遺伝子発現解析のスタンダード

GeneChip® Array発現解析

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※年末年始の短納期対応サービスのスケジュールについてはこちらをご確認ください。

特長

  • 3’Expression Arrayに加えて、低価格アレイやトランスクリプトームアレイなど豊富なラインナップ
  • 複数プローブによる再現性の高い高精度なデータ
  • ハイブリダイゼーション以降の工程の自動化により再現性の高い解析が可能
  • フリーソフトウェア Transcriptome Analysis Console（TAC）Softwareを用いたデータ解析が可能
  • 最短5営業日での短納期対応も可能

概要

サーモフィッシャーサイエンティフィック社（旧アフィメトリクス社）の遺伝子発現解析用アレイは、フォトリソグラフィーとコンビナトリアル・ケミストリーを組み合わせ、オートメーション化された製造工程により、アレイ間の差が小さいことが特長です。これにより比較したい検体の遺伝子発現の差を高い精度で求めることが可能です。
タカラバイオでは、アフィメトリクス認定のサービスプロバイダーとして、各種アレイを用いた網羅的な遺伝子発現解析を行います。遺伝子工学に熟練した技術者と充実した設備により、精度の高いサービスを提供いたします。ご要望に応じて、組織や細胞からのRNA抽出も承ります。

製品名 GeneChip（3’IVT Expression） Clariom S Array Clariom D Array / GeneChip Transcriptome Array
プローブデザイン

　　　
サーモフィッシャーサイエンティフィック社資料より

1遺伝子あたりの
プローブ数 		遺伝子の3’末端側に11～20プローブセット 1遺伝子あたりおよそ10個のプローブ エクソンあたりおよそ10個の検出プローブ、およびエクソン間のスプライス接合部あたり4個のプローブ
プローブペア Perfect Match probe (PM) およびMismatch probe (MM) Perfect Match probeのみ Perfect Match probeのみ
対応生物種 ヒト, マウス, ラット, イヌ, ウシ, ニワトリ, ブタ, 線虫, アカゲザル, アフリカツメガエル, ゼブラフィッシュ, ショウジョウバエ，シロイヌナズナ, 大麦, サトウキビ, トマト, 豆, オレンジ（柑橘）, 綿, 大豆, ブドウ, イネ, 小麦, トウモロコシ, ポプラ, 酵母, 大腸菌, 枯草菌, 黄色ブドウ球菌, マラリア, 緑膿菌 ヒト, マウス, ラット ヒト, マウス, ラット
特徴 ・多数のデータベースをもとにプローブを設計
・PM およびMMと呼ばれるプローブペアによって、非特異的なクロスハイブリダイゼーションを排除し特異性の高いデータが得られる。
・弊社オリジナルビューワ納品
・TAC Softwareが利用可能		 ・複数のデータベースに共通で登録されている20,000以上の遺伝子に対する20万以上のプローブを搭載
・アノテーション済みの主要な遺伝子を低価格で解析することが可能
・TAC Softwareが利用可能		 ・コード転写産物と非コード転写産物をカバーし、選択的スプライシングの検出が可能
・搭載プローブの70％はエクソン領域を、30％はエクソン間のスプライスジャンクションと非コード転写産物をカバー
・TAC Softwareが利用可能。遺伝子レベルやエクソンレベルの発現変化、選択的スプライシングイベントを可視化できる。
■チラシをご覧ください。

アレイ発現解析受託サービス

短納期アレイ発現解析サービス

サービス内容

total RNAを送付いただき、cDNA合成、cRNA増幅、ハイブリダイゼーション、スキャニングなどの一連の作業を行います。解析にはサーモフィッシャーサイエンティフィック社が推奨する試薬・ソフトウェアを使用します。
組織・細胞からのRNA抽出やデータマイニングなどのオプション作業も充実しています。

代表的アレイ種類
生物種 製品名 主要な搭載プローブ
ヒト Human Genome U133 Plus 2.0 Array 38,500の遺伝子
Clariom S Array, Human 20,800の遺伝子
Clariom D Array, Human 948,300のエクソン
マウス Mouse Genome 430 2.0 Array 34,000の遺伝子
Clariom S Array, Mouse 22,100の遺伝子
Clariom D Array, Mouse 498,500のエクソン
ラット Rat Genome 230 2.0 Array 28,000の遺伝子
Clariom S Array, Rat 22,900の遺伝子
Clariom D Array, Rat 320,400のエクソン

アレイ詳細についてはサーモフィッシャーサイエンティフィック社のホームページをご覧ください。


Affymetrix Transcriptome Analysis Console（TAC）Softwareによる解析
TAC SoftwareはRawデータを取りこむことによって各種データマイニング処理が可能なサーモフィッシャーサイエンティフィック社が提供するフリーソフトウェアです。事前にお客様ご自身で、ご使用になられるPCにインストールしていただく必要がございますので、予めご了承ください。

＊ Affymetrix Transcriptome Analysis Console（TAC）Softwareは、サーモフィッシャーサイエンティフィック社より無償でインストールすることが可能です。


