腫瘍パネルなどを用いたターゲットリシーケンス解析

Amplicon Sequence解析

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[サンプル送付先]
タカラバイオ株式会社 CDMセンター 遺伝子工学研究/検査 受託受付担当 宛て
〒525-0058 滋賀県草津市野路東七丁目4番38号
TEL:077-567-9262
ご注意:伝票の品名に受託名をご記載ください。 お問い合わせフォームは こちら

特長

  • 次世代シーケンサー(Ion PGMシステムやイルミナ社シーケンサー)を利用した高解像度な解析
  • カスタム設計のご相談も承ります
  • 検出した変異のアノテーション付加もサポート

概要

目的領域のゲノムをPCR増幅し、次世代シーケンサーを用いてディープシーケンスすることにより、その領域に絞り込んだ変異解析を効率よく行うことができます。癌関連遺伝子にターゲットを絞った様々なCancer Panelを用いた解析では、特定のがん関連遺伝子の体細胞変異を高解像度で捉えることができ、多検体を同時に解析することも可能です。低頻度変異の検出には偽陽性の検出を抑えることができる分子バーコードを使用した手法もございます。また、微量のゲノムDNAから解析が可能であるため、ホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)サンプルなどにも対応しています。

サービス内容

  • Ion AmpliSeq
    Ion AmpliSeq Cancer Panelを用いた解析では、KRAS、BRAF、EGFR などのがん関連遺伝子をターゲットにしたampliconを作製し、Ion PGMシステムなどで配列を取得して変異解析を行います。1チップ(1ラン)で、複数検体の混合が可能です。機器附属のTorrent Suiteソフトウェアから算出されるホットスポット塩基の変異レポートを納品いたします。また、オプション解析では、全標的位置での塩基頻度の算出やアノテーション付与を行い、検体間比較結果を納品いたします。

    ・Ion AmpliSeq Cancer Hotspot Panel v2(50種のがん関連遺伝子)
    ・カスタムパネルでの解析

  • PCR Amplicon
    目的のゲノム領域をPCR増幅し、次世代シーケンサーを用いてショットガンシーケンスすることにより、生物種やターゲット領域を問わずディープシーケンスをすることが可能です。プライマーの設計から情報解析まで、研究目的に合わせてご提案します。

    ・変異解析結果例(Torrent Suiteでの解析結果)

    塩基頻度リスト(Variant Caller: Somatic Mode):
    Ion Ampliseq Cancer Hotspot Panel v2では、約2,800箇所について、遺伝変異もしくは体細胞変異の解析レポートを作成します。

    ・ 変異アノテーション

    体細胞変異のアノテーション結果:
    全標的位置での塩基頻度を算出し、アノテーション情報を付与したリストを作成します。

    ・マッピング情報例
    Integrative Genomics Viewer (IGV)



  • 分子バーコードを用いた低頻度変異解析
    HaloPlex HS Kit(Agilent)による分子バーコードを用いた低頻度変異解析です。複数の制限酵素で切断したゲノム断片からプローブによりターゲット領域を回収し、断片ごとに異なる分子バーコード配列を付加してPCR増幅します。シーケンス結果を分子バーコードごとにまとめることによって、その領域で低頻度に存在する塩基変異を高感度に検出することが可能です。分子バーコード技術を用いることで、偽陽性変異を大幅に低減することができます。またターゲット領域の+鎖および-鎖に対してプローブ設計することによって、FFPE検体で問題となるシトシンの脱アミノ化によるエラーを見分けることが可能です。

    ・ClearSeq Halo HS Cancer リサーチパネル(47遺伝子のCOSMICホットスポットおよび薬剤ターゲット変異)
    ・カスタムパネル


    ・変異解析レポート例


価格・納期

ご依頼の内容により異なりますので、お問い合わせください。

納品物

  • 作業報告書
  • シーケンスデータ一式
  • 変異候補の抽出結果、マッピング結果等

ご注文方法

  • 依頼書作成とFAX連絡
    • 高速シーケンス解析依頼書をダウンロードいただき、必要事項をご記入ください。
    • 依頼書記載のサンプル名称と、実際の送付サンプルに記載の名称は必ず一致させてください。
    • サンプル送付の前に、記入済み依頼書をFAXでご送付ください。
  • サンプル送付
    • 解析サンプルならびに依頼書を上記サンプル送付先へご送付ください。
    • サンプルは乾燥・漏れならびに容器破損が無いようにご注意いただき、平日午前着指定でご送付ください。
      また遠隔地を除き、翌日必着でご送付ください。
      なお、送付する核酸がRNAの場合には、凍結状態を維持するために充分量のドライアイスを同梱し冷凍便で、送付する核酸がDNAの場合には-20℃の状態の冷凍便でお送りください。

以下のフォーマットにご記入のうえ、依頼書記載のFAX番号へご送付ください。

受入サンプル

  • ゲノムDNA
  • 参照配列情報等
以下の点にご注意の上、解析サンプルを調製してください。

サンプル量 濃度 純度
OD260/OD280 OD260/OD230
ゲノムDNA 60 ng以上
(Ion AmpliSeq、PCR Ampliseqの場合)
10 ng/μl以上 1.6以上
200 ng以上
(分子バーコードの場合)
DNAは滅菌水もしくはReduced EDTA TE buffer:10 mM Tris-HCl、0.1 mM EDTA pH8.0に溶解してください。
上記基準に満たない場合は別途お問い合わせください。

ご留意事項

供与核酸の品質によっては再提供をお願いすることがあります。
ヒト生体試料の解析にあたり、個人情報に関わるサンプルは、お客様ご所属施設の倫理委員会等で遺伝子解析研究に用いられることの承認が得られており、かつお客様の元で匿名化されたものに限らせていただきます。
詳しくは、「ヒトゲノム・遺伝子解析受託サービスについて」をお読みください。
お客様よりご提供いただいたサンプル・情報および納品物の複製物は、別途期限を定めている場合を除き、業務終了後3ヵ月を経過すると順次廃棄いたします。ご了承ください。

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注意事項
  • 本受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。納品物を試験研究目的以外へご使用される場合、弊社では納品物に起因する損失・損害等については一切の責任を負いかねます。納品物によっては、その構成物(例えば、ベクター、蛍光色素など)の使用に制限がある場合がありますのでご注意ください。
  • 納品物に起因して、直接的もしくは間接的に発生したお客様の損害については、明らかに弊社の責に帰すべき事由による場合を除いて、弊社は一切その責任を負いません。

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