SMARTer ICELL8システム（旧システム）で解析を行う場合の専用試薬です。
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遺伝子の全長配列を得ることは、遺伝子発現差解析、融合遺伝子解析、選択的スプライシングなどの様々な解析を可能にします。高感度なSMART-Seq技術を利用した専用試薬を用いることで、SMARTer ICELL8システムで単離した1,200～1,500個のシングルセルからの全長トランスクリプトームのプロファイリングを行うことができます。

SMARTer ICELL8システムを用いて、5,184個のナノウェルが搭載されたICELL8 Chipに細胞サンプルを分注した後、専用のCellSelectソフトウェアを用いて生きたシングルセルを含むウェルを選択します。選択したウェルのみにRT-PCR試薬を分注した後、ICELL8 ChipをChip Cycler（SMARTer ICELL8システムに含まれる）に移し、ICELL8 Chip上でOne step RT-PCRによりcDNA合成を行います。cDNA増幅を行った後、全長cDNAはオンチップでTDE1（Illumina社より別途購入が必要）によりタグメンテーションされます。その後、SMART-Seq ICELL8 Indexing Primer Set（製品コード 640205）を使用してForwardおよびReverseのIndexing Primerで標識されたcDNAを増幅します。全長の増幅産物はオフチップにてプールされ、精製されたcDNAを増幅して最終的なシークエンス用ライブラリーを得ることができます。

試薬の購入例

製品名	容量	製品コード	必要数量
			For 1 Chip run	For 3 Chip run	For 5 Chip run
SMARTer ICELL8 250v Chip	1 Chip	640183	1	3	5
SMART-Seq ICELL8 Reagent Kit＊1	1 Kit	640202	1	-	-
	3 Kit	640203	-	1	-
	5 Kit	640204	-	-	1
SMART-Seq ICELL8 Indexing Primer Set - A＊2	1 Set	640205	1	3	5
SMARTer ICELL8 Collection Kit	1 Kit	640048	1	3	5
SMARTer ICELL8 Loading Kit - B	1 Kit	640206	1	3	5

MSND 384-well Source Plate and Sealsは細胞懸濁液の分注に用いるソースプレートとシールのセットです。

K562細胞を用いたシングルセル全長RNA-Seq解析例

ヒトゲノムにコードされた遺伝子の長さをノーマライズし、2個のK562細胞に関してカバー率を算出した。X軸が遺伝子中の相対位置（1～100％にノーマライズ）を表し、Y軸が各位置でのカバー率を表す。カバー率は最大値が1となるようにノーマライズされている。5'から3'（1～100％）にかけて偏りはみられず、遺伝子全体を均一にカバーできていることが確認された。

異なるK562細胞に関して、取得リード数を変化させた場合の検出トランスクリプト数を示す。

ヒトゲノムのExon（オレンジ）、Intron（青色）、またはIntergenic領域（灰色）にマップされたリードの割合（％）をヒストグラムに表した。ヒストグラム上に示した濃い青色の線は、各セルにおいてRPKM値＞0.1で検出されたトランスクリプトの数を表す。各ヒストグラムの下部に示された数字は、データが得られたシングルセルを含むウェルのICELL8 Chip上での対応する位置を示す。各シングルセルについて、安定したマッピングを得られたことが確認された。また、検出されたトランスクリプトの数に差が見られ、シングルセル間の発現の差を捉えることができている。

SMART-Seq ICELL8 Reagent Kit（製品コード 640202、640203、640204）

Box 1：	Control K-562 RNA (1 μg/μl)
Box 2：	ICELL8 Fiducial Mix (1X) Second Diluent (100X) RNase Inhibitor (40 U/μl) SMART-Seq ICELL8 CDS (100 μM) SMART-Seq ICELL8 Oligonucleotide (100 μM) SMART-Seq ICELL8 RT-PCR Buffer SMARTScribe Reverse Transcriptase (200 U/μl) Terra PCR Direct Polymerase Mix (1.25 U/μl) TRH (200 U/μl) MgCl2 SeqAmp CB PCR Buffer (2X) 5X Primer Mix Elution Buffer (10 mM)

SMART-Seq ICELL8 Indexing Primer Set-A（製品コード 640205）

Box 1：Plate 1 (SMART-Seq ICELL8 Forward Indexing Primer Set 1-72; ST1849)
Box 2：Plate 2 (SMART-Seq ICELL8 Reverse Indexing Primer Set 1-72; ST1850)

SMART-Seq ICELL8 Indexing Primer Set-B（製品コード 640218）

Box 1：Plate 1 (SMART-Seq ICELL8 Forward Indexing Primer Set 1-72; ST1849)
Box 2：Plate 2 (SMART-Seq ICELL8 Reverse Indexing Primer Set 73-144; ST2044)

SMARTer ICELL8 Collection Kit（製品コード 640048）

Collection Fixture
Collection Tube
Collection Film

SMARTer ICELL8 Loading Kit B（製品コード 640206）

Optical Imaging Film
RC Film
Blotting Paper

MSND 384-well Source Plate and Seals（製品コード 640018）

2 packs 384-Well Source Plate Seals (10 per pack)
1 pack 384-Well Source Plate (20 per pack)

Control K-562 RNA：－70℃
SMART-Seq ICELL8 Indexing Primer Set -A/-B：－70℃
SMARTer ICELL8 Collection Kit：室温
SMARTer ICELL8 Loading Kit B：室温
その他：－20℃