（サーモフィッシャーサイエンティフィック社資料より）


弊社過去取得データとの比較について
タカラバイオでは2018/5/21のサンプル到着分より、GeneChip発現解析に使用するtotal RNA量を250 ngから100 ngに変更いたします。
インプットするtotal RNAの異なる解析データ間では、特に低発現領域に於いてバイアスのかかる可能性があることにご留意ください。


【オプションサービス】

  • 組織や細胞からのRNA抽出
  • DNase I 処理
  • サンプル再精製（純度が低いRNAの精製）
  • 微量total RNA（500 pg以上、濃度100 pg/μl以上）からの増幅＊
  • データマイニング＊
    • ＊ Clariom D Arrayは対応しておりません。

価格・納期

物種 製品名 参考価格 参考納期
ヒト Human Genome U133 Plus 2.0 Array ￥93,000 オンライン注文（1～20検体） 約1ヵ月
※短納期対応あり
お問い合わせ 1～3検体
￥98,000 4検体以上
Clariom S Array, Human ￥70,000 オンライン注文（1～10検体） 約1ヵ月
※短納期対応あり
￥68,000 オンライン注文（11～20検体）
お問い合わせ 1～7検体
￥70,000 8検体以上
Clariom D Array, Human お問い合わせ 1～7検体 約1ヵ月
￥100,000 8検体以上
マウス Mouse Genome 430 2.0 Array ￥93,000 オンライン注文（1～20検体） 約1ヵ月
※短納期対応あり
お問い合わせ 1～3検体
￥98,000 4検体以上
Clariom S Array, Mouse ￥70,000 オンライン注文（1～10検体） 約1ヵ月
※短納期対応あり
￥68,000 オンライン注文（11～20検体）
お問い合わせ 1～7検体
￥70,000 8検体以上
Clariom D Array, Mouse お問い合わせ 1～7検体 約1ヵ月
￥100,000 8検体以上
ラット Rat Genome 230 2.0 Array お問い合わせ 1～5検体 約1ヵ月
￥98,000 6検体以上
Clariom S Array, Rat お問い合わせ 1～7検体 約1ヵ月
￥70,000 8検体以上
Clariom D Array, Rat お問い合わせ 1～7検体 約1ヵ月
￥100,000 8検体以上
・オンライン注文では、事務手続き、作業内容を簡便化することによって低価格対応しております。
　オンライン注文に関してはこちらからアクセスください。
・表記以外の生物種のアレイは別途お問い合せください。


短納期対応解析について
■ 対象アレイ、納期：
※年内納品は3'IVT, Clariom Arrayともに12月13日(金)午前中サンプル到着分までとなります。
※12月16日以降の到着サンプルの納期は下記となります。
　12月16日～12月20日(金)午前中：1月9日(3’IVT), 1月10日(Clariom S)
　12月23日～1月10日(金)午前中：1月22日(3’IVT), 1月24日(Clariom S)
　（12月27日～1月5日はサンプル受付しておりません。）

  • GeneChip 3' IVT Array：最短5営業日（サンプル到着日を除く）
    （Human Genome U133 Plus 2.0 Array、Mouse Genome 430 2.0 Array）
  • Clariom S Array ：最短7営業日（サンプル到着日を除く）
    （Clariom S, Human、Clariom S, Mouse）
■ 価格：

短納期対応による追加費用はございません。
※一部サービス内容・対応が異なります。下記をご確認ください。

■ 受入れサンプル：

total RNAのみ

■ 納品形態：

web納品のみ対応です。
※CD納品は別途有償・別途納期となります。お問合せください。

■ 依頼方法、解析スケジュール

必ずオンライン注文にてご依頼ください。
オンライン注文時に、オプションで「短納期希望」を選択ください。

短納期希望方法

  • 入力するサンプル名称とチューブ記載名称を一致させてください。また、サンプル名称は15文字以内でご登録ください。
  • 必ず事前に濃度、純度を測定して、正確な値を入力してください。微量増幅オプションは短納期対応できません。
    解析スケジュール

  • 本サービスは毎週1週間分の到着サンプルを、その週の金曜日に解析開始するサービスとなります。RNAサンプルは金曜日の午前中までに届くようようお送りください。
  • オンライン注文の場合はその週の木曜日の15時までに必要情報を入力してください。15時以降の注文の場合は翌週金曜日の解析開始とさせていただきます。
  • 金曜日が祝日の場合には、前日の木曜日の午前中がサンプル到着期限日、その前日の水曜日15時までがオンライン注文入力期限となります。
  • 解析期間中に祝日を挟む場合には＋2営業日となります。

