total RNA 100 ng~1 μgからイルミナ社NGS用ライブラリーを迅速に調製

SMARTer® Stranded Total RNA Sample Prep Kit - HI Mammalian

  • イルミナ社次世代シーケンサー用の方向性情報を持ったライブラリー調製キット
  • 対象生物種はヒト、マウス、ラット、Input total RNA量は100 ng~1 μg
  • RIN(RNA Integrity Number)値3~10のRNAから高品質で信頼性の高いデータを取得
  • 95%以上の割合で方向性情報を正確に維持
  • 5時間の迅速プロトコールで、最大96インデックスの設定が可能
  • リボゾームRNA除去からライブラリー調製まで
メーカー
略称
製品コード TaKaRa
Code
製品名 容量 価格(税別) 特記事項 説明書
データシート
ベクター情報
参考
資料
CLN 634873 Z4873N SMARTer® Stranded Total RNA Sample Prep Kit - HI Mammalian
  • ライセンス
12回 ¥280,000
説明書・データシート・ベクター情報
CLN 634874 Z4874N SMARTer® Stranded Total RNA Sample Prep Kit - HI Mammalian
  • ライセンス
24回 ¥480,000
説明書・データシート・ベクター情報
CLN 634875 Z4875N SMARTer® Stranded Total RNA Sample Prep Kit - HI Mammalian
  • ライセンス
48回 ¥820,000
説明書・データシート・ベクター情報
CLN 634876 Z4876N SMARTer® Stranded Total RNA Sample Prep Kit - HI Mammalian
  • ライセンス
96回 ¥1,400,000
説明書・データシート・ベクター情報
CLN 634877 Z4877N SMARTer® Stranded Total RNA Sample Prep Kit - HI Mammalian
  • ライセンス
192回 ¥2,300,000
説明書・データシート・ベクター情報
CLN 634878 Z4878N SMARTer® Stranded Total RNA Sample Prep Kit - HI Mammalian
  • ライセンス
480回 ¥4,600,000
説明書・データシート・ベクター情報

製品説明

SMARTer Stranded Total RNA Sample Prep Kit - HI Mammalianは、100 ng~1 μgのヒト、マウス、ラットのtotal RNAからインデックスを付加したイルミナ社シーケンサー用ライブラリーを迅速に調製するキットである。RiboGone技術とSMART技術を組み合わせた一連の操作により、約5時間でリボソームRNA(rRNA)除去とstrand-specific RNA-Seqライブラリーの調製を行うことができる。
RiboGone技術により、ライブラリー調製前にtotal RNAの90%近くを占めているrRNAを効果的に除去することで、シーケンスコストを下げ、マッピングの精度(mapping statistics)を上げることができる。連続したSMART技術によって、strand情報を維持しながら、逆転写反応、PCR増幅と同時にインデックス配列を付加することができ、ライブラリー調製の手間を大幅に軽減できる。
本製品には12種類のReverseプライマーと8種類までのForwardプライマーが含まれていてハイスループット解析にも対応でき、最大96インデックスが設定可能である。
なお、インプットRNA量が少ない場合(100 pg~100 ng)は、SMARTer Stranded Total RNA Sample Prep Kit - Low Input Mammalianの使用を推奨する。

製品に含まれるForwardプライマーの数はキットによって異なる。
12回用(製品コード 634873)、24回用(製品コード 634874)には1種類、48回用(製品コード 634875)には4種類、96回用(製品コード 634876)、192回用(製品コード 634877)、480回用(製品コード 634878)には8種類のForwardプライマーが含まれている。
実験フローチャート
図1.実験フローチャート
A:RiboGone技術によりtotal RNAからrRNAを除去
B:SMART技術により両末端に付加配列を持つ1st-strand cDNAを合成
C:PCRにより5'-、3'-両末端にIlluminaインデックス配列を持つRNA-Seqライブラリーを作製


表1.RIN値が異なるRNAから調製したライブラリーの評価
RIN値が異なるRNAから調製したライブラリーの評価
化学的にRIN 3またはRIN 7まで剪断したマウス肝臓RNAから本キットを用いてライブラリーを調製し、マッピングを行った。解析データはrRNA、exon領域、intron領域、intergenic領域にマッピングされたリード数の比率(%)で示した。また、Picard解析により正しいstrandを同定した。


データの再現性
図2.データの再現性
各100 ngの Human Universal Reference RNA(HURR;Agilent)2サンプルよりRNA-seqライブラリーを調製し、各ライブラリーのFPKMs(Fragments Per Kilobase Of Exon Per Million Fragments Mapped)の相関性を調べた。


