リンカーライゲーション
（アダプターライゲーション）
●プラスミドベクターにリンカーを挿入する場合は、プラスミドベクターへの外来DNAの挿入の方法と同じである。脱リン酸化ベクターにリン酸化リンカーを挿入する場合は、リン酸化リンカーをベクターの10～100倍量（モル比）加えて反応する。脱リン酸化していないベクターを用いる場合には、100倍以上のリンカーを加えて反応する 。
●DNA断片の両末端にリンカー（またはアダプター）を結合する場合（cDNAリンカーライゲーション等）
（1）結合したいDNAフラグメント（0.01～0.1 pmol）の100倍量以上のリンカー（またはアダプター）（モル比）を加えた溶液5～10μl*を用意する。
（2）
Ver.1の場合
等量のB液を加えよく混合し、16℃で30分間反応させる**。
Ver.2の場合
（1）のDNA溶液と等量のII液（5～10 μl）を添加し、よく撹拌する。（1）のDNA溶液の2倍量のI液を加えよく混合し、16℃で30分間反応させる**。
（3）70℃で10分間熱処理し、酵素を失活させる。その後、制限酵素での切断を行う場合は、一度エタノール沈殿によりDNAを回収して、バッファー交換した後行う。 * Ver.1の場合、DNA溶液は、100 mM Tris-HCl（pH7.6）、5 mM MgCl2、100 mM NaClに調製すること。
** リンカーが不安定な構造（AT配列が多い、短い（～8 base）リンカー）の場合には、反応温度を下げて（＜10℃）1～2時間反応する。
●DNA断片の両末端にリンカー（またはアダプター）を結合する場合（cDNAリンカーライゲーション等）
（1）結合したいDNAフラグメント（0.01～0.1 pmol）の100倍量以上のリンカー（またはアダプター）（モル比）を加えた溶液5～10μl*を用意する。
（2）
Ver.1の場合
等量のB液を加えよく混合し、16℃で30分間反応させる**。
Ver.2の場合
（1）のDNA溶液と等量のII液（5～10 μl）を添加し、よく撹拌する。（1）のDNA溶液の2倍量のI液を加えよく混合し、16℃で30分間反応させる**。
（3）70℃で10分間熱処理し、酵素を失活させる。その後、制限酵素での切断を行う場合は、一度エタノール沈殿によりDNAを回収して、バッファー交換した後行う。 * Ver.1の場合、DNA溶液は、100 mM Tris-HCl（pH7.6）、5 mM MgCl2、100 