■ 注意事項
  • 短納期対応のRNA品質検定は、簡易的な内容となります。吸光定量や有機溶媒の混入などの純度の検定は行いません。
  • 短納期対応の場合、RNA品質検定結果の報告は行いません。またRNA品質検定結果データの納品も行いません。
  • 短納期対応の場合、サンプル返却対応は実施いたしません。必要サンプル分を取り分けてご送付ください。
  • 品質検定で問題があった場合には、解析の進め方をご相談いたします。その場合は納期等も変更となります。
  • 解析中止となる場合は品質検定費用など、そこまでの作業費用を申し受けます。
  • 短納期対応可能な総解析数には限りがあります。依頼が集中した場合にはサンプル到着順で対応させていただきます。

納品物

GeneChip （3’IVT Expression）
・作業報告書
・解析補足資料（PDFファイル）
・Rawデータ（ARR、CEL、CHPファイル）
・QCレポート※
・オリジナルビューワ
・解析データ　※Adobe AIR上で動く弊社オリジナルビューワで閲覧可能
　シグナルデータ
　発現比率データ
・Supplementalデータ
　csvファイル
　解析結果サンプル例の詳細はこちら

Clariom S Array
・作業報告書
・解析データ
　Rawデータ（ARR、CEL、CHPファイル）
　QCレポート※

Clariom D Array
・作業報告書
・解析データ
　Rawデータ（ARR、CEL、CHPファイル）
　QCレポート

　※ 短納期対応での解析時には、RNA品質結果は納品いたしません。

ご注文方法

オンライン注文とFAX注文の2種類からお選びください。

サンプル送付
  • 解析サンプルならびに依頼書（オンライン注文の場合は注文依頼完了画面の印刷物）を下記サンプル送付先へご送付ください。
  • サンプルは乾燥・漏れならびに容器破損が無いようにご注意いただき、凍結状態を維持するために充分量のドライアイスを同梱し、冷凍便、平日午前着指定でご送付ください。また遠隔地を除き、翌日必着でご送付ください。

受入サンプル

※サンプルのご準備、発送にあたり下記手引きに詳細を記載しています。


  • total RNAなど
    以下の点にご注意の上、解析サンプルを調製してください。
      サンプル量＊2 濃度 純度＊3
    OD260/OD280 OD260/OD230 28S/18S
    total RNA＊1 500 ng以上 50～300 ng/μl 1.6以上 1.8以上
    組織・細胞（オプション） 別途ご相談＊4
    ＊1　 すでにpolyA＋ RNAの状態でサンプルをご用意されている場合は、別途ご相談ください。
    ＊2　 原核生物の解析の場合は、total RNA量30 μg以上、濃度1 μg/μl以上の検体をご用意ください。
    精製が必要なtotal RNAの場合、以下のRNA量をご用意ください。
    エタノール沈殿：2 μg以上　　　　DNasa I 処理：10 μg以上
    ＊3　 電気泳動にてrRNAの明瞭なバンドが検出され、分解していないことをあらかじめご確認ください。
    ＊4　 送付サンプルの採取方法によっては良質なRNAが抽出できない場合がございます。

    • RNAサンプルはRNase free水に溶解し、1.5 mlチューブでご提供ください。PCRチューブ、8連チューブ、plateタイプでのご提供はご遠慮ください。
    • TEや界面活性剤、DEPCを使用すると、反応を阻害する場合がありますので、溶解の際には絶対に使用しないでください。
    • RNAサンプル調製時にエタノール沈殿を実施する場合は、共沈剤としてグリコーゲンを添加しないでください。
      血液検体由来RNAを調製される際は、抗凝固剤にヘパリンを使用しないでください。
    • 上記基準に満たない場合は別途お問い合わせください。

ご留意事項

・ 送付サンプルに起因するシグナル検出不能の場合は、責任を負いかねますのであらかじめご了承ください。
・ ご送付いただいたRNAサンプルはアジレント2200 TapeStationなどを用いて検定を行います。この時点で量・純度が次の作業に十分でない場合ご連絡し、対応方法についてご相談いたします。
・ ヒト生体試料の解析にあたり、個人情報に関わるサンプルは、お客様ご所属施設の倫理委員会等で遺伝子解析研究に用いられることの承認が得られており、かつお客様の元で匿名化されたものに限らせていただきます。
詳しくは、「ヒトゲノム・遺伝子解析受託サービスについて」をお読みください。
・ お客様よりご提供いただいたサンプル・情報および納品物の複製物は、別途期限を定めている場合を除き、業務終了後3ヵ月を経過すると順次廃棄いたします。ご了承ください。
GeneChipはサーモフィッシャーサイエンティフィック社の登録商標です。
タカラバイオはアフィメトリクス認定のサービスプロバイダーです。
Affymetrixサービスプロバイダー
タカラバイオはKEGGの正規サービスプロバイダーです。
KEGG

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注意事項
  • 本受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。納品物を試験研究目的以外へご使用される場合、弊社では納品物に起因する損失・損害等については一切の責任を負いかねます。納品物によっては、その構成物（例えば、ベクター、蛍光色素など）の使用に制限がある場合がありますのでご注意ください。
  • 納品物に起因して、直接的もしくは間接的に発生したお客様の損害については、明らかに弊社の責に帰すべき事由による場合を除いて、弊社は一切その責任を負いません。

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