ハイスループットジェノタイピング

SNPタイピング(マイクロアレイ)

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[サンプル送付先]
タカラバイオ株式会社 CDMセンター 遺伝子工学研究/検査 受託受付担当 宛て
〒525-0058 滋賀県草津市野路東七丁目4番38号
TEL:077-567-9262
ご注意:伝票の品名に受託名をご記載ください。 お問い合わせフォームは こちら

特長

  • 96アレイプレート単位でのハイスループットジェノタイピング
  • 東アジア人(ASI)、miRNAターゲットサイト、家畜など豊富な種類がラインナップ
  • カスタムアレイと次世代シーケンサーの組み合わせでより効率的に!

概要

サーモフィッシャーサイエンティフィック社(旧アフィメトリクス社)Axiomアレイを用いたSNP解析を行います。 96アレイを搭載したプレート単位で解析を行うことにより、ゲノムワイドなSNPタイピングをハイスループットに対応します。 ゲノムワイド関連解析(genome-wide association study:GWAS)から原因変異の同定のためのカスタムSNPタイピングまで幅広くご利用いただけます。

解析対象Axiomアレイ

・Axiom Genome-Wide Human Array
Axiomアレイ種類 対象生物 概要
Axiom Asia Precision Medicine Research Array Kit ヒト 1,000ゲノムプロジェクトで取得されたゲノム情報を基に設計されたプローブにより、東南アジア人の一般および希少疾患関連の75万バリアントの解析が可能
Axiom Exome 319 Array Plate ヒト コーディング領域にターゲットを絞った約30万バリアントの解析が可能。1,000ゲノムプロジェクトなどからの最新のコーディング領域のSNPとインデルを含めた包括的なコンテンツを搭載。疾患関連の機能性バリアントをスクリーニングするための最適なアレイです。
Axiom Genome-Wide Human Origins 1 Array Plate ヒト ヒトや人種分布の起源・進化研究用にHarvard Medical School Dept of GeneticsのDr.David Reichと共同で開発されたアレイです。
Axiom Genome-Wide CEU 1 Array Plate ヒト ヨーロッパ人のゲノムに見られる、頻度の低い変異(MAF>1%)の遺伝的カバレージを最大化したGWAS用アレイプレート
Axiom Genome-Wide ASI 1 Array Plate ヒト 東アジア人のゲノムに見られる、頻度の低い変異(MAF>1%)の遺伝的カバレージを最大化したGWAS用アレイプレート
Axiom Genome-Wide CHB 1 Array Plate ヒト 漢民族系中国人のゲノムに見られる、頻度の高い変異(MAF>5%)の遺伝的カバレージを最大化したGWAS用アレイプレート
Axiom Genome-Wide CHB 2 Array Plate ヒト 漢民族系中国人のゲノムに見られる、頻度の高い変異(MAF 2~5%)の遺伝的カバレージを最大化したGWAS用アレイプレート
Axiom Genome-Wide EUR 1 Array Plate(World Array 1) ヒト 疾患に関連した頻度の高い変異および頻度の低い変異をカバーし、GWAS、レプリケーション、ファインマッピングを一度にできるようにデザインされたアレイプレート。北ヨーロッパ人種での遺伝的カバレージを最大化するようにマーカーを選択
Axiom Genome-Wide EAS 1 Array Plate(World Array 2) ヒト 疾患に関連した頻度の高い変異および頻度の低い変異をカバーし、GWAS、レプリケーション、ファインマッピングを一度にできるようにデザインされたアレイプレート。ヨーロッパ人種と東アジア人種での遺伝的カバレージを最大化するようにマーカーを選択
Axiom Genome-Wide AER 1 Array Plate(World Array 3) ヒト 疾患に関連した頻度の高い変異および頻度の低い変異をカバーし、GWAS、レプリケーション、ファインマッピングを一度にできるようにデザインされたアレイプレート。アフリカ系アメリカ人種での遺伝的カバレージを最大化するようにマーカーを選択
Axiom Genome-Wide LAT 1 Array Plate(World Array 4) ヒト 疾患に関連した頻度の高い変異および頻度の低い変異をカバーし、GWAS、レプリケーション、ファインマッピングを一度にできるようにデザインされたアレイプレート。西アフリカ、ヨーロッパ、アメリカ先住民人種での遺伝的カバレージを最大化するようにマーカーを選択


