ICELL8 Full-length transcriptome analysis Kit

  • 高感度なSMART-Seq技術とICELL8システムを組み合わせることで、1,200~1,500個のシングルセルから高品質なscRNA-seq用cDNAライブラリーを作製
  • オンチップでのタグメンテーションとindexの付加により全長トランスクリプトーム解析が可能
  • 調製されたライブラリーにより、シーケンスdepthが低い場合においても多数の転写物および遺伝子を検出
メーカー
略称
製品コード TaKaRa
Code
製品名 容量 価格(税別) 特記事項 説明書
データシート
ベクター情報
参考
資料
CLN 640183 WH0183 ICELL8® 250v Chip
1 Chip ¥98,000
旧Takara Code:WF0200 説明書・データシート・ベクター情報
CLN 640202 WH0202 SMART-Seq® ICELL8® Reagent Kit
1 Kit ¥71,000
旧Takara Code:WF0220 説明書・データシート・ベクター情報
CLN 640203 WH0203 SMART-Seq® ICELL8® Reagent Kit
3 Kit ¥180,000
旧Takara Code:WF0221 説明書・データシート・ベクター情報
CLN 640204 WH0204 SMART-Seq® ICELL8® Reagent Kit
5 Kit ¥265,000
旧Takara Code:WF0222 説明書・データシート・ベクター情報
CLN 640205 WH0205 SMART-Seq® ICELL8® Indexing Primer Set-A
  • 労働安全衛生法
  • 化学物質排出把握管理促進法(PRTR法)
  • 安全データシート(SDS)添付
1 Set ¥180,000
旧Takara Code:WF0223 説明書・データシート・ベクター情報
CLN 640218 WH0218 SMART-Seq® ICELL8® Indexing Primer Set-B
  • 労働安全衛生法
  • 化学物質排出把握管理促進法(PRTR法)
  • 安全データシート(SDS)添付
1 Set ¥180,000
説明書・データシート・ベクター情報
CLN 640212 WH0212 ICELL8® Collection Kit-L
1 Kit ¥5,000
旧Takara Code:WF0128 説明書・データシート・ベクター情報
CLN 640206 WH0206 ICELL8® Loading Kit-B
1 Kit ¥8,000
旧Takara Code:WF0229 説明書・データシート・ベクター情報
CLN 640018 WH0018 MSND 384-well Source Plate and Seals
20個 ¥32,000
旧Takara Code:WF0017
ICELL8システム(旧システム)で解析を行う場合の専用試薬です。
ICELL8 cxシステム用試薬はこちら

製品説明

遺伝子の全長配列を得ることは、遺伝子発現差解析、融合遺伝子解析、選択的スプライシングなどの様々な解析を可能にします。高感度なSMART-Seq技術を利用した専用試薬を用いることで、ICELL8システムで単離した1,200~1,500個のシングルセルからの全長トランスクリプトームのプロファイリングを行うことができます。

ICELL8システムを用いて、5,184個のナノウェルが搭載されたICELL8 Chipに細胞サンプルを分注した後、専用のCellSelectソフトウェアを用いて生きたシングルセルを含むウェルを選択します。選択したウェルのみにRT-PCR試薬を分注した後、ICELL8 ChipをChip Cycler(ICELL8システムに含まれる)に移し、ICELL8 Chip上でOne step RT-PCRによりcDNA合成を行います。cDNA増幅を行った後、全長cDNAはオンチップでTDE1(Illumina社より別途購入が必要)によりタグメンテーションされます。その後、SMART-Seq ICELL8 Indexing Primer Set(製品コード 640205)を使用してForwardおよびReverseのIndexing Primerで標識されたcDNAを増幅します。全長の増幅産物はオフチップにてプールされ、精製されたcDNAを増幅して最終的なシークエンス用ライブラリーを得ることができます。


