空間トランスクリプトーム解析（全トランスクリプトーム空間解析）
使用文献
- A multi-modal single-cell and spatial expression map of metastatic breast cancer biopsies across clinicopathological features
Johanna Klughammer, Nature Medicine 30, pages3236-3249 (2024)
転移性乳癌生検のシングルセル解析およびシングル核解析の結果とSlide-seq（本解析技術）を含む4種の空間解析データと組み合わせて、空間発現特性を評価した。 - Systematic comparison of sequencing-based spatial transcriptomic methods
Yue You, Nature Methods 21, pages1743-1754 (2024)
シーケンスベースの空間トランスクリプトーム解析手法11種について、空間分解能、分子捕捉感度、分子拡散、マーカー遺伝子検出の点でプラットフォームを比較したベンチマーク試験。Slide-seq（本解析技術）は、RNAの拡散を抑え、マーカ遺伝子検出で高い感度を示した。
参考文献
＜原理＞
- Slide-seq: A scalable technology for measuring genome-wide expression at high spatial resolution
Samuel G. Rodriques, Science 363, pages1463-1467 (2019) - Highly sensitive spatial transcriptomics at near-cellular resolution with Slide-seqV2
Robert R. Stickels, Nature Biotechnology volume 39, pages313-319 (2021)