・Axiom Biobank Genotyping Array
Axiomアレイ種類 対象生物 概要
Axiom Biobank Genotyping Array ヒト バイオバンクサンプルなど、大規模なコホート研究に適するようにデザインされ、低コストな解析を可能にしたアレイプレート。GWAS用マーカー、Exomeマーカーに加え、Loss of function SNP、Pharmacogenomic、eQTLマーカーなどを搭載
Axiom Biobank Plus Genotyping Array
(ご注文は5セット以上から承ります)
ヒト Biobank Genotyping Arrayに115,000マーカーまでのカスタムコンテンツの搭載が可能なアレイプレート


・Axiom miRNA Target Site Genotyping Array
Axiomアレイ種類 対象生物 概要
Axiom miRNA Target Site Genotyping Array ヒト miRNAターゲットサイトのジェノタイピングが可能な唯一の市販アレイ。miRNAプロモーター、miRNAシードサイト、miRNAターゲットバインディングサイトなどにある、既知および予測されるSNPやインデルマーカーを搭載
Axiom miRNA Target Site Plus Genotyping Array
(ご注文は30セット以上から承ります)
ヒト miRNA Target Site Genotyping Arrayに、170,000マーカーまでのカスタムコンテンツの搭載が可能なアレイプレート


・Axiom Genome-Wide Non-Human Array(その他の生物種)
Axiomアレイ種類 対象生物 概要
Axiom Genome-Wide BOS1 Array Plate ウシ 肉牛、乳牛の10のウシ品種において限られたSNP数で最大の遺伝学的カバレージを得るため、独自のプロセスによりデザインされたアレイ
Axiom Genome-Wide Chicken Genotyping Array Plate ニワトリ ブロイラーや採卵用の鶏の複数の品種をカバーした、市販ではじめての鶏用ゲノムワイドジェノタイピングアレイ。アカデミックおよび家禽業界のリーダーによる共同研究によりデザイン
Axiom Buffalo Genotyping Array Plate
(ご注文は2セット以上から承ります)
スイギュウ 複数の種にわたるWater BuffaloのSNPのゲノムワイドなカバレージを最大化されたアレイ
Axiom Maize Genotyping Array Plate
(ご注文は2セット以上から承ります)
トウモロコシ Maize(Zea mays L.)の約60万SNPを搭載
Axiom Strawberry Genotyping Array Plate
(ご注文は2セット以上から承ります)
イチゴ 8倍体であるイチゴのジェノタイピングを可能にした、初めてのアレイ
Axiom Salmon Genotyping Array Plate
(ご注文は2セット以上から承ります)
サケ Atlantic salmonの約13万SNPを搭載
Axiom Wheat HD Genotyping Array Plate A&B
(2種類のアレイプレートで1セットの製品です)
コムギ 2アレイ合計で、コムギの約817,000SNPを搭載
Axiom Wheat Breeder's Genotyping Array Plate
(ご注文は2セット以上から承ります)
コムギ Axiom Wheat HD Genotyping Arrayに搭載のSNPから育種の研究用に選択された約35,000SNPを搭載(本製品は384フォーマットで、必要な試薬や機器類が96フォーマットとは異なります。詳細はお問い合わせください。)


・Axiom カスタムパネル
Axiomアレイ種類 対象生物 概要
Axiom myDesign - 1,500から260万SNPまで、フレキシブルにデザイン。様々な生物種と多倍体に対応可能

アレイ詳細についてはサーモフィッシャーサイエンティフィック社ホームページをご覧ください。
■チラシをご覧ください。
SNPタイピング(Axiom Array)
ゲノム変異解析サービス

