遺伝子操作でよく利用される大腸菌(K-12由来株)の遺伝子型

Strain Genotype
BB4 supF58, supE44, hsdR514, galK2, galT22, trpR55, metB1, tonA, ΔlacU169/F'[proAB+, lac Iq, lacZΔM15Tn10(tetr)]
BL21(DE3)*1 F, ompT, hsdSB(rB mB), gal(λcI 857, ind1, Sam7, nin5, lacUV5-T7gene1), dcm(DE3) (B株由来)
BM25.5 F, λimm434kanr,(P1), cmr, rK- mK+, tetr
BMH71-18mutS Δ(lac-proAB), supE, thi, mutS215::Tn10 (tetr)/F'(traD36, proAB+, lac Iq, lacZΔM15)
BW313 HfrKL16PO/45[lys(61-62)/dut1, ung1, thi-1, relA1]
C-la A wild type strain(C strain)
C600 supE44, hsdR, thi-1, thr-1, leuB6, lacY1, tonA21
CJ236 dut1, ung1, thi-1, relA1/pCJ105(F'camr)
DH1 supE44, hsdR17, recA1, endA1, gyrA96, thi-1, relA1
DH5 supE44, hsdR17, recA1, endA1, gyrA96, thi-1, relA1
DH5α F, Φ80d lacZΔM15, Δ(lacZYA-argF)U169, deoR, recA1, endA1, hsdR17(rK- mK+), phoA, supE44, λ, thi-1, gyrA96, relA1
DH10B F, mcrA, Δ(mrr-hsdRMS-mcrBC), Φ80dlacZΔM15, ΔlacX74, deoR, recA1, araD139, Δ(ara leu)7697, galU, galK, λ-, rpsL, endA1,nupG
DP50supF supE44, supF58, hsdS3(rB- mB-), dapD8, lacY1, glnV44, Δ(gal-uvrB)47, tyrT58, gyrA29, tonA53, Δ(thyA57)
ED8654 supE, supF, hsdR, metB, lacY, gal, trpR
ED8767 supE44, supF58, hsdS3(rB mB), recA56, galK2, galT22, metB1
ER1647 F, trp-31, his-1, rpsL104(strr), fhuA2, Δ(lacX)r1, supE44, xyl-7, mtl-2, metB1, recD1014, mcrA1272::Tn10, Δ(mcrB, hsdRMS, mrr)102::Tn10(tetr)
HB101 F-, hsdS20(rB-, mB-), recA13, ara-14, proA2, lacY1, galK2, rpsL20 (str), xyl-5, mtl-1, supE44, leuB6, thi-1
HMS174*1 F, recA1, hsdR, RifR
HST02 F' [traD36, proA+B+, lacIq, lacZΔM15]/Δ(lac-proAB), recA, endA, gyrA96, thi, e14-(mcrA-), supE44, relA, ΔdeoR, Δ(mrr-hsdRMS-mcrBC)
HST04 dam/dcm F, ara, Δ(lac-proAB)[Φ80dlacZΔM15], rpsL(str), thi, Δ(mrr-hsdRMS-mcrBC), ΔmcrA, dam, dcm
HST08 Premium F, endA1, supE44, thi-1, recA1, relA1, gyrA96, phoA, Φ80dlacZΔM15, Δ(lacZYA-argF)U169, Δ(mrr-hsdRMS-mcrBC), ΔmcrA
JM83 F, ara, Δ(lac-proAB), rpsL(Φ80 lacZΔM15)
JM101 supE, thi, Δ(lac-proAB)/F'[traD36, proAB+, lac Iq, lacZΔM15]
JM105 endA1, supE, sbcB15, thi, rpsL, Δ(lac-proAB)/F'[traD36, proAB+, lac Iq, lacZΔM15]