試薬の購入例
製品名 容量 製品コード 必要数量
For 1 Chip run For 3 Chip run For 5 Chip run
ICELL8 250v Chip 1 Chip 640183 1 3 5
SMART-Seq ICELL8 Reagent Kit*1 1 Kit 640202 1 - -
3 Kit 640203 - 1 -
5 Kit 640204 - - 1
SMART-Seq ICELL8 Indexing Primer Set - A*2 1 Set 640205 1 3 5
ICELL8 Collection Kit 1 Kit 640048 1 3 5
ICELL8 Loading Kit - B 1 Kit 640206 1 3 5
*1 製品コード640202、640203、640204は、それぞれ1枚、3枚、5枚のチップを処理するために必要な試薬が含まれたReagent Kitです。使用するチップの数に合わせてReagent Kitの容量をご選択ください。
*2 cDNAにIlumina社NGSシーケンス用のIndex primerを付与するためのPrimer Setです。1枚のチップに対し1SetのPrimer Setが必要です。
SMART-Seq ICELL8 Indexing Primer Set - B(製品コード 640218)はプライマーのForward/Reverseの組み合わせがSMART-Seq ICELL8 Indexing Primer Set - A(製品コード 640205)とは異なるIndex Primer Setです。640205に加えて使用することで2枚のチップをプールして一度に解析することが可能です。

MSND 384-well Source Plate and Sealsは細胞懸濁液の分注に用いるソースプレートとシールのセットです。
K562細胞を用いたシングルセル全長RNA-Seq解析例
Gene body カバレッジの評価
図1.Gene bodyカバレッジの評価

ヒトゲノムにコードされた遺伝子の長さをノーマライズし、2個のK562細胞に関してカバー率を算出した。X軸が遺伝子中の相対位置(1~100%にノーマライズ)を表し、Y軸が各位置でのカバー率を表す。カバー率は最大値が1となるようにノーマライズされている。5'から3'(1~100%)にかけて偏りはみられず、遺伝子全体を均一にカバーできていることが確認された。

取得リード数と検出トランススクリプト数との関係
図2.取得リード数と検出トランススクリプト数との関係

異なるK562細胞に関して、取得リード数を変化させた場合の検出トランスクリプト数を示す。

シングルセルから得られた解析データのマッピング結果およびその分布
図3.シングルセルから得られた解析データのマッピング結果およびその分布

ヒトゲノムのExon(オレンジ)、Intron(青色)、またはIntergenic領域(灰色)にマップされたリードの割合(%)をヒストグラムに表した。ヒストグラム上に示した濃い青色の線は、各セルにおいてRPKM値>0.1で検出されたトランスクリプトの数を表す。各ヒストグラムの下部に示された数字は、データが得られたシングルセルを含むウェルのICELL8 Chip上での対応する位置を示す。各シングルセルについて、安定したマッピングを得られたことが確認された。また、検出されたトランスクリプトの数に差が見られ、シングルセル間の発現の差を捉えることができている。

内容

SMART-Seq ICELL8 Reagent Kit(製品コード 640202、640203、640204)
Box 1:Control K-562 RNA (1 μg/μl)
Box 2:ICELL8 Fiducial Mix (1X)
Second Diluent (100X)
RNase Inhibitor (40 U/μl)
SMART-Seq ICELL8 CDS (100 μM)
SMART-Seq ICELL8 Oligonucleotide (100 μM)
SMART-Seq ICELL8 RT-PCR Buffer
SMARTScribe Reverse Transcriptase (200 U/μl)
Terra PCR Direct Polymerase Mix (1.25 U/μl)
TRH (200 U/μl)
MgCl2
SeqAmp CB PCR Buffer (2X)
5X Primer Mix
Elution Buffer (10 mM)

SMART-Seq ICELL8 Indexing Primer Set-A(製品コード 640205)
Box 1:Plate 1 (SMART-Seq ICELL8 Forward Indexing Primer Set 1-72; ST1849)
Box 2:Plate 2 (SMART-Seq ICELL8 Reverse Indexing Primer Set 1-72; ST1850)

SMART-Seq ICELL8 Indexing Primer Set-B(製品コード 640218)
Box 1:Plate 1 (SMART-Seq ICELL8 Forward Indexing Primer Set 1-72; ST1849)
Box 2:Plate 2 (SMART-Seq ICELL8 Reverse Indexing Primer Set 73-144; ST2044)

ICELL8 Collection Kit(製品コード 640048)
Collection Fixture
Collection Tube
Collection Film

ICELL8 Loading Kit B(製品コード 640206)
Optical Imaging Film
RC Film
Blotting Paper

MSND 384-well Source Plate and Seals(製品コード 640018)
2 packs 384-Well Source Plate Seals (10 per pack)
1 pack 384-Well Source Plate (20 per pack)

保存

Control K-562 RNA:-70℃
SMART-Seq ICELL8 Indexing Primer Set -A/-B:-70℃
ICELL8 Collection Kit:室温
ICELL8 Loading Kit B:室温
その他:-20℃

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