DNAメチル化解析に利用可能なCpGメチル化感受性制限酵素

制限酵素の中には、そのDNA認識配列中の塩基がメチル化を受けると、メチル化された塩基の種類および位置によってDNAを切断できなくなるものがある。
こういったメチル化感受性制限酵素と、PCRあるいはリアルタイムPCRなどの遺伝子工学的手法を組み合わせることで、エピジェネティクス解析の一つである哺乳類ゲノムのDNAメチル化解析を比較的容易に行うことができる。
下記表には、哺乳類ゲノムのDNAメチル化解析に利用可能なCpGメチル化感受性制限酵素、すなわち、CpG methylase (5mCG) によるメチル化の影響を受けDNA切断ができなくなる制限酵素を記載した。

 CpG methylase (5mCG) によるメチル化の影響を受ける制限酵素
 配列条件によりCpG methylase (5mCG) によるメチル化の影響を受ける制限酵素

大腸菌由来のmethylaseの影響も併記した。
 dam methylase (G6mATC) によるメチル化の影響を受ける制限酵素
 dcm methylase (C5mCWGG) によるメチル化の影響を受ける制限酵素

CpG methylaseの影響を受ける制限酵素
制限酵素名 認識配列 切断されない配列*2 CpG dam dcm 切断されない配列*2
Aat II GACGT/C GA5mCGTC
GACGT5mC(G)



Acc I GT/MKAC GT5mCGAC
GTMKA5mC(G)



Acc II CG/CG 5mCG5mCG
5mCGCG



Afa I GT/AC GTA5mC(G)


Aor13H I T/CCGGA TC5mCGGA


Aor51H I AGC/GCT AG5mCGCT


Apa I GGGCC/C GGGCC5mC(G)
GGGCC5mC(WGG)
ApaL I G/TGCAC GTGCA5mC(G)


Bgl I GCCN4/NGGC GCCN5GG5mC(G)
GGNC5mC(WGG)
BmgT120 I G/GNCC GGNC5mC(G)
GGNC5mC(WGG)
BspT104 I TT/CGAA TT5mCGAA


BssH II G/CGCGC G5mCG5mCGC
G5mCGCGC



Cfr10 I R/CCGGY RC5mCGGY


Cla I AT/CGAT AT5mCGAT
(G)6mATCGAT
ATCG6mAT(C)
Cpo I CG/GWCCG 5mCGGWC5mCG


Eae I Y/GGCCR YGGC5mCG
YGGC5mCA(GG)
Eco52 I C/GGCCG 5mCGGC5mCG
5mCGGCCG
CGGC5mCG



制限酵素名 認識配列 切断されない配列*2 CpG dam dcm 切断されない配列*2
Hae II RGCGC/Y RG5mCGCY


Hap II*1 C/CGG C5mCGG


Hha I GCG/C G5mCGC
GCG5mC(G)



Mlu I A/CGCGT A5mCG5mCGT


Nae I GCC/GGC GC5mCGGC
GCCGG5mC(G)



Nhe I G/CTAGC GCTAG5mC(G)


Not I GC/GGCCGC G5mCGGC5mCGC


Nru I TCG/CGA T5mCG5mCGA
T5mCGCGA

TCGCG6mA(TC)
Nsb I TGC/GCA TG5mCGCA


PmaC I CAC/GTG CA5mCGTG


Psp1406 I AA/CGTT AA5mCGTT


Pvu I CGAT/CG 5mCGAT5mCG


Sac II CCGC/GG C5mCG5mCGG
C5mCGCGG



Sal I G/TCGAC GT5mCGAC


Sau3A I GATC GAT5mC(G)


Sma I CCC/GGG CC5mCGGG


SnaB I TAC/GTA TA5mCGTA


VpaK11B I G/GWCC GGWC5mC(G)
GGWC5mC(WGG)
*1 Hap IIのisoschizomerであるMsp I はCpG methylaseの影響を受けない
*2 ( ) 内の配列は制限酵素認識配列以外の配列を示す

M :A or C
N :A or C or G or T
R :A or G
Y :C or T
W :A or T
S :C or G
H :A or C or T
D :A or G or T
K :G or T

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