がん遺伝子および全ゲノムのコピー数の増幅や欠損を包括的に解析

OncoScan CNV解析

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特長

  • ヒトホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)検体から高精度なコピー数解析が可能
  • 解析に必要なgDNAはわずか80 ng
  • がん関連遺伝子を中心に高密度にプローブが設計されたマイクロアレイを使用

概要

がんの大部分は遺伝子の突然変異とコピー数変化の影響を受けているとされています。DNAの異常領域をゲノム全体から網羅的に高感度に検出できる技術として、マイクロアレイは大変有効なツールです。Thermo Fisher Scientific社のOncoScan CNV Assayを使用する解析受託は、他の手法では解析できないような分解の進んだFFPE組織サンプルから、がん遺伝子を中心とした網羅的なコピー数の増幅や欠損の解析を行います。

解析対象マイクロアレイ
・OncoScan CNV Assay
※ OncoScan CNV Plus Assay、CytoScan HD Suite、CytoScan 750K Suite、CytoScan XON Suite、CytoScan Optima Suiteについてはお問い合わせください。
アレイ詳細についてはThermo Fisher Scientific社のホームページをご覧ください。

OncoScan CNV Assayの特長
  • ゲノム全体をカバーするプローブ設計
    OncoScan CNV Arrayはゲノム全体および既知のがんのドライバー遺伝子を網羅するように設計されており、約21万種類のプローブがtriplicateで搭載されています。約900個のがん遺伝子のコピー数解析の解像度は50~100 kb、がん遺伝子以外の全ゲノムコピー数解析の解像度は300 kbです。
  • 分解の進んだ微量ゲノムDNAサンプルに対応
    ゲノムDNAはわずか80 ngから解析可能です。分解が進んだゲノムDNAを対象とする場合は、150 bp以上に明瞭なバンドが検出され、極度の分解やRNAなどの低分子の混入が観察されなければ解析が可能です。
  • MIPテクノロジーによる解析
    OncoScan CNV Assayは高度に分解が進んだFFPEサンプルに最適化された分子内反転プローブ(Molecular Inversion Probe:MIP)テクノロジーを使用しています。

サービス内容

ゲノムDNAまたはFFPE切片などの組織をご送付ください。Thermo Fisher Scientific社の推奨する方法に従い、ターゲットの作製、ハイブリダイゼーション、スキャニングなどの一連の作業を行い、Chromosome Analysis Suite (ChAS)ソフトウェアを用いた解析データを納品いたします。

価格・納期

お問い合わせください。

納品物

  • 作業報告書
  • 解析データ(記録メディア)
    ・品質検定結果レポート
    ・Rawデータ
      ・CELファイル
      ・ARRファイル
    ・ChAS解析データ
      ・OSCHPファイル (ChAS インポートデータ)
      ・データQCファイル (txtファイル)
      ・CNVデータ (Excelファイル)
      ・LOHデータ (Excelファイル)

    Chromosome Analysis Suite (ChAS) Softwareによる解析
    ChAS SoftwareはCELファイルまたはOSCHPファイルのデータを取りこむことによってゲノム全体の染色体異常を表示および要約することが可能なThermo Fisher Scientific社が提供するフリーソフトウェアです。事前にお客様ご自身で、ご使用になられるPCにインストールしていただく必要がございますので、予めご了承ください。
    Chromosome Analysis Suite (ChAS) Softwareは、Thermo Fisher Scientific社より無償でインストールすることが可能です。
    ChASの表示例
    ChASの表示例
    納品物例(CNVデータ)
    納品物例(CNVデータ)

ご注文方法

  • 依頼書作成とFAX連絡
    • 解析依頼書および情報提供用紙をダウンロードいただき、必要事項をご記入ください。
    • 依頼書記載のサンプル名称と、実際の送付サンプルに記載の名称は必ず一致させてください。
    • サンプル送付の前に、記入済み依頼書をFAXでご送付ください。
  • サンプル送付
    • 解析サンプルならびに依頼書を下記サンプル送付先へご送付ください。
    • サンプルは乾燥・漏れならびに容器破損が無いようにご注意いただき、凍結状態を維持するために充分量のドライアイスを同梱し冷凍便で、平日午前着指定でご送付ください。また遠隔地を除き、翌日必着でご送付ください。FFPE切片、冷蔵保存しているDNAサンプルの場合は、保冷剤同梱の上、冷蔵便で送付いただいても問題ございません。

以下のフォーマットにご記入のうえ、依頼書記載のFAX番号へご送付ください。

受入サンプル

  • ゲノムDNA
    以下の点にご注意の上、解析サンプルを調製してください。
     サンプル量濃度純度
    OD260/OD280OD260/OD230
    ゲノムDNA250 ng以上20 ng/μl 以上1.6以上1.6以上
    • DNAはカラムやエタノール沈殿により精製を行い、1×TE (pH 8.0) with Reduced EDTA(0.1 mM EDTA)で調製して1.5 mlチューブでご提供ください。PCRチューブ、8連チューブ、plateタイプでのご提供はご遠慮ください。
    • 電気泳動(1%ゲル)にて150 bpより大きい領域にバンドが検出され、さらにRNAの混入がないことをご確認ください。
    • サンプル受領後に、濃度測定および電気泳動による濃度・純度等の確認を行います。その結果によっては、DNAサンプルの再送をお願いさせていただく場合があります。あらかじめご了承ください。
  • FFPE組織
    余分なパラフィンを切除し、厚さ5~10 μm程度に薄切したものを7枚以上、1.5 mlチューブに入れてご提供ください。

ご留意事項

  • ご送付サンプルに起因するシグナル検出不能の場合は、責任を負いかねますのであらかじめご了承ください。
  • 本解析作業は研究目的のみです。得られた結果は診断目的には利用できません。
  • ヒト生体試料の解析にあたり、個人情報に関わるサンプルは、お客様ご所属施設の倫理委員会等で遺伝子解析研究に用いられることの承認が得られており、かつお客様の元で匿名化されたものに限らせていただきます。
    詳しくは、「ヒトゲノム・遺伝子解析受託サービスについて」をお読みください。
  • お客様よりご提供いただいたサンプル・情報および納品物の複製物は、別途期限を定めている場合を除き、業務終了後3ヵ月を経過すると順次廃棄いたします。ご了承ください。

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注意事項
  • 本受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。納品物を試験研究目的以外へご使用される場合、弊社では納品物に起因する損失・損害等については一切の責任を負いかねます。納品物によっては、その構成物(例えば、ベクター、蛍光色素など)の使用に制限がある場合がありますのでご注意ください。
  • 納品物に起因して、直接的もしくは間接的に発生したお客様の損害については、明らかに弊社の責に帰すべき事由による場合を除いて、弊社は一切その責任を負いません。

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