Sal I

GenBank^® 登録各種DNA認識部位数一覧表

制限酵素Genome DNA Analysis Gradeについて、DNASISを用いて、GeneBankに登録されている各種シーケンスデータの中からその認識部位を検索し、生ずるであろうフラグメントの平均サイズを求めた。
赤字は、タカラバイオで販売している酵素です。

GenBank登録塩基数 R110.0 (98/12)＋Update (～'99/4/30)		Primate		Rodent		Other Mammalians		Other Vertebrate
GenBank登録塩基数 R110.0 (98/12)＋Update (～'99/4/30)		421,340,832 bp		67,418,996 bp		17,407,332 bp		27,237,394 bp

酵素名	認識配列	部位数ヵ所	平均サイズ bp	部位数ヵ所	平均サイズ bp	部位数ヵ所	平均サイズ bp	部位数ヵ所	平均サイズ bp
Aat II	GACGTC	16,995	24,792	4,448	15,157	1,611	10,805	2,442	11,154
Aor51H I	AGCGCT	18,909	22,283	6,808	9,903	1,605	10,846	3,358	8,111
Bgl I	GCCN5GGC	35,367	11,913	11,759	5,733	3,773	4,614	4,008	6,796
Bln I	CCTAGG	35,608	11,833	8,275	8,147	2,236	7,785	4,320	6,305
BspT104 I	TTCGAA	14,643	28,774	4,269	15,793	1,306	13,329	2,093	13,014
BssH II	GCGCGC	12,443	33,862	4,290	15,715	1,320	13,187	1,555	17,516
Bst1107 I	GTATAC	26,448	15,931	4,781	14,101	1,232	14,129	2,510	10,852
Cla I	ATCGAT	12,345	34,130	3,925	17,177	1,369	12,715	2,909	9,363
Cpo I	CGGWCCG	3,630	116,072	1,345	50,126	507	34,334	754	36,124
Dra I	TTTAAA	48,085	8,762	13,463	5,008	4,289	4,059	7,789	3,497
Eco52 I	CGGCCG	19,879	21,195	5,830	11,564	2,683	6,488	4,339	6,277
Fse I	GGCCGGCC	3,612	116,650	994	67,826	428	40,671	314	86,743
Mlu I	ACGCGT	5,065	83,187	1,659	40,638	455	38,258	998	27,292
Mun I	CAATTG	32,266	13,058	6,307	10,690	1,544	11,274	3,614	7,537
Nae I	GCCGGC	21,562	19,541	7,010	9,618	2,274	7,655	3,062	8,895
Nhe I	GCTAGC	23,684	17,790	6,211	10,855	1,050	16,578	2,221	12,264
Not I	GCGGCCGC	4,055	103,906	1,852	36,403	452	38,512	589	46,243
Nru I	TCGCGA	3,680	114,495	1,306	51,623	422	41,250	646	42,163
Nsb I	TGCGCA	15,571	27,059	5,631	11,973	1,494	11,651	2,078	13,108
PshB I	ATTAAT	37,939	11,106	9,161	7,359	4,126	4,219	6,536	4,167
Psp1406 I	AACGTT	17,371	24,255	3,621	18,619	1,107	15,725	2,355	11,566
Pvu I	CGATCG	3,340	126,150	1,691	39,869	357	48,760	848	32,120
Sac II	CCGCGG	17,274	24,392	5,240	12,866	2,849	6,110	3,301	8,251
Sal I	GTCGAC	7,254	58,084	2,506	26,903	813	21,411	1,827	14,908
Sfi I	GGCCN5GGCC	9,093	46,337	2,467	27,328	769	22,636	547	49,794
Sma I	CCCGGG	36,317	11,602	9,159	7,361	2,948	5,905	3,245	8,394
Smi I	ATTTAAAT	16,778	25,113	1,551	43,468	760	22,904	870	31,307
SnaB I	TACGTA	13,012	32,381	2,132	31,622	698	24,939	1,879	14,496
Spe I	ACTAGT	26,472	15,916	4,887	13,796	1,551	11,223	3,959	6,880
Sse8387 I	CCTGCAGG	14,827	28,417	3,640	18,522	1,045	16,658	1,183	23,024
Ssp I	AATATT	46,510	9,059	10,726	6,286	4,653	3,741	7,642	3,564
Xba I	TCTAGA	36,175	11,647	8,771	7,687	2,615	6,657	3,642	7,479
Xho I	CTCGAG	18,971	22,210	6,175	10,918	1,744	9,981	2,217	12,286

