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DNA断片同士の末端15塩基の相同配列を融合させることでクローニングを行います。
使用する任意のベクターの末端配列を利用してクローニングを行うため、あらゆるベクターが使用でき、余分な配列が一切付加されず、しかもディレクショナルクローニングを行うことができる優れた手法です。
PCRクローニングを行えば、制限酵素も不要です。

Taq DNAポリメラーゼなどをベースとするPCR酵素を用いて得られた増幅産物のほとんどは、その3’末端にデオキシアデノシン（dA）が一塩基付加されています。
TAクローニングでは、3’末端にデオキシチミジン（dT）を一塩基付加したTベクターを使用し、PCR増幅産物のdA一塩基突出部分と相補的となることを利用して簡便にクローニングを行います。（インサートDNAの5’末端のリン酸化は不要です。）

制限酵素でベクタープラスミドとインサートDNAをそれぞれ切断した後、DNAリガーゼやライゲーション試薬を用いて連結させる方法です。遺伝子組換え実験の基本操作として長年利用されています。
ライゲーション効率の高さがクローニングの成功の鍵です。