正規化後のデータ(CSV形式)
     Rawデータ、QCデータ
  • パネルのプローブ情報


アノテーションデータ
アノテーションデータ

ご注文方法

  • 依頼書作成とFAX連絡
    ・nCounter解析依頼書をダウンロードいただき、必要事項をご記入ください。
    ・依頼書記載のサンプル名称と、送付検体に記載されている名称は統一してください。
    ・サンプル送付の前に、記入済み依頼書をFAXでご送付ください。
  • サンプル送付
    ・解析サンプルならびに依頼書を上記サンプル送付先へご送付ください。
    ・サンプルは乾燥・漏れならびに容器破損が無いようにご注意いただき、トライアイスを詰めたうえで-20℃の冷凍便で平日午前着指定でご送付ください。また遠隔地を除き、翌日必着でご送付ください。

以下のフォーマットにご記入のうえ、依頼書記載のFAX番号へご送付ください。

受入サンプル

  • total RNAなど
    以下の点にご注意の上、解析サンプルを調製してください。
      サンプル量 濃度 純度(OD260/OD280
    total RNA 500 ng 以上 50~500 ng/μl 1.6 以上
    total RNA(RIN<7) 1000 ng以上 100~500 ng/μl 1.6 以上
    細胞 1 × 106 cells ~
    組織 3~5ミリ角片で100 mg程度
    FFPE組織 余分なパラフィンを切除し、厚さ 5 μm程度に薄切したものを6枚以上
    血清 1 ml~
    RNAサンプルはRNase free水に溶解し、1.5 mlチューブでご提供ください。TEや界面活性剤、DEPCを使用すると、反応を阻害する場合がありますので、溶解の際には絶対に使用しないでください。
    RNAサンプル調製時にエタノール沈殿を実施する場合は、共沈剤としてグリコーゲンを添加しないでください。
    上記基準に満たない場合は別途お問い合わせください。

ご留意事項

送付サンプルに起因するシグナル検出不能の場合は、責任を負いかねますのであらかじめご了承ください。
ご送付いただいたRNAサンプルはアジレント2100バイオアナライザを用いて検定を行います。この時点で量・純度が次の作業に十分でない場合はご連絡し、対応方法についてご相談いたします。
ヒト生体試料の解析にあたり、個人情報に関わるサンプルは、お客様ご所属施設の倫理委員会等で遺伝子解析研究に用いられることの承認が得られており、かつお客様の元で匿名化されたものに限らせていただきます。
詳しくは、「ヒトゲノム・遺伝子解析受託サービスについて」をお読みください。
タカラバイオはKEGGの正規サービスプロバイダーです。
KEGG

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注意事項
  • 本受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。納品物を試験研究目的以外へご使用される場合、弊社では納品物に起因する損失・損害等については一切の責任を負いかねます。納品物によっては、その構成物(例えば、ベクター、蛍光色素など)の使用に制限がある場合がありますのでご注意ください。
  • 納品物に起因して、直接的もしくは間接的に発生したお客様の損害については、明らかに弊社の責に帰すべき事由による場合を除いて、弊社は一切その責任を負いません。

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