表2.Reference RNAのアライメント
Reference RNAのアライメント
Human Universal Reference RNA(HURR;Agilent)、およびHuman Brain Reference RNA(HBRR;Ambion)各400 ngにERCC Spike-In RNAを添加してライブラリーを作製し、アライメントを行った。アライメントデータはrRNA、exon領域、intron領域、intergenic領域にマッピングされたリード数の比率(%)で示した。また、Picard解析により正しいstrandを同定した。


RINが異なるRNA間の相関性テスト
図3.RINが異なるRNA間の相関性テスト
化学的にRIN 3またはRIN 7まで剪断したマウス肝臓RNA各1 μgからライブラリーを調製し、各ライブラリーのFPKMs(Fragments Per Kilobase Of Exon Per Million Fragments Mapped)の相関性を調べた。


RNA-seqデータとMAQCデータの相関性
図4.RNA-seqデータとMAQCデータの相関性
SMARTer Stranded Total RNA Sample Prep Kit - HI Mammalianを用いて各400 ng のHuman Universal Reference RNA(HURR)、およびHuman Brain Reference RNA(HBRR)からライブラリーを作製し、同じreference RNAを使用したMAQC(MicroArray Quality Control)qPCRデータとの相関性を調べた。


RNA-seqデータのダイナミックレンジと直線性
図5.RNA-seqデータのダイナミックレンジと直線性
Human Brain Reference RNA(HBRR)にERCC Spike-In RNA MIX2を添加してライブラリーを作製した。ERCC濃度と発現解析結果(FPKM)は高い相関性を示した。

内容

Package 1
  ・Control Mouse Liver Total RNA(1 μg/μl)
  ・SMARTer Stranded Oligonucleotide(12 μM)

Package 2
  ・10X Total RNA Hyb Buffer
  ・RNase Inhibitor(40 U/μl)
  ・RNase H
  ・10X RNase H Buffer
  ・DNase I(5 U/μl)
  ・Nuclease-Free Water
  ・10X Total RNA First-Strand Buffer
  ・PrimeScript Reverse Transcriptase(200 U/μl)
  ・Stranded Elution Buffer

SeqAmp DNA Polymerase(製品コード 638504、または638509)
  ・SeqAmp DNA Polymerase
  ・SeqAmp PCR Buffer (2X)

Indexing Primer Set HT for Illumina
Indexing Primer Set HT for Illumina-12
  ・Forward PCR Primer HT Index 2(F2;12.5 μM)
  ・Reverse PCR Primer HT Index 1~12(R1~R12;12.5 μM)
     ・・・ 12回用(製品コード 634873)、24回用(製品コード 634874)に添付

Indexing Primer Set HT for Illumina - 48 A
  ・Forward PCR Primer HT Index 1~4(F1~4;12.5 μM)
  ・Reverse PCR Primer HT Index 1~12(R1~R12;12.5 μM)
     ・・・ 48回用(製品コード 634875)に添付

Indexing Primer Set HT for Illumina
  ・Forward PCR Primer HT Index 1~8(F1~8;12.5 μM)
  ・Reverse PCR Primer HT Index 1~12(R1~R12;12.5 μM)
     ・・・ 96回用(製品コード 634876)、192回用(製品コード 634877)、480回用(製品コード 634878)に添付

保存

SMARTer Stranded Total RNA Sample Prep Kit - HI Mammalian
  Package 1:-70℃
  Package 2:-20℃
Indexing Primer Set HT for Illumina:-20℃
2X SeqAmp DNA Polymerase:-20℃

この製品を見た人は、こんな製品も見ています。

注意事項
  • 弊社の取扱い製品はすべて研究用として販売しております。ヒト、動物への医療、臨床診断用には使用しないようご注意ください。また、食品、化粧品、家庭用品等として使用しないでください。
  • タカラバイオの承認を得ずに製品の再販・譲渡、再販・譲渡のための改変、商用製品の製造に使用することは禁止されています。
  • タカラバイオ製品に関連するライセンス・パテントについては、ライセンスマークをクリックして内容をご確認ください。
    また、他メーカーの製品に関するライセンス・パテントについては、各メーカーのウェブサイトまたはメーカー発行のカタログ等でご確認ください。
  • ウェブサイトに掲載している会社名および商品名などは、各社の商号、または登録済みもしくは未登録の商標であり、これらは各所有者に帰属します。

▲このページのトップへ