サービス内容

ゲノムDNAをご送付いただき、サーモフィッシャーサイエンティフィック社の推奨する方法に従い、ターゲットの作製、全自動化装置*によるハイブリダイゼーション、スキャニングなどの一連の作業を行い、シグナルデータおよびタイピング結果をお返しいたします。解析にはサーモフィッシャーサイエンティフィック社が推奨する試薬・ソフトウェアを使用します。連鎖解析などの統計解析については、提携会社と協力してサポートいたします。
組織・細胞からのDNA抽出などのオプション作業も充実しております。

サーモフィッシャーサイエンティフィック社GeneTitan MC Instrumentを使用します。96アレイプレートについて、ハイブリダイゼーション・洗浄・染色・スキャンまで完全自動化を実現したスループット装置です。

価格・納期

お問い合わせください。

納品物

  • 作業報告書
  • 解析データ(記録メディア)
     ジェノタイピング結果(txtファイル)
     SNP結果の要約(txtファイル)
     Rawデータ、QCデータ

ご注文方法

  • 依頼書作成とFAX連絡
    • 解析依頼書および情報提供用紙をダウンロードいただき、必要事項をご記入ください。
    • 依頼書記載のサンプル名称と、実際の送付サンプルに記載の名称は必ず一致させてください。
    • サンプル送付の前に、記入済み依頼書をFAXでご送付ください。
  • サンプル送付
    • 解析サンプルならびに依頼書を上記サンプル送付先へご送付ください。
    • サンプルは乾燥・漏れならびに容器破損が無いようにご注意いただき、冷蔵状態を維持するために充分量の保冷剤を同梱し、冷蔵便、平日午前着指定でご送付ください。また遠隔地を除き、翌日必着でご送付ください。

以下のフォーマットにご記入のうえ、依頼書記載のFAX番号へご送付ください。

受入サンプル

  • ゲノムDNA

  • 以下の点にご注意の上、解析サンプルを調製してください。

サンプル量 濃度 純度
OD260/OD280 OD260/OD230
ゲノムDNA 1 μg以上 50 ng/μl以上 1.8以上 1.5以上
細胞・組織(オプション) 別途ご相談

DNAサンプルは、標準的なDNA調製キットを用いて調製されたものが使用できます。Reduced EDTA TE buffer:10 mM Tris-HCl、0.1 mM EDTA pH8.0などに溶解の上、規定濃度以上に調製してください。
DNAサンプルは、電気泳動(1%ゲル)にて10~20 kbに明瞭なバンドが検出され、分解がないことをご確認ください。電気泳動写真を依頼書に添付してください。
サンプル受領後に、OD測定および電気泳動による濃度・純度等の確認を行います。その結果によっては、DNAサンプルの再送をお願いさせていただく場合があります。あらかじめご了承ください。

ご留意事項

ご送付サンプルに起因するシグナル検出不能の場合は、責任を負いかねますのであらかじめご了承ください。
本解析作業は研究目的のみです。得られた結果は診断目的には利用できません。
ヒト生体試料の解析にあたり、個人情報に関わるサンプルは、お客様ご所属施設の倫理委員会等で遺伝子解析研究に用いられることの承認が得られており、かつお客様の元で匿名化されたものに限らせていただきます。
詳しくは、「ヒトゲノム・遺伝子解析受託サービスについて」をお読みください。
お客様よりご提供いただいたサンプル・情報および納品物の複製物は、別途期限を定めている場合を除き、業務終了後3ヵ月を経過すると順次廃棄いたします。ご了承ください。

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注意事項
  • 本受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。納品物を試験研究目的以外へご使用される場合、弊社では納品物に起因する損失・損害等については一切の責任を負いかねます。納品物によっては、その構成物(例えば、ベクター、蛍光色素など)の使用に制限がある場合がありますのでご注意ください。
  • 納品物に起因して、直接的もしくは間接的に発生したお客様の損害については、明らかに弊社の責に帰すべき事由による場合を除いて、弊社は一切その責任を負いません。

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