JM106 F, endA1, gyrA96, thi, hsdR17, supE44, relA1, Δ(lac-proAB)
JM107 endA1, gyrA96, thi, hsdR17, supE44, relA1, Δ(lac-proAB)/F'[traD36, proAB+, lac Iq, lacZΔM15]
JM108 F, recA1, endA1, gyrA96, thi, hsdR17, supE44, relA1, Δ(lac-proAB)
JM109 recA1, endA1, gyrA96, thi, hsdR17(rK- mK+), e14- (mcrA), supE44, relA1, Δ (lac-proAB)/F'[traD36, proAB+, lac Iq, lacZΔM15]
JM110 dam, dcm, supE44, hsdR17, thi, leu, rpsL1, lacY, galK, galT, ara, tonA, thr, tsx, Δ(lac-proAB)/F'[traD36, proAB+, lac Iq, lacZΔM15]
K802 F, lacY1 or Δ(lac Iq-Y )6(lac-3), supE44, galK2, galT22, mcrA, rfbD, metB1, mcrB1, hsdR2
K803 F, lacY1 or Δ(lac Iq-Y )6(lac-3), supE44, galK2, galT22, mcrA, rfbD, metB1, mcrB1, hsdR3
LE392 supE44, supF58, hsdR514, galK2,galT22, metB1, trpR55, lacY1
MC1061 hsdR, mcrB, araD139, Δ(araABC-leu)7679, ΔlacX74, galU, galK, rpsL, thi
MV1184 ara, Δ(lac-proAB), rpsL, thi, (Φ80 lacZΔM15), Δ(srl-recA)306::Tn10(tetr)/F'[traD36, proAB+, lac Iq, lacZΔM15]
MV1193 Δ(lac-proAB), rpsL, thi, endA1, sbcB15, hsdR4, Δ(srl-recA)306::Tn10(tetr)/F'[traD36, proAB+, lac Iq, lacZΔM15]
NovaBlue*1 endA1, hsdR17, (rK- mK+), supE44, thi-1, gyrA96, relA1, lac, recA1/F', [proAB+, lac Iq Z ΔM15, Tn10(tetr)]
RR1 supE44, hsdS20, ara-14, proA2, lacY1, galK2, rpsL20, xyl-5, mtl-1
TAP90 supE44, supF58, hsdR, pro, leuB, thi-1, rpsL, lacY1, tonA1, recD1903::mini-tet
TG1 supE, hsdΔ5, thi, Δ(lac-proAB)/F'〔traD36, proAB+, lac Iq, lacZΔM15〕
TG2 supE, hsdΔ5, thi, Δ(lac-proAB)Δ(srl-recA)306::Tn10(tetr)/F'〔traD36, proAB+, lac Iq, lacZΔM15〕
TH2 supE44, hsdS20(rB- mB), recA13, ara-14, proA2, lacY1, galK2, rpsL20, xyl-5, mtl-1, thi-1, trpR624
XL1-Blue hsdR17, supE44, recA1, endA1, gyrA46, thi, relA1, lac/F' 〔proAB+, lac Iq, lacZΔM15:: Tn10(tetr)〕
χ1776 F, thuA53, dapD8, minA1, minB2, rfb-2, glnV44(supE44), Δ(gal-uvrB)47, tyrA142, gyrA29, oms-2, metC65, osm-1(tte-1), Δ(bioH-asd)29, cycA1, cycB2, hsdR2
Y-1088 F, ΔlacU169, supE, supF, hsdR, metB, trpR, fhuA21, proC::Tn5/pMC9*2
Y-1089 F, ΔlacU169, lon-100, araD139, rpsL, hflA150[chr::Tn10/pMC9*2]
Y-1090 F, ΔlacU169, lon-100, araD139, rpsL, supF, mcrA, trpC22::Tn10/pMC9*2

