cfDNA解析用のライブラリー調製キット

SMARTer® ThruPLEX® Plasma-Seq Kit

  • 1~30 ngのセルフリーDNAに最適化されたイルミナ社NGS用ライブラリー作製キット
  • 1チューブ、2時間の調製時間、3 stepの迅速でシンプルなワークフロー
  • 高範囲に再現性の高いGCカバー率のNGS用ライブラリー作製
  • Beckman FXP Workstation(オートメーション)に対応可能

初めてお使いになる方には、お試し価格でご提供いたします。
お気軽に弊社営業担当、もしくは弊社試薬販売店までお問い合わせください。 対象品リストはこちら
メーカー
略称
製品コード TaKaRa
Code
製品名 容量 価格(税別)
キャンペーン価格
特記事項 説明書
データシート
ベクター情報
参考
資料
CLN R400679 RB4679 SMARTer® ThruPLEX® Plasma-Seq Kit
  • NGS関連 -DNAシーケンス編-
  • ライセンス
24回 ¥116,000
¥92,800
2019/11/25~
2020/03/31

説明書・データシート・ベクター情報
CLN R400680 RB4680 SMARTer® ThruPLEX® Plasma-Seq Kit
  • NGS関連 -DNAシーケンス編-
  • ライセンス
48回 ¥220,000
¥176,000
2019/11/25~
2020/03/31

説明書・データシート・ベクター情報
CLN R400681 RB4681 SMARTer® ThruPLEX® Plasma-Seq Kit
  • NGS関連 -DNAシーケンス編-
  • ライセンス
96回 ¥385,000
¥308,000
2019/11/25~
2020/03/31

説明書・データシート・ベクター情報
CLN R400682 RB4682 SMARTer® ThruPLEX® Plasma-Seq Kit
  • NGS関連 -DNAシーケンス編-
  • ライセンス
480回 ¥1,830,000
¥1,464,000
2019/11/25~
2020/03/31

説明書・データシート・ベクター情報

※色文字での表示は、キャンペーン価格およびそのキャンペーン期間です。

※ 製品名に付いている「SMARTer」は削除される予定ですが、製品コード、価格、仕様等については変更ありません。
プロトコール:採血・血漿の調製方法
プロトコール:SureSelect XTとの組合せ
プロトコール:SeqCap EZとの組合せ

製品説明

SMARTer ThruPLEX Plasma-Seq Kit
SMARTer ThruPLEX Plasma-Seq Kitは、血漿由来のセルフリーDNAからThruPLEX技術を用いてNGS用ライブラリーを作製するキットである。エンドリペアとライゲーションの反応条件の改良により、血漿サンプルDNAのGC特性を保持し、多様性の高いライブラリー作製できるように最適化されている。さらに、作製されたライブラリーは、全ゲノムシーケンスに利用できるだけでなく、Agilent SureSelect、Roche NimbleGen SeqCap EZ、IDT xGen Lockdown Probesなどの主要なTarget Enrichmentプラットフォームにも利用できる。
本キットには、インデックスが含まれていないため、SMARTer DNA Index Kitを別途購入する必要がある。
SMARTer ThruPLEX Plasma-Seq Kitの1チューブワークフロー
図1.SMARTer ThruPLEX Plasma-Seq Kitの1チューブワークフロー

SMARTer ThruPLEX Plasma-Seq Kitは、エンドリペア、アダプターライゲーション、ライブラリー増幅の3ステップで構成されており、1~30 ngセルフリーDNAからインデックスが付加されたライブラリーを調製できる。全操作は1チューブ内で行えるため、サンプルロスを防ぎ、約2時間でライブラリー作製が完了する。