GenBank登録塩基数 R110.0 (98/12)＋Update (～'99/4/30)		Invertebrate		Plant		Bacterial		Viral		Bacteriophage
GenBank登録塩基数 R110.0 (98/12)＋Update (～'99/4/30)		202,566,658 bp		183,586,200 bp		140,681,318 bp		62,775,208 bp		3,323,951 bp

酵素名	認識配列	部位数ヵ所	平均サイズ bp	部位数ヵ所	平均サイズ bp	部位数ヵ所	平均サイズ bp	部位数ヵ所	平均サイズ bp	部位数ヵ所	平均サイズ bp
Aat II	GACGTC	15,372	13,178	14,408	12,742	21,065	6,678	6,458	9,721	204	16,294
Aor51H I	AGCGCT	12,107	16,731	11,143	16,475	14,499	9,703	4,719	13,303	319	10,420
Bgl I	GCCN5GGC	9,788	20,695	13,473	13,626	17,256	8,153	7,556	8,308	265	12,543
Bln I	CCTAGG	7,562	26,787	9,264	19,817	6,723	20,925	7,119	8,818	110	30,218
BspT104 I	TTCGAA	23,258	8,710	23,833	7,703	16,514	8,519	5,287	11,874	397	8,373
BssH II	GCGCGC	11,537	17,558	11,476	15,997	16,709	8,419	4,455	14,091	178	18,674
Bst1107 I	GTATAC	16,003	12,658	17,650	10,401	8,638	16,286	16,528	3,798	284	11,704
Cla I	ATCGAT	22,329	9,072	27,829	6,597	16,153	8,709	5,523	11,366	346	9,607
Cpo I	CGGWCCG	5,179	39,113	6,312	29,085	7,571	18,582	2,102	29,865	68	48,882
Dra I	TTTAAA	32,079	6,315	34,366	5,342	20,755	6,778	22,269	2,819	652	5,098
Eco52 I	CGGCCG	11,588	17,481	11,755	15,618	19,368	7,264	3,929	15,977	180	18,466
Fse I	GGCCGGCC	901	224,824	1,527	120,227	2,787	50,478	693	90,585	28	118,713
Mlu I	ACGCGT	10,745	18,852	9,641	19,042	15,591	9,023	3,639	17,251	214	15,532
Mun I	CAATTG	24,477	8,276	27,756	6,614	15,530	9,059	14,142	4,439	458	7,258
Nae I	GCCGGC	13,073	15,495	14,748	12,448	19,023	7,395	6,163	10,186	165	20,145
Nhe I	GCTAGC	9,874	20,515	16,024	11,457	9,452	14,884	5,416	11,591	188	17,681
Not I	GCGGCCGC	1,655	122,397	1,676	109,538	3,830	36,731	897	69,984	42	79,142
Nru I	TCGCGA	12,541	16,152	11,107	16,529	14,515	9,692	4,093	15,337	261	12,735
Nsb I	TGCGCA	15,222	13,307	12,175	15,079	18,868	7,456	5,207	12,056	294	11,306
PshB I	ATTAAT	30,044	6,742	30,854	5,950	19,399	7,252	21,525	2,916	561	5,925
Psp1406 I	AACGTT	19,522	10,376	20,057	9,153	15,852	8,875	5,237	11,987	433	7,677
Pvu I	CGATCG	14,081	14,386	12,287	14,941	15,443	9,110	3,056	20,542	196	16,959
Sac II	CCGCGG	11,088	18,269	14,305	12,834	23,842	5,901	4,930	12,733	125	26,592
Sal I	GTCGAC	14,935	13,563	14,835	12,375	12,075	11,651	4,926	12,744	215	15,460
Sfi I	GGCCN5GGCC	1,558	130,017	2,383	77,040	4,681	30,054	1,768	35,506	53	62,716
Sma I	CCCGGG	7,753	26,128	10,311	17,805	20,384	6,902	6,491	9,671	150	22,160
Smi I	ATTTAAAT	14,591	13,883	10,109	18,161	4,599	30,590	2,044	30,712	159	20,905
SnaB I	TACGTA	13,738	14,745	17,606	10,427	12,347	11,394	4,586	13,688	238	13,966
Spe I	ACTAGT	13,933	14,539	18,451	9,950	6,516	21,590	8,180	7,674	180	18,466
Sse8387 I	CCTGCAGG	1,725	117,430	1,562	117,533	2,725	51,626	1,515	41,436	62	53,612
Ssp I	AATATT	31,709	6,388	33,283	5,516	26,435	5,322	16,274	3,857	585	5,682
Xba I	TCTAGA	18,307	11,065	23,471	7,822	8,992	15,645	7,578	8,284	210	15,828
Xho I	CTCGAG	15,297	13,242	17,262	10,635	11,024	12,761	6,193	10,136	168	19,785

