製品名 | 容量 | 製品コード | 必要数量 | ||
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For 1 Chip run | For 3 Chip run | For 5 Chip run | |||
ICELL8 250v Chip | 1 Chip | 640183 | 1 | 3 | 5 |
SMART-Seq ICELL8 Reagent Kit*1 | 1 Kit | 640202 | 1 | - | - |
3 Kit | 640203 | - | 1 | - | |
5 Kit | 640204 | - | - | 1 | |
SMART-Seq ICELL8 Indexing Primer Set - A*2 | 1 Set | 640205 | 1 | 3 | 5 |
ICELL8 Collection Kit | 1 Kit | 640048 | 1 | 3 | 5 |
ICELL8 Loading Kit - B | 1 Kit | 640206 | 1 | 3 | 5 |
ヒトゲノムにコードされた遺伝子の長さをノーマライズし、2個のK562細胞に関してカバー率を算出した。X軸が遺伝子中の相対位置(1~100%にノーマライズ)を表し、Y軸が各位置でのカバー率を表す。カバー率は最大値が1となるようにノーマライズされている。5'から3'(1~100%)にかけて偏りはみられず、遺伝子全体を均一にカバーできていることが確認された。
異なるK562細胞に関して、取得リード数を変化させた場合の検出トランスクリプト数を示す。
ヒトゲノムのExon(オレンジ)、Intron(青色)、またはIntergenic領域(灰色)にマップされたリードの割合(%)をヒストグラムに表した。ヒストグラム上に示した濃い青色の線は、各セルにおいてRPKM値>0.1で検出されたトランスクリプトの数を表す。各ヒストグラムの下部に示された数字は、データが得られたシングルセルを含むウェルのICELL8 Chip上での対応する位置を示す。各シングルセルについて、安定したマッピングを得られたことが確認された。また、検出されたトランスクリプトの数に差が見られ、シングルセル間の発現の差を捉えることができている。
Box 1: | Control K-562 RNA (1 μg/μl) |
Box 2: | ICELL8 Fiducial Mix (1X) Second Diluent (100X) RNase Inhibitor (40 U/μl) SMART-Seq ICELL8 CDS (100 μM) SMART-Seq ICELL8 Oligonucleotide (100 μM) SMART-Seq ICELL8 RT-PCR Buffer SMARTScribe Reverse Transcriptase (200 U/μl) Terra PCR Direct Polymerase Mix (1.25 U/μl) TRH (200 U/μl) MgCl2 SeqAmp CB PCR Buffer (2X) 5X Primer Mix Elution Buffer (10 mM) |