全ゲノムのコピー数の増幅や欠損を包括的かつ高密度に解析

Agilent CGH/CNV Array解析

■お問い合わせ窓口(A)

TEL:077-565-6999


[サンプル送付先]
タカラバイオ株式会社 CDMセンター 遺伝子工学研究/検査 受託受付担当 宛て
〒525-0058 滋賀県草津市野路東七丁目4番38号
TEL:077-567-9262
ご注意:伝票の品名に受託名をご記載ください。 お問い合わせフォームは こちら

特長

≪CGH≫
  • ヒト、マウス、ラットの全ゲノムを包括的かつ高密度に解析可能(平均解像度 約3.1 kb)
  • 癌や発達障害などの疾患に関連した染色体異常を遺伝子レベルで解明したり、実験動物の染色体異常の探索に応用
  • 高い感度、精度を有し、1コピーの変化を検出可能
≪CNV≫
  • CNVにフォーカスした高密度アレイ。解析疾患とCNVの関連研究に

概要

DNAの異常領域をゲノム全体から網羅的に高感度に検出できる技術として、比較ゲノムハイブリダイゼーション(CGH)アレイは大変有効なツールです。また、特定の遺伝病だけでなく、様々な疾患との関与が示唆されるコピー数多型(CNV)異常を検出することも新しい研究分野として注目されています。
ゲノムDNAサンプルをお送りいただくだけで、アジレント・テクノロジー社CGH ArrayやCNV Arrayを使用して網羅的にコピー数の増幅や欠損の解析を行います(2色法による解析)。

  • 解析対象マイクロアレイ
    ≪CGH≫
    SurePrint G3 Human CGH マイクロアレイ 1x1M、2x400K、4x180K、8x60K
    SurePrint G3 Unrestricted CGH ISCA v2 マイクロアレイ 4x180K
    SurePrint G3 Human CGH+SNP マイクロアレイ 2x400K、4x180K
     
    SurePrint G3 Mouse CGH マイクロアレイ 1x1M、4x180K
    Mouse Genome CGH マイクロアレイ 244K、105K
     
    SurePrint G3 Rat CGH マイクロアレイ 1x1M、4x180K
    Rat Genome CGH マイクロアレイ 244K、105K
     
    SurePrint G3 Bovine Genome CGH マイクロアレイ 4x180K
    SurePrint G3 Canine Genome CGH マイクロアレイ 4x180K
    SurePrint G3 Chimpanzee Genome CGH マイクロアレイ 4x180K
    SurePrint G3 Rice Genome CGH マイクロアレイ 4x180K
    SurePrint G3 Rhesus Macaque Genome CGH マイクロアレイ 4x180K
    Chicken Genome CGH マイクロアレイ244K
    など

    ≪CNV≫
    SurePrint G3 Human CNV マイクロアレイ 2x400K
    SurePrint G3 Human High-Resolution Discovery マイクロアレイ 1x1M

    アレイ詳細についてはアジレント社ホームページをご覧ください。

  • Agilent CGH Arrayの特長
    ・ゲノム全体をカバーするプローブ設計
    CGHアレイのために最適なプローブを遺伝子領域、Intergenic領域、サブテロメア領域を含むゲノム全体に渡ってほぼ均等に配置されるように設計されており、高い感度・精度と解像度を実現しています。1Mアレイのプローブ解像度は平均3.1 kbです。
    ・様々なゲノムDNAサンプルに対応
    ゲノムDNAは0.5 μgから解析可能です。それ以下(50~100 ng)のゲノムDNAでもWGA法によりゲノムDNAを増幅して解析することができます。
    ・1コピーの変化を検出
    プローブはノイズを最小限に抑えるように最適化されており、正常細胞が混入したサンプルからでも、1コピーの変化を検出することができます。
  • Agilent CNV Arrayの特長
    ・CNV領域により高密度にプローブを配置
    1kb overall median probe spacing/6.6kb overall average probe spacing
    ・低ノイズ、高シグナル検出
    バリデートされた60 merプローブをSurePrint technologyによりスポッティングし低ノイズ、高シグナルを実現
    ・DGV(Database of Genomic Variants)v5の大部分をカバー
    CNV coverage(>10kb) from DGV v5: 95.9%
    CNV coverage(<10kb) from DGV v5: 84.8%
■チラシをご覧ください。
SNPタイピング解析(ASA)/
Agilent CGH/CNV Array解析