8塩基配列を認識する制限酵素について、同様にフラグメントの平均サイズを求めた。

GenBank登録塩基数 R110.0 (98/12)＋Update (～'99/4/30)		Primate		Rodent		Other Mammalians		Other Vertebrate
GenBank登録塩基数 R110.0 (98/12)＋Update (～'99/4/30)		421,340,832 bp		67,418,996 bp		17,407,332 bp		27,237,394 bp

酵素名	認識配列	部位数ヵ所	平均サイズ bp	部位数ヵ所	平均サイズ bp	部位数ヵ所	平均サイズ bp	部位数ヵ所	平均サイズ bp
Asc I	GGCGCGCC	1,619	260,248	517	130,404	133	130,882	154	176,866
Fse I	GGCCGGCC	3,612	116,650	994	67,826	428	40,671	314	86,743
Not I	GCGGCCGC	4,055	103,906	1,852	36,403	452	38,512	589	46,243
Pac I	TTAATTAA	13,033	32,329	1,273	52,961	494	35,238	789	34,521
Pme I	GTTTAAAC	4,719	89,286	555	121,476	172	101,205	431	63,196
Sfi I	GGCCN5GGCC	9,093	46,337	2,467	27,328	769	22,636	547	49,794
Sgf I	GCGATCGC	322	1,308,512	170	396,582	27	644,716	57	477,849
SgrA I	CRCCGGYG	-	-	1,616	41,720	454	38,342	790	34,478
Smi I	ATTTAAAT	16,778	25,113	1,551	43,468	760	22,904	870	31,307
Srf I	GCCCGGGC	5,261	80,088	1,295	52,061	366	47,561	270	100,879
Sse8387 I	CCTGCAGG	14,827	28,417	3,640	18,522	1,045	16,658	1,183	23,024

GenBank登録塩基数 R110.0 (98/12)＋Update (～'99/4/30)		Invertebrate		Plant		Bacterial		Viral		Bacteriophage
GenBank登録塩基数 R110.0 (98/12)＋Update (～'99/4/30)		202,566,658 bp		183,586,200 bp		140,681,318 bp		62,775,208 bp		3,323,951 bp

酵素名	認識配列	部位数ヵ所	平均サイズ bp	部位数ヵ所	平均サイズ bp	部位数ヵ所	平均サイズ bp	部位数ヵ所	平均サイズ bp	部位数ヵ所	平均サイズ bp
Asc I	GGCGCGCC	784	258,376	790	232,388	3,383	41,585	1,006	62,401	31	107,224
Fse I	GGCCGGCC	901	224,824	1,527	120,227	2,787	50,478	693	90,585	28	118,713
Not I	GCGGCCGC	1,655	122,397	1,676	109,538	3,830	36,731	897	69,984	42	79,142
Pac I	TTAATTAA	11,244	18,016	9,053	20,279	3,598	39,100	1,091	57,539	166	20,024
Pme I	GTTTAAAC	3,319	61,032	3,068	59,839	1,677	83,889	769	81,632	79	42,075
Sfi I	GGCCN5GGCC	1,558	130,017	2,383	77,040	4,681	30,054	1,768	35,506	53	62,716
Sgf I	GCGATCGC	1,253	161,665	633	290,026	4,192	33,559	352	178,339	33	100,726
SgrA I	CRCCGGYG	9,650	20,991	16,747	10,962	17,575	8,005	5,093	12,326	98	33,918
Smi I	ATTTAAAT	14,591	13,883	10,109	18,161	4,599	30,590	2,044	30,712	159	20,905
Srf I	GCCCGGGC	578	350,461	604	303,951	2,487	56,567	595	105,505	18	184,664
Sse8387 I	CCTGCAGG	1,725	117,430	1,562	117,533	2,725	51,626	1,515	41,436	62	53,612

SgrA Iは特殊な検索条件のため、Primateに対する認識部位数が確認できませんでした。

Sal I

Sal I

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