• 配列特異的な分子コードにより最大800種類の標的配列のデジタルカウントが可能
• PCR増幅を必要としないため増幅バイアスが無く、再現性の高いデータ取得が可能
• ホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)組織からの高精度な解析が可能

nCounterは NanoString Technologies社が開発したデジタル分子バーコード技術に基づいた分子をダイレクトにカウントするシステムであり、最大800種類のRNAやDNAをシングルチューブで迅速かつ高精度に解析することが可能です。 nCounterの解析は、標的分子の配列に特異的なバーコードを有するプローブ（Reporter Probe）と解析用カートリッジに固定するためのプローブ（Capture Probe）を標的の核酸とハイブリダイズさせ、蛍光スキャナーによりカートリッジの表面に固定化された各標的配列のカラーバーコードの並びをカウントします。

■チラシをご覧ください。

ご送付いただいたtotal RNAを品質検定後、nCounterの遺伝子発現パネルとハイブリダイゼーションを行います。データの解析を行い、バーコードのカウント値や正規化後のデータにアノテーションを付加したデータをお返しいたします。 解析にはNanoString Technologies社が指定する試薬・ソフトウェアを使用します。

作業の流れ


遺伝子発現パネル
ヒトやマウスの重要なパスウェイや疾患に関する遺伝子を搭載したnCounterの遺伝子発現パネルがご利用いただけます。各パネルのバージョンなどは変更となる場合があります。パネル搭載遺伝子などの詳細については NanoString Technologies 社ホームページをご覧ください。

Gene Expression Panel

生物種	製品名	遺伝子数
ヒト	nCounter PanCancer Immune Profiling Panel	770
	nCounter PanCancer Pathways Panel	770
	nCounter PanCancer Progression Panel	770
	nCounter PanCancer IO 360	770
	nCounter Human AD	770
	nCounter Human Fibrosis	770
	nCounter Human Metabolic Pathways	768
	nCounter Human Organ Transplant Panel	770
	nCounter GX Human Immunology V2	594
	nCounter GX Human Kinase V2	536
	nCounter Human Autoimmune Profiling Panel	770
	nCounter Human Breast Cancer 360 V2	776
	nCounter Human CAR-T Characterization Panel	770
	nCounter Human Inflammation V2	255
	nCounter Human Myeloid Innate Immunity Panel v2	770
	nCounter Human Neuroinflammation	770
	nCounter Neuropathology Human	770
マウス	nCounter PanCancer Mouse Immune Profiling	770
	nCounter PanCancer Mouse Pathways Panel	770
	nCounter Mouse Fibrosis	770
	nCounter Mouse Metabolic Pathways	770
	nCounter GX Mouse Immunology Kit V1	561
	nCounter Mouse AD	770
	nCounter Mouse Autoimmune Profiling Panel	770
	nCounter Mouse Inflammation V2	254
	nCounter Mouse Myeloid Innate Immunity Panel v2	754
	nCounter Mouse Neuroinflammation	770
	nCounter Mouse PanCancer IO 360	770
	nCounter Neuropathology Mouse	770
NHP	nCounter NHP Immunology V2	770

PanCancer Immune Profiling Panel
各種がんにおけるヒト免疫応答をプロファイルするパネル

• 24種類の免疫細胞の細胞表面マーカー… 109遺伝子
• CT (がん精巣) antigen… 30遺伝子
• 免疫応答のモニタリング… ＞500遺伝子

PanCancer Progression Panel
がんの進行度を評価するためのパネル

• 血管形成… 227遺伝子
• 皮間葉転換… 269遺伝子
• 転移… 173遺伝子
• 細胞外マトリックス… 254遺伝子

PanCancer Pathways Panel
主要ながん関連経路を網羅したパネル

• がん関連パスウェイ… 606遺伝子
• がんドライバー遺伝子… 124遺伝子

【オプションサービス】
（サンプル調製）

• 組織や細胞からのRNA抽出/ FFPE切片からのRNA抽出
• DNase I 処理／サンプル再精製（純度が低いRNAの精製）

（解析）

• データマイニング

ご依頼の内容により異なりますので、お問い合わせください。

• 作業報告書
• 解析データ
  　正規化後のデータにアノテーションを付加したデータ（Excel形式）
  　nSolverから出力される正規化後のデータ（CSV形式）
  　Rawデータ、QCデータ
  
• パネルのプローブ情報

アノテーションデータ

• 依頼書作成とFAX連絡
  ・nCounter解析依頼書をダウンロードいただき、必要事項をご記入ください。
  ・依頼書記載のサンプル名称と、送付検体に記載されている名称は統一してください。
  ・サンプル送付の前に、記入済み依頼書をメール添付またはFAXでご送付ください。
  
• サンプル送付
  ・解析サンプルならびに依頼書を下記サンプル送付先へご送付ください。
  ・サンプルは乾燥・漏れならびに容器破損が無いようにご注意いただき、トライアイスを詰めたうえで－20℃の冷凍便で平日午前着指定でご送付ください。また遠隔地を除き、翌日必着でご送付ください。

以下のフォーマットにご記入のうえ、依頼書記載のFAX番号へご送付ください。

• nCounter解析依頼書（Excel）
• 臨床検体又は供与細胞に関する情報提供用紙（Excel）
※臨床検体・細胞を送付いただく場合は、受託サービスをお申込みいただく前に、「臨床検体又は供与細胞に関する情報提供用紙」にご記入の上、弊社へお送りください。弊社にてご提供いただいた情報を元にお取り扱いの可否を判断して折り返しご連絡いたします。

弊社「臨床検体のお取り扱いについて」の詳細はこちらをご参照ください。

• total RNAなど
  以下の点にご注意の上、解析サンプルを調製してください。

  	サンプル量	濃度	純度（OD260/OD280）
  total RNA	500 ng 以上	50～500 ng/μl	1.6 以上
  total RNA（RIN<7）	1000 ng以上	100～500 ng/μl	1.6 以上
  細胞	1 × 106 cells ～
  組織	3～5ミリ角片で100 mg程度
  FFPE組織	余分なパラフィンを切除し、厚さ 5 μm程度に薄切したものを6枚以上
  血清	1 ml～

  ・	RNAサンプルはRNase free水に溶解し、1.5 mlチューブでご提供ください。TEや界面活性剤、DEPCを使用すると、反応を阻害する場合がありますので、溶解の際には絶対に使用しないでください。
  ・	RNAサンプル調製時にエタノール沈殿を実施する場合は、共沈剤としてグリコーゲンを添加しないでください。
  ・	上記基準に満たない場合は別途お問い合わせください。

• 送付サンプルに起因するシグナル検出不能の場合は、責任を負いかねますのであらかじめご了承ください。
• ご送付いただいたRNAサンプルはアジレント2200TapeStationなどを用いて検定を行います。品質に問題が無い場合は、メールによるRNA品質検定結果の報告は行いません。量・純度が次の作業に十分でない場合はご連絡し、対応方法についてご相談いたします。
• ヒト生体試料の解析にあたり、個人情報に関わるサンプルは、お客様ご所属施設の倫理委員会等で遺伝子解析研究に用いられることの承認が得られており、かつお客様の元で匿名化されたものに限らせていただきます。
  詳しくは、「ヒトゲノム・遺伝子解析受託サービスについて」をお読みください。

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