Comparison of library preparation methods reveals their impact on interpretation of metatranscriptomic data.
Alberti, A. et al. BMC Genomics (2014) 15, 912.
混合済バクテリアの少量のtotal RNAから作製したライブラリーのシーケンスメトリクスを比較しています。SMARTer Stranded RNA-Seq Kitを含む4種類のcDNA合成およびIlluminaライブラリー調製プロトコールを試験しました。著者らは、メタトランスクリプトーム研究を用途とする場合、SMARTer Stranded RNA-Seq Kitが、ライブラリーの品質および収量について極めて高い性能を示すことを報告しました。
Transcriptomic analysis of the red seaweed Laurencia dendroidea (Florideophyceae, Rhodophyta) and its microbiome.
de Oliveira, L. et al. BMC Genomics (2012) 13, 487.
著者らは、海藻とマイクロバイオームのRNA-Seqを同時に実施し、紅藻のマイクロバイオームが有機物分解と窒素生成に重要な役割を果たすことを示しました。海藻のトランスクリプトームは、機能的活性を有する各種低分子の構成要素であるテルペンの生合成に関連する転写産物も含有していました。SMARTer Stranded RNA-Seq Kitの使用により、1回の調製で藻類とマイクロバイオームの両方の照合が可能でした。
Transcriptomic differentiation underlying marine-to-freshwater transitions in the South American silversides Odontesthes argentinensis and O. bonariensis (Atheriniformes).
Hughes, L. C. et al. Ecol. Evol. (2017) 7, 5258-5268.
海から内陸河川域（海水から淡水）に進入する魚種について、トランスクリプトームおよびマイクロバイオームの差異を検討しています。海水・淡水間の塩分濃度の急激な変化に耐えうる魚種は極めて少数です。この研究では、海水に生息する魚種と淡水に進入した魚種の間で、転写プロファイルおよびマイクロバイオームの構成にみられる差異を検討しました。研究チームは、魚の鰓組織を用いて、魚のトランスクリプトームとマイクロバイオームを、同じサンプル調製およびシーケンス解析実験で同時に解析することができました。この研究は、SMARTer Stranded RNA-Seq Kitのランダムプライミング法により実現しました。
Optimization of a metatranscriptomic approach to study the lignocellulolytic potential of the higher termite gut microbiome.
Marynowska, M. et al. BMC Genomics (2017) 18, 681.
微生物転写産物の2種類の濃縮アプローチを用いて、シロアリ腸管内のマイクロバイオームの構成を検討しています。シロアリ腸管内のマイクロバイオームは、植物由来の複雑な分子の分解に重要な役割を果たします。著者らは、この極めて調製が難しい種類のサンプルからRNAを分離し、ライブラリーを調製するためのワークフローを最適化しました。SMARTer Stranded RNA-Seq Kitを用いることにより、微量な濃縮RNAでも良好なトランスクリプトームデータを得ることができました。
Inflammatory determinants of pregravid obesity in placenta and peripheral blood.
Sureshchandra, S. et al. Front. Physiol. (2018) 9, 1089.
肥満妊婦で合併症発生率が相対的に高いことの生物学的機序を解明するため、非肥満妊婦と肥満妊婦の間で、母体のサイトカインおよび胎盤の遺伝子発現を比較しています。免疫系のシグナル伝達分子（サイトカインおよび成長因子）の濃度、母体の遺伝子発現、および胎盤マイクロバイオームの遺伝子発現を評価しました。この研究は、発現遺伝子と、免疫反応のシグナル伝達に関与する低分子の間の関連を検討することにより、不良な妊娠転帰に肥満が与える影響のさらなる理解に役立ちました。この研究の結果、妊娠前の肥満が全身性炎症の亢進および胎児への栄養輸送機構の調節異常に関連するという仮説が裏付けられました。遺伝子発現については、SMARTer Stranded RNA-Seq Kitシステムを用いた1個のライブラリー調製により、母体の遺伝子発現プロファイルとマイクロバイオームのトランスクリプトームの両方を同時に解析できました。母体のリボソームRNAはRiboGoneキットを用いて除去しました。
技術比較
Comparison of library preparation methods reveals their impact on interpretation of metatranscriptomic data.
Alberti, A. et al. BMC Genomics (2014) 15, 912.
著者らは、4種類のライブラリー調製方法、すなわち、SMARTer Stranded RNA-Seq Kit（タカラバイオ）、Ovation Encore Complete Prokaryotic（NuGEN）、Ovation RNA-Seq v2（NuGEN）、およびTruSeq Stranded Total RNA（Illumina）が、メタトランスクリプトームデータの解釈に与える影響を比較しました。低インプット量の微生物RNAの混合サンプルを用いた比較では、SMARTer Stranded RNA-Seq Kitは、最も迅速かつバイアスが最小で、最も再現性の高い方法であったことから、同キットは少量RNAからのライブラリー調製方法として最も優れていることが確認されました。
