cfDNAや微量検体を対象とした高感度な体細胞変異解析

高感度変異解析

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TEL:077-565-6999


[サンプル送付先]
タカラバイオ株式会社 バイオメディカルセンター 受託受付担当 宛て
〒525-0058 滋賀県草津市野路東七丁目4番38号
TEL:077-565-6981
ご注意:伝票の品名に受託名をご記載ください。 お問い合わせフォームは こちら

特長

  • 次世代シーケンサーに分子バーコード技術を適用した高感度なゲノム変異解析
  • 豊富な癌種別パネルやカスタムパネルで、目的変異の解析に柔軟に対応
  • 疾患データベース情報付与やCNV解析など目的に応じた情報解析オプションをご提供
  • cfDNAやFFPEなどの微量検体のシーケンスにも対応

概要

cfDNAやFFPEなどの臨床検体から、既知のがんドライバー遺伝子や目的遺伝子の体細胞変異解析を、高感度に解析可能です。
QIAseq Targeted DNA Panels(Qiagen社)などを用い、研究目的に応じて、カスタムパネルの作製や解析法のご提案を行い、次世代シーケンサ―を用いて高感度変異解析を行います。 社内試験では、1.0% アリル頻度の人工cfDNA検体に対して優れた検出力を発揮し、低頻度変異の解析が可能です。 デジタルカウントによる遺伝子発現解析など、様々な解析が可能です。

サービス内容

QIAseq Targeted DNA Panelsまたはカスタムパネルを用い、次世代シーケンサーで遺伝子配列を取得して変異解析を行います。カスタムパネルのご依頼では、ターゲット遺伝子の情報を提供いただくことにより、パネルデザインおよびパネル発注の代行も承ります。専用ソフトフェアから算出される変異(SNV、Short In/Del、CNV)のレポートを納品します。
CNV解析には、腫瘍検体以外に正常検体が必要となります。




  • QIAseq Targeted DNA Panels(一部)
    Panel 遺伝子数 プライマー数 特徴
    Actionable solid tumor panel 22 651 20個のがん遺伝子における主要な領域及び3個の腫瘍抑制遺伝子の全エクソン領域を網羅
    Colorectal cancer panel 71 2,929 大腸がんの発症と進行に関連した71遺伝子における変異を網羅
    Lung cancer panel 72 4,149 肺がんの発症と進行に関連した72遺伝子における変異を網羅
    Comprehensive cancer panel 275 11,311 包括的ながんの発症と進行に関連する275遺伝子およびTERTプロモーターにおける変異を網羅
    その他パネルをご希望の場合は、お問い合わせください。