SMARTer ThruPLEX Plasma-Seq Kitのテクノロジー SMARTer ThruPLEX Plasma-Seq
図2.SMARTer ThruPLEX Plasma-Seq Kitのテクノロジー
Step 1:セルフリーDNA(1~30 ng)のエンドリペア
Step 2:Stem-LoopアダプターのBlunt-endライゲーション
Stem-Loopアダプターは5’末端がブロックされており一本鎖部分がないためアダプター同士のアニーリングやライゲーションは起こらず、バックグラウンドを抑えることができる。
Step 3:ライブラリー増幅
ライゲーション後にStem-Loopアダプターを切断することによってバックグラウンドを抑え、正確性の高いライブラリー増幅を行うことができる。
セルフリーDNAのライブラリー多様性、duplicateの割合、非マップリードの比較 SMARTer ThruPLEX Plasma-Seq
図3.セルフリーDNAのライブラリー多様性、duplicateの割合、非マップリードの比較

SMARTer ThruPLEX Plasma-Seq Kitでは、ライブラリーの多様性が高く、duplicateの割合やマップされないリードが非常に低いライブラリー作製ができる。血漿由来のセルフリーDNAを図に示す量を使用してライブラリーを作製した。Illumina NextSeq 500で1ライブラリー当り17~25Mリードを取得した。Duplicateの割合は1ライブラリー当り、17Mリードで算出した。

Target Enrichmentシステムと組み合わせたパフォーマンス
図4.Target Enrichmentシステムと組み合わせたパフォーマンス

5 ng、6.5 ng、10 ngのセルフリーDNAから本キットで作製されたライブラリーを、ClearSeq SS XT2 DNA Kinome(Agilent社)を用いてターゲット領域を濃縮後、Illumina MiSeqでシーケンスした。各ライブラリーから平均5Mリードが得られた。
30xカバレッジにおいても、平均77%の塩基カバー率が得られた。

高い再現性とバイアスの低いGCカバー率 SMARTer ThruPLEX Plasma-Seq
図5.高い再現性とバイアスの低いGCカバー率

SMARTer ThruPLEX Plasma-Seq Kitでは、ヒトゲノム全体で再現性が良く、バイアスの低いGCカバー率のデータが得られた。本キットで得られたライブラリーでは、9種の血漿サンプル間で、変動は最少であった。ライブラリーは、1 ml血漿から精製されたセルフリーDNAから作製され、Illumina NextSeq 500でシーケンスした。但し、B社は4種の血漿サンプルからライブラリーを作製した。

内容

Template Preparation P Buffer
Template Preparation P Enzyme
Library Synthesis P Buffer
Library Synthesis P Enzyme
Library Amplification P Buffer
Library Amplification Enzyme
Nuclease-Free Water

保存

-20℃

本製品以外に必要な試薬等

  • PCR サーマルサイクラー (リアルタイムPCR用も可)
  • 遠心機
  • 96 well PCR プレートまたは PCRチューブ
  • 1.5 ml 低吸着マイクロチューブ(USA Scientific社, Code 1415-2600)
  • PCRプレートシール
  • シングルチャンネルピペット:10 μl、20 μl、200 μl
  • 8連チャンネルピペット: 20 μl、200 μl
  • フィルターピペットチップ:10 μl、20 μl、200 μl
  • TE buffer (10 mM Tris-HCl (pH 8.0)、0.1 mM EDTA)
  • 80% (v/v) エタノール(用時調製)
  • Magnetic Separator
  • Agencourt AMPure XP (Beckman Coulter社, Code A63880)

この製品を見た人は、こんな製品も見ています。

注意事項
  • 弊社の取扱い製品はすべて研究用として販売しております。ヒト、動物への医療、臨床診断用には使用しないようご注意ください。また、食品、化粧品、家庭用品等として使用しないでください。
  • タカラバイオの承認を得ずに製品の再販・譲渡、再販・譲渡のための改変、商用製品の製造に使用することは禁止されています。
  • タカラバイオ製品に関連するライセンス・パテントについては、ライセンスマークをクリックして内容をご確認ください。
    また、他メーカーの製品に関するライセンス・パテントについては、各メーカーのウェブサイトまたはメーカー発行のカタログ等でご確認ください。
  • ウェブサイトに掲載している会社名および商品名などは、各社の商号、または登録済みもしくは未登録の商標であり、これらは各所有者に帰属します。

▲このページのトップへ