SMARTer ICELL8 3' DE Kit(cxシステム用)

  • ハイスループットなシングルセル解析:1,200~1,500個のシングルセルのシーケンスデータを一度に取得
  • サンプルの柔軟性:一度の実験で最大8種類の異なる細胞サンプルを解析可能
  • mRNA 3'配列の濃縮:mRNA 3'末端由来の配列のみを解析することで遺伝子発現差解析に必要とされるリード数を減らすことが可能
  • Illuminaシーケンシンスライブラリー:Illumina社NGSプラットフォームのシーケンシングに適したライブラリーを作製
メーカー
略称
製品コード TaKaRa
Code
製品名 容量 価格(税別) 特記事項 説明書
データシート
ベクター情報
参考
資料
CLN 640199 WF0218 SMARTer™ ICELL8® cx 3' DE Chip
1 Chip ¥275,000
説明書・データシート・ベクター情報
CLN 640167 WF0149 SMARTer® ICELL8® 3' DE Reagent Kit
1 Kit ¥67,000
説明書・データシート・ベクター情報
CLN 640005 WF0101 SMARTer® ICELL8® 3' DE for UMI Reagent Kit
1 Kit ¥67,000
CLN 640048 WF0128 SMARTer™ ICELL8® Collection Kit
1 Kit ¥4,000
説明書・データシート・ベクター情報
CLN 640197 WF0212 SMARTer™ ICELL8® cx Loading Kit
1 Kit ¥14,000
説明書・データシート・ベクター情報

製品説明

SMART法を用いたシングルセルRNA-seqライブラリー構築と、SMARTer ICELL8システムの細胞分離と細胞選択能力を組み合わせることで、最大8種類のサンプルからのシングルセルの遺伝子差発現解析のためのIlluminaシーケンスライブラリーの調製が行えます。
細胞サンプルの染色および希釈後、SMARTer ICELL8 cxシステムを用いて細胞をSMARTer ICELL8 cx 3' DE Chip上の5,184個のナノウェルに分注します。その後、付属の専用ソフトウエアCellSelect Softwareを使用して、生存しているシングルセルを含むウェルを選択します。解析を行う細胞を選択後、対象となるウェルにRT-PCR試薬を分注し、1回のランでcDNA合成および増幅の両方をチップ内で行います。RT-PCR後、cDNA産物をプール、精製し、transposaseに基づく方法でmRNA 3'末端のcDNAを濃縮した後、イルミナインデックス配列を組み込んだPCR増幅を行いシーケンス用ライブラリーの調製を行います。

3' DE発現解析にUMIを使用する場合とUMIを使用しない場合で必要試薬が異なります。詳細は表1をご覧ください。

表1. 3' DE発現解析にUMIを使用する場合とUMIを使用しない場合の製品選択について
  UMIを使用しない場合 UMIを使用する場合
必要試薬 ・SMARTer ICELL8 cx 3' DE Chip(製品コード 640199)
・SMARTer ICELL8 Collection Kit(製品コード 640048)
・SMARTer ICELL8 cx Loading Kit(製品コード 640197)
・SMARTer ICELL8 3' DE Reagent Kit(製品コード 640167)(逆転写酵素を含む) ・SMARTer ICELL8 3' DE for UMI Reagent Kit(製品コード 640005)(逆転写試薬は含まれず、別途購入が必要)
プロトコル 1Step RT-PCR 2Step RT-PCR
細胞溶解 凍結融解 (-80℃, 30 min)とTriton 凍結融解 (-80℃, 30 min)

細胞調製の条件検討で分注テストを行う際には、各ウェルにpreprinted oligo(dT)プライマーが付加されていないBlank Chipをご利用ください。

内容

SMARTer ICELL8 3' DE Reagent Kit(製品コード 640167)
・Box 1: Control K562 Total RNA (1 μg/μl)
・Box 2: MgCl2 (1 M)
・5X First-Strand Buffer
・SeqAmp PCR Buffer (2X)
・SMARTScribe Reverse Transcriptase (100 U/μl)
・SeqAmp DNA Polymerase
・Triton X-100 (10%)
・SMARTer ICELL8 3' DE Oligo Mix
・DTT (100 mM)
・GC Melt (5 M)
・dNTP Mix (25 mM each)
・Second Diluent (100X)
・ICELL8 Fiducial Mix (1X)
・RNase Inhibitor (40 U/μl)
・Primer P5 (5 μM)
・Nuclease-Free Water

SMARTer ICELL8 3’ DE for UMI Reagent Kit (製品コード 640005)
・Fiducial Mix
・Second Diluent
・Amplification Primer
・RT E5OLIGO
・Nextera Primer P5

SMARTer ICELL8 Collection Kit (製品コード 640048)
・Collection Fixture
・Collection Tube
・Collection Film

SMARTer ICELL8 cx Loading Kit (製品コード 640197)
・Optical Imaging Film
・Sealing Film
・Blotting Paper
・SmartChip Intermediate Film

保存

SMARTer ICELL8 3' DE for UMI Reagent Kit:-20℃
Control K562 RNA:-70℃
その他:室温

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