  • カスタムパネルでの解析
    対象遺伝子情報(遺伝子名称、RefSeq ID、Entrez Gene ID)をもとに、カスタムキット設計、解析を行います。


◆ 関連サービス
・ターゲットリシーケンス
・がん遺伝子検査

価格・納期

ご依頼の内容により異なりますので、お問い合わせください。

受入サンプル

臨床検体送付時のお願い(PDF)
  • 血漿、血液、FFPE、組織及び核酸
    以下の点にご注意の上、解析サンプルを調製してください。

    【血漿、血液、FFPE、組織等の臨床検体の場合】
      サンプル量 保管・搬送温度 備考
    血漿 5 ml以上 冷凍(-80℃) ・EDTA/2K採血管にて採血してください。
    *EDTA/2Na等、他の凝固剤はご使用にならないでください。
    ・血漿は15 ml遠心管にて-80℃で保管ください。
    ・血漿の分離条件
    遠心:1,900×g、10分間で遠心分離し、上清を回収
    *採血後2時間以内に血漿の分離を実施してください。採血後、時間の経過とともに血球由来のゲノムDNAの量が増加し、解析結果に大きく影響を及ぼします。採血から血漿の分離までの時間は厳密に管理してください。
    *中間層にあるバフィーコートを吸わないように細心の注意を払って操作してください。バフィーコートの混入は解析結果に大きな影響を及ぼします。
    ・可能な場合は、上記1回目の遠心分離後に下記条件にて2回目の遠心分離をお勧めいたします。
    遠心:16,000×g、10 分間、4℃で遠心分離し、上清を回収
    血液 2 ml 冷凍 ・EDTA/2NaまたはEDTA/2K採血管にて採血してください。
    ・採血後の遠心分離は不要です。
    ・ヘパリン入採血管を用いて採血された血液は、解析に影響を及ぼしますのでお避けください。
    ・冷凍時は容器の破損を避けるため、なるべく緩やかに凍結させてください。
    FFPE 7 μm厚
    10枚程度
    冷蔵 ・パラフィン切片を5枚ずつ1.5 mlチューブに入れて送付ください。
    ・ブロック検体は受付できません。
    ・スライドグラスに接着された検体は受付できません。
    ・10%中性緩衝ホルマリンにて24時間以内の固定標本を推奨します。
    ・作製から2年以内の標本を推奨します。
    ・マイクロダイセクションには対応できません。
    組織 25 mg程度 冷凍
    (採取日より
    6ヵ月以内)
    ・検体は3~5 mm角片に刻んでください。
    ・総量が200 mg以下となるようにしてください。
    ・採取後速やかに耐凍チューブなどに入れ、-80℃にて保存してください。
    ・正常部位や壊死部分を除去したサンプルにてご依頼ください。
    培養
    細胞等
    別途ご相談


  • 核酸
    【核酸の場合】
    核酸種別 サンプル量 濃度
    cfDNA 50 ng以上 2.6 ng/μl以上
    FFPE由来DNA 120 ng以上 6.0 ng/μl以上
    ゲノムDNA 50 ng以上 2.6 ng/μl以上
    ・DNAは滅菌水もしくはReduced EDTA TE buffer:10 mM Tris-HCl、0.1 mM EDTA pH8.0に溶解してください。
    ・濃度測定は蛍光定量(Qubit等)を推奨します。
    ・上記基準に満たない場合は別途お問い合わせください。

納品物

  • 作業報告書
  • シーケンスデータ一式
  • 変異候補の抽出結果、マッピング結果等

【解析結果例】
・変異結果一覧



・変異レポート(HTML形式)



・マッピング結果(Integrative Genomics Viewer)

ご注文方法

  • 依頼書作成とFAX連絡 以下のフォーマットにご記入のうえ、依頼書記載のFAX番号へご送付ください。

    ※マイクロサテライト不安定性(MSI)解析のご依頼時も、上記依頼書をご利用ください。

  • 供与検体が臨床検体組織の場合
    • ヒト組織、細胞、体液等を送付いただく場合、解析実施の前に、取り扱い可能な検体であることを確認した上で作業を行っております。 ヒト組織等の臨床検体のお取り扱いについてを確認いただき、必要に応じて「臨床検体サンプルに関する情報提供用紙」にご記入の上、解析前に所定用紙を弊社へお送りください。

  • サンプル送付
    • 解析サンプルならびに依頼書を上記サンプル送付先へご送付ください。
    • サンプルは乾燥・漏れならびに容器破損が無いようにご注意いただき、平日午前着指定でご送付ください。
      また遠隔地を除き、翌日必着でご送付ください。

ご留意事項

  • 供与核酸の品質によっては再提供をお願いすることがあります。
  • ヒト生体試料の解析にあたり、個人情報に関わるサンプルは、お客様ご所属施設の倫理委員会等で遺伝子解析研究に用いられることの承認が得られており、かつお客様の元で匿名化されたものに限らせていただきます。
    詳しくは、「ヒトゲノム・遺伝子解析受託サービスについて」をお読みください。
  • お客様よりご提供いただいたサンプル・情報および納品物の複製物は、別途期限を定めている場合を除き、業務終了後3ヵ月を経過すると順次廃棄いたします。ご了承ください。

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注意事項
  • 本受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。納品物を試験研究目的以外へご使用される場合、弊社では納品物に起因する損失・損害等については一切の責任を負いかねます。納品物によっては、その構成物(例えば、ベクター、蛍光色素など)の使用に制限がある場合がありますのでご注意ください。
  • 納品物に起因して、直接的もしくは間接的に発生したお客様の損害については、明らかに弊社の責に帰すべき事由による場合を除いて、弊社は一切その責任を負いません。

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