DNAメチル化解析に利用可能なCpGメチル化感受性制限酵素

制限酵素の中には、そのDNA認識配列中の塩基がメチル化を受けると、メチル化された塩基の種類および位置によってDNAを切断できなくなるものがある。
こういったメチル化感受性制限酵素と、PCRあるいはリアルタイムPCRなどの遺伝子工学的手法を組み合わせることで、エピジェネティクス解析の一つである哺乳類ゲノムのDNAメチル化解析を比較的容易に行うことができる。
下記表には、哺乳類ゲノムのDNAメチル化解析に利用可能なCpGメチル化感受性制限酵素、すなわち、CpG methylase (5mCG) によるメチル化の影響を受けDNA切断ができなくなる制限酵素を記載した。

■　CpG methylase (5mCG) によるメチル化の影響を受ける制限酵素
■　配列条件によりCpG methylase (5mCG) によるメチル化の影響を受ける制限酵素

大腸菌由来のmethylaseの影響も併記した。
◆　dam methylase (G6mATC) によるメチル化の影響を受ける制限酵素
◆　dcm methylase (C5mCWGG) によるメチル化の影響を受ける制限酵素

CpG methylaseの影響を受ける制限酵素 横にスクロールできます
制限酵素名 認識配列 切断されない配列*2 CpG dam dcm 切断されない配列*2
Aat II GACGT/C GA5mCGTC
GACGT5mC(G)		 ■


Acc I GT/MKAC GT5mCGAC
GTMKA5mC(G)		 ■


Acc II CG/CG 5mCG5mCG
5mCGCG		 ■


Afa I GT/AC GTA5mC(G) ■


Aor13H I T/CCGGA TC5mCGGA ■


Aor51H I AGC/GCT AG5mCGCT ■


Apa I GGGCC/C GGGCC5mC(G) ■
◆ GGGCC5mC(WGG)
ApaL I G/TGCAC GTGCA5mC(G) ■


Bgl I GCCN4/NGGC GCCN5GG5mC(G) ■
◆ GGNC5mC(WGG)
BspT104 I TT/CGAA TT5mCGAA ■


BssH II G/CGCGC G5mCG5mCGC
G5mCGCGC		 ■


Cfr10 I R/CCGGY RC5mCGGY ■


Cla I AT/CGAT AT5mCGAT ■ ◆
(G)6mATCGAT
ATCG6mAT(C)
Cpo I CG/GWCCG 5mCGGWC5mCG ■


Eae I Y/GGCCR YGGC5mCG ■
◆ YGGC5mCA(GG)
Eco52 I C/GGCCG 5mCGGC5mCG
5mCGGCCG
CGGC5mCG		 ■


制限酵素名 認識配列 切断されない配列*2 CpG dam dcm 切断されない配列*2
Hae II RGCGC/Y RG5mCGCY ■


Hap II*1 C/CGG C5mCGG ■


Hha I GCG/C G5mCGC
GCG5mC(G)		 ■


Mlu I A/CGCGT A5mCG5mCGT ■


Nae I GCC/GGC GC5mCGGC
GCCGG5mC(G)		 ■


Nhe I G/CTAGC GCTAG5mC(G) ■


Not I GC/GGCCGC G5mCGGC5mCGC ■


Nru I TCG/CGA T5mCG5mCGA
T5mCGCGA		 ■ ◆
TCGCG6mA(TC)
PmaC I CAC/GTG CA5mCGTG ■


Psp1406 I AA/CGTT AA5mCGTT ■


Pvu I CGAT/CG 5mCGAT5mCG ■


Sac II CCGC/GG C5mCG5mCGG
C5mCGCGG		 ■


Sal I G/TCGAC GT5mCGAC ■


Sau3A I GATC GAT5mC(G) ■


Sma I CCC/GGG CC5mCGGG ■


SnaB I TAC/GTA TA5mCGTA ■


VpaK11B I G/GWCC GGWC5mC(G) ■
◆ GGWC5mC(WGG)
*1 Hap IIのisoschizomerであるMsp I はCpG methylaseの影響を受けない
*2 (　) 内の配列は制限酵素認識配列以外の配列を示す

M ：A or C
N ：A or C or G or T
R ：A or G
Y ：C or T
W ：A or T
S ：C or G
H ：A or C or T
D ：A or G or T
K ：G or T

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