サービス内容

ゲノムDNAをご送付いただき、比較する組み合わせをご指定ください。アジレント社の推奨する方法に従い、ターゲットの作製、ハイブリダイゼーション、スキャニングなどの一連の作業を行い、Agilent Genomic Workbenchソフトウェアを用いた解析データをお返しいたします。

【オプションサービス】
  • WGA法によるゲノムDNA増幅
    50~100 ng程度の微量DNAからの増幅作業を承ります。
  • Dye Swap解析
    サンプルDNAのラベル化色素を入れ替えて、繰り返し実験を行います。
    再現性を確認するだけでなく、微細な変化をより明確化させることができます。
Agilent CGH Array解析の流れ

価格・納期

お問い合わせください。

納品物

  • 作業報告書
  • 解析データ(記録メディア)
    スキャンQCレポート
    Agilent Genomic Workbenchインポートデータ
    Rawデータ
    Agilent Genomic Workbench解析データ(Aberration Summary Report、.xls、.pdf)
    * Agilent Genomic Workbenchソフトウェア無料お試し版は30日間ご利用いただけます。
    http://www.chem-agilent.com/contents.php?id=29457

    解析データ例
    ≪CGH≫


    ≪CNV≫

ご注文方法

○依頼書作成とFAX連絡
  • Agilent CGH・CNV Array解析依頼書をダウンロードいただき、必要事項をご記入ください。
  • 依頼書記載のサンプル名称と、実際の送付サンプルに記載の名称は必ず一致させてください。
  • サンプル送付の前に、記入済み依頼書をFAXでご送付ください。
○サンプル送付
  • 解析サンプルならびに依頼書を上記サンプル送付先へご送付ください。
  • サンプルは乾燥・漏れならびに容器破損が無いようにご注意いただき、冷蔵状態を維持するために充分量の保冷剤を同梱し、冷蔵便、平日午前着指定でご送付ください。また遠隔地を除き、翌日必着でご送付ください。

以下のフォーマットにご記入のうえ、依頼書記載のFAX番号へご送付ください。

受入サンプル

  • ゲノムDNA

  • 以下の点にご注意の上、解析サンプルを調製してください。

サンプル量 濃度 純度
OD260/OD280 OD260/OD230
ゲノムDNA 2 μg以上 100 ng/μl 1.8~2.0 1.0以上
DNAはエタノール沈殿により精製を行い、必ずDNase-free水またはTEで調製して1.5 mlチューブでご提供ください。
電気泳動(1%ゲル)にて10~20 kbに明瞭なバンドが検出され、分解がないことをご確認ください。電気泳動写真を依頼書に添付してください。
上記基準に満たない場合でも別途お問い合わせください。ゲノムDNA量が50~100 ngの場合は増幅作業が必要です(オプション)。
サンプル受領後に、OD測定および電気泳動による濃度・純度等の確認を行います。その結果によっては、DNAサンプルの再送をお願いさせていただく場合があります。あらかじめご了承ください。

ご留意事項

ご送付サンプルに起因するシグナル検出不能の場合は、責任を負いかねますのであらかじめご了承ください。
本解析作業は研究目的のみです。得られた結果は診断目的には利用できません。
ヒト生体試料の解析にあたり、個人情報に関わるサンプルは、お客様ご所属施設の倫理委員会等で遺伝子解析研究に用いられることの承認が得られており、かつお客様の元で匿名化されたものに限らせていただきます。
詳しくは、「ヒトゲノム・遺伝子解析受託サービスについて」をお読みください。
お客様よりご提供いただいたサンプル・情報および納品物の複製物は、別途期限を定めている場合を除き、業務終了後3ヵ月を経過すると順次廃棄いたします。ご了承ください。
タカラバイオはアジレント・テクノロジー社認定のサービスプロバイダです。

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注意事項
  • 本受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。納品物を試験研究目的以外へご使用される場合、弊社では納品物に起因する損失・損害等については一切の責任を負いかねます。納品物によっては、その構成物(例えば、ベクター、蛍光色素など)の使用に制限がある場合がありますのでご注意ください。
  • 納品物に起因して、直接的もしくは間接的に発生したお客様の損害については、明らかに弊社の責に帰すべき事由による場合を除いて、弊社は一切その責任を負いません。

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