pKF3の完全分解に必要な反応時間

制限酵素は用いる基質DNAによって、その相対活性が異なる。TaKaRaで販売している制限酵素の中で、pKF3を1ヵ所切断する酵素について、同DNA(反応液量10 μl、50 μl)の完全分解に必要な反応時間を求めた。また、Triton X-100(終濃度0.01%)の添加によって切断性が上昇する酵素については、脚注に記載した。
制限酵素 反応液 使用酵素量
(U)
活性測定用
DNA
1 μg DNA/10 μl
(hour)
1 μg DNA/50 μl
(hour)
Acc III Basal 5 λ 1 0.5
Aor13H I K+BSA 10 λ 0.25 0.25
Aor51H I M 10 λ 0.25 0.25
ApaL I L 10 λ 0.25 0.25
Ava II M 10 λ 0.25 0.25
Bal I Basal 5 λ 0.25 0.5
BamH I K 10 λ 0.25 0.25
Ban II H 10 λ 0.25 0.25
Bgl II H 10 λ 0.25 0.25
BspT104 I L 10 λ 0.25 0.25
BstP I H 10 λ 0.25 0.25
Bst1107 I K 5 λ 0.5 0.5
Cla I M 10 λ >20*1 >20*1
EcoO65 I H+BSA 10 λ 0.25 0.25
EcoR I H 10 λ 0.25 0.25
EcoT14 I H 10 λ 0.25 0.25
Eco52 I Basal 5 λ 2 3
Fba I K 10 λ*3 >20*1 >20*1
Fok I M+BSA 10 λ 0.5 0.5
Hind III M 10 λ 0.25 0.25
Hpa I K 10 λ 0.25 0.25
Kpn I L 10 λ 0.5 0.5
Mlu I H 10 λ 0.25 0.25
制限酵素 反応液 使用酵素量
(U)
活性測定用
DNA
1 μg DNA/10 μl
(hour)
1 μg DNA/50 μl
(hour)
Nco I K+BSA 10 λ 0.25 0.25
Nde I H 10 λ 0.25 0.25
Nhe I M 10 λ 0.25 0.25
Not I H+BSA+Triton 10 Ad2 0.25 0.25
Nsb I T+BSA 10 λ 0.25 0.25
PshB I Basal 10 λ 0.25 0.25
Pst I H 10 λ 0.25 0.25
Pvu I K+BSA 10 λ 1 1
Pvu II M 10 λ 0.25 0.25
Sac I L 10 λ 0.5 0.5
Sac II T+BSA 10 Ad2 20*2 20*2
Sal I H 10 λ 0.5 1
Sca I H 10 λ 0.25 >2*2
Sma I T+BSA 10 λ 0.5 0.5
Sph I H 10 λ 0.25 0.5
Sse8387 I M+BSA 10 λ 0.25 0.25
Ssp I Basal 10 λ 0.25 0.25
Stu I M 10 λ 0.25 0.5
Taq I Basal+BSA 10 λ 0.5 0.5
VpaK11B I Basal 10 λ 0.25 0.25
Xba I M+BSA 10 λ*3 0.25 0.25
Xho I H 10 λ 0.25 0.25
*1 Cla I 通常のpKF3 DNA中のCla I認識配列は、dam methylaseによりメチル化を受けており(6mATCGAT)、ほとんど切断できない。
Fba I 通常のpKF3 DNA中のFba I認識配列は、dam methylaseによりメチル化を受けており(TG6mATCA)、ほとんど切断できない。
*2 Sac II pKF3 DNAのスーパーコイル状態に対する切断性が悪い。
Sca I 高DNA濃度の方が、切断性がよい。また、Triton X -100(final 0.01%)を添加すると、0.25時間で完全分解できる。
*3 N6-methyladenine free λDNA

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