太字は、TaKaRaでコンピテントセル、エレクトロセルとして販売している菌株
*1 メルク社(Novagen)でコンピテントセルとして販売している菌株
*2 pMC9 is pBR322 with lac Iq inserted.

遺伝子操作によく使用される大腸菌遺伝子記号

1)制限修飾系およびメチレーション系遺伝子
damGATC配列中AdenineのN-6位メチル化能欠損
制限酵素認識配列中および近傍にGATC配列が存在し、メチル化により影響を受ける酵素の場合にはdam-株を使用する(メチル化の影響の項参照)。
dcmCCWGG配列中2番目Cytosineの5位メチル化能欠損
制限酵素認識配列中および近傍にCCWGG配列が存在し、メチル化により影響を受ける酵素の場合にはdcm-株を使用する(メチル化の影響の項参照)。
hsd (R-M-S)EcoK制限修飾系遺伝子;hsdR:制限系欠損、hsdS:制限修飾系欠損
mcrA5'-meCpG配列の制限欠損
mcrB、C5'-GpmeC配列の制限欠損
mrrメチル化Adenineによる制限系欠損;damおよびEcoKによるメチル化塩基には関与しない。
Δ(mcrC-mrr)はmcrC-merB-hsdS-hsdM-hsdR-mrrの6遺伝子を欠損している。
hsd(R-M-S)、mcrA、BC、mrr株は、メチル化DNA(genomic、cDNA)のクローニングに使用される。

2) 相同組換え系遺伝子

recA相同組換え能欠損
recBCExonuclease V活性および相同組換え能欠損
recDExonuclease V活性欠損。ただし相同組換え能には影響しない。
recF、J相同組換え能減少
sbcB、CExonuclease I 活性欠損
recA以外のrec、sbc系遺伝子は、ゲノムクローニング等、invert repeat、tandem repeatを多く含むDNAのクローニング用宿主として利用される。

3)ラクトース系遺伝子

lac Iqlac repressorの過剰生産 (プロモーター変異)
lacZβ-ガラクトシダーゼ欠損
lacZΔM15は、β-ガラクトシダーゼのC末端フラグメント(ω-fragment)をコードしているが、 そのままでは活性がなく、種々ベクターにコードされるlacα-fragmentの共存下でβ-ガラクトシダーゼ活性が回復し、X-Galでのカラーセレクションが可能となる。
lac YLactose permease欠損
ΔU169、ΔX111、ΔX74は、lac operonが完全に欠失している。

4)その他よく利用される遺伝子

dutdUTPase活性欠損
ungUracil N-glycosilase活性欠損;dut、ung株は、Kunkel法による部位特異的変異処理に 用いられる。
endAEndonuclease I活性欠損
lonATP dependent protease活性欠損;異常タンパク質の分解に関与するため、 異種タンパク質を発現する際の宿主にlon株が用いられる。
ompTmembrane-associated protease活性欠損;発現異種タンパク質の精製時分解に関与
hflAλファージ溶原化頻度の上昇;λgt10を用いたクローニングの宿主に用いられる。
supEAmber(UAG)suppressor tRNA(glutamine);suppressor要求性 λファージ増殖用宿主等に用いられる。
supFAmber(UAG)suppressor tRNA(tyrosine);suppressor要求性λファージ増殖用 (Sam7、Sam100のlytic growth)宿主等に用いられる。
Tn5Transposon5:カナマイシン耐性
Tn10Transposon10:テトラサイクリン耐性
F接合伝達因子;M13ファージ感染に必須。
F'〔traD36、proAB+lac IqlacZΔM15〕は、大腸菌ゲノムの一部(proAB+lac IqlacZΔM15)をもち、接合伝達能の著しく低下(traD36)した性質を有するFプラスミドであることを示す。
(P1)P1ファージ溶原化株:P1制限修飾系、P1 dam+は通常発現している。
(P2)P2ファージ溶原化株:λ red+dam+の増殖制限(Spi-selection)
rpsLリボソームタンパク質の変異に由来したストレプトマイシン耐性

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