• 配列特異的な分子コードにより最大800種類の標的配列のデジタルカウントが可能
• PCR増幅を必要としないため増幅バイアスが無く、再現性の高いデータ取得が可能
• ホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)組織からの高精度な解析が可能

nCounterは NanoString Technologies社が開発したデジタル分子バーコード技術に基づいた分子をダイレクトにカウントするシステムであり、最大800種類のRNAやDNAをシングルチューブで迅速かつ高精度に解析することが可能です。 nCounterの解析は、標的分子の配列に特異的なバーコードを有するプローブ（Reporter Probe）と解析用カートリッジに固定するためのプローブ（Capture Probe）を標的の核酸とハイブリダイズさせ、蛍光スキャナーによりカートリッジの表面に固定化された各標的配列のカラーバーコードの並びをカウントします。

■チラシをご覧ください。

ご送付いただいたtotal RNAを品質検定後、nCounterの遺伝子発現パネルとハイブリダイゼーションを行います。データの解析を行い、バーコードのカウント値や正規化後のデータにアノテーションを付加したデータをお返しいたします。 解析にはNanoString Technologies社が指定する試薬・ソフトウェアを使用します。

作業の流れ


遺伝子発現パネル
ヒトやマウスの重要なパスウェイや疾患に関する遺伝子を搭載したnCounterの遺伝子発現パネルがご利用いただけます。各パネルのバージョンなどは変更となる場合があります。パネル搭載遺伝子などの詳細については NanoString Technologies 社ホームページをご覧ください。

Gene Expression Panel

生物種	製品名	遺伝子数
ヒト	PanCancer Immune Profiling for Human	770
	PanCancer Progression for Human	770
	PanCancer Pathways for Human	770
	Human Immunology v2	594
	Human Inflammation v2	255
	Human Breast Cancer ER	202
	Human Kinase	536
	Human Cancer Reference	236
マウス	PanCancer Immune Profiling for Mouse	770
	Mouse Immunology	561
	Mouse Inflammation v2	254

PanCancer Immune Profiling Panel
各種がんにおけるヒト免疫応答をプロファイルするパネル
　・ 24種類の免疫細胞の細胞表面マーカー… 109 遺伝子
　・ CT (がん精巣) antigen… 30 遺伝子
　・ 免疫応答のモニタリング… >500 遺伝子

PanCancer Progression Panel
がんの進行度を評価するためのパネル
　・ 血管形成… 227 遺伝子
　・ 皮間葉転換… 269 遺伝子
　・ 転移… 173 遺伝子
　・ 細胞外マトリックス… 254 遺伝子

PanCancer Pathways Panel
主要ながん関連経路を網羅したパネル
　・ がん関連パスウェイ… 606 遺伝子
　・ がんドライバー遺伝子… 124 遺伝子



【オプションサービス】
（サンプル調製）

• 組織や細胞からのRNA抽出/ FFPE切片からのRNA抽出
• DNase I 処理／サンプル再精製（純度が低いRNAの精製）

（解析）

• データマイニング

ご依頼の内容により異なりますので、お問い合わせください。

• 作業報告書
• 解析データ
  　正規化後のデータにアノテーションを付加したデータ（Excel形式）
  　nSolverから出力される正規化後のデータ（CSV形式）
  　Rawデータ、QCデータ
  
• パネルのプローブ情報

アノテーションデータ

• 依頼書作成とFAX連絡
  ・nCounter解析依頼書をダウンロードいただき、必要事項をご記入ください。
  ・依頼書記載のサンプル名称と、送付検体に記載されている名称は統一してください。
  ・サンプル送付の前に、記入済み依頼書をFAXでご送付ください。
  
• サンプル送付
  ・解析サンプルならびに依頼書を下記サンプル送付先へご送付ください。
  ・サンプルは乾燥・漏れならびに容器破損が無いようにご注意いただき、トライアイスを詰めたうえで－20℃の冷凍便で平日午前着指定でご送付ください。また遠隔地を除き、翌日必着でご送付ください。

以下のフォーマットにご記入のうえ、依頼書記載のFAX番号へご送付ください。

• nCounter解析依頼書（Excel）

• total RNAなど
  以下の点にご注意の上、解析サンプルを調製してください。

  	サンプル量	濃度	純度（OD260/OD280）
  total RNA	500 ng 以上	50～500 ng/μl	1.6 以上
  total RNA（RIN<7）	1000 ng以上	100～500 ng/μl	1.6 以上
  細胞	1 × 106 cells ～
  組織	3～5ミリ角片で100 mg程度
  FFPE組織	余分なパラフィンを切除し、厚さ 5 μm程度に薄切したものを6枚以上
  血清	1 ml～

  ・	RNAサンプルはRNase free水に溶解し、1.5 mlチューブでご提供ください。TEや界面活性剤、DEPCを使用すると、反応を阻害する場合がありますので、溶解の際には絶対に使用しないでください。
  ・	RNAサンプル調製時にエタノール沈殿を実施する場合は、共沈剤としてグリコーゲンを添加しないでください。
  ・	上記基準に満たない場合は別途お問い合わせください。

・	送付サンプルに起因するシグナル検出不能の場合は、責任を負いかねますのであらかじめご了承ください。
・	ご送付いただいたRNAサンプルはアジレント2100バイオアナライザを用いて検定を行います。この時点で量・純度が次の作業に十分でない場合はご連絡し、対応方法についてご相談いたします。
・	ヒト生体試料の解析にあたり、個人情報に関わるサンプルは、お客様ご所属施設の倫理委員会等で遺伝子解析研究に用いられることの承認が得られており、かつお客様の元で匿名化されたものに限らせていただきます。 詳しくは、「ヒトゲノム・遺伝子解析受託サービスについて」をお読みください。

タカラバイオはKEGGの正規サービスプロバイダーです。