標準的な制限酵素の反応時間は1時間であるが、長時間のインキュベーションを行うことがしばしばある。この表は、2、5、16時間後の残存活性（完全に残存：＋、一部残存：±、残存活性なし：－、未試験：NT）を示している。
| 制限酵素 | 2時間 | 5時間 | 16時間 |
| Aat II | ＋ | ＋ | ＋ |
| Acc I | ＋ | ＋ | ＋ |
| Acc II | ＋ | ＋ | ＋ |
| Acc III | ＋ | ＋ | ± |
| Afa I | ± | ± | ± |
| Afl II | ＋ | ＋ | ± |
| Alu I | NT | NT | ＋ |
| Aor13H I | ＋ | ＋ | ＋ |
| Aor51H I | ＋ | ＋ | ＋ |
| Apa I | ＋ | ＋ | ＋ |
| ApaL I | NT | NT | ＋ |
| Bal I | ＋ | ± | － |
| BamH I | ＋ | ＋ | ＋ |
| Ban II | NT | ＋ | ＋ |
| BciT130 I | ＋ | ＋ | ± |
| Bcn I | ＋ | ＋ | － |
| Bgl I | NT | ＋ | － |
| Bgl II | NT | ＋ | ＋ |
| Bln I | ＋ | ＋ | ± |
| BmeT110 I | ＋ | ＋ | ± |
| Bpu1102 I | ＋ | ＋ | ＋ |
| BspT104 I | ＋ | ＋ | ＋ |
| BspT107 I | ＋ | ＋ | ＋ |
| Bsp1286 I | ＋ | ＋ | ＋ |
| Bsp1407 I | ＋ | ＋ | ＋ |
| BssH II | ＋ | ＋ | ＋ |
| BstP I | ＋ | ＋ | ＋ |
| BstX I | ＋ | ＋ | ＋ |
| Cfr10 I | ＋ | ± | ± |
| Cla I | ＋ | ＋ | ＋ |
| Cpo I | ± | － | － |
| Dde I | ＋ | ＋ | ＋ |
| Dra I | ＋ | － | － |
| Eae I | ＋ | ＋ | ＋ |
| EcoO65 I | ＋ | ＋ | ± |
| EcoO109 I | ＋ | ＋ | ± |
| EcoR I | ＋ | ＋ | ＋ |
| EcoR V | NT | ＋ | ＋ |
| EcoT14 I | ＋ | ± | － |
| EcoT22 I | ＋ | ± | － |
| Eco52 I | ± | ± | － |
| Eco81 I | ＋ | ＋ | ＋ |
| Fba I | ＋ | ＋ | ± |
| Fok I | ＋ | ＋ | ＋ |
| Hae II | ＋ | ＋ | ＋ |
| Hae III | ＋ | ＋ | ＋ |
| Hap II | ＋ | ＋ | ＋ |
| 制限酵素 | 2時間 | 5時間 | 16時間 |
| Hha I | ＋ | ＋ | ＋ |
| Hinc II | ＋ | － | － |
| Hind III | ＋ | ＋ | ＋ |
| Hinf I | NT | ＋ | ＋ |
| Hpa I | ＋ | ＋ | ＋ |
| Kpn I | ＋ | ＋ | ＋ |
| Mbo I | ＋ | ＋ | ＋ |
| Mbo II | ± | ± | ± |
| Mfl I | ＋ | ± | ± |
| Mlu I | NT | ＋ | ＋ |
| Msp I | ＋ | ＋ | ± |
| Mun I | NT | ＋ | ＋ |
| Nae I | ＋ | ＋ | ± |
| Nco I | NT | ＋ | ＋ |
| Nde I | ＋ | ＋ | ＋ |
| Nhe I | ＋ | ＋ | ＋ |
| Not I | ＋ | ＋ | ＋ |
| Nru I | NT | ＋ | ＋ |
| PmaC I | ＋ | ± | － |
| Psp1406 I | ＋ | ＋ | ＋ |
| Pst I | NT | ＋ | ＋ |
| Pvu I | ＋ | ＋ | ± |
| Pvu II | ＋ | ＋ | ＋ |
| RspRS II | ＋ | ＋ | ＋ |
| Sac I | ＋ | ＋ | ＋ |
| Sac II | ＋ | ＋ | ＋ |
| Sal I | ＋ | ± | ± |
| Sau3A I | ± | ± | ± |
| Sca I | － | － | － |
| Sfi I | ＋ | ＋ | ＋ |
| Sma I | ＋ | ＋ | ＋ |
| Smi I | ＋ | ＋ | ＋ |
| SnaB I | ＋ | ＋ | － |
| Spe I | NT | ＋ | ＋ |
| Sph I | － | － | NT |
| Sse8387 I | ＋ | ＋ | ＋ |
| Ssp I | NT | ＋ | ± |
| Stu I | ＋ | ± | ± |
| Taq I | ＋ | ＋ | ＋ |
| Van91 I | ＋ | ＋ | － |
| VpaK11B I | ＋ | ＋ | ＋ |
| Xba I | ＋ | ＋ | ＋ |
| Xho I | ＋ | ＋ | ＋ |
| Xsp I | ＋ | ＋ | ± |
＋：完全に残存 ±：一部残存 －：残存活性なし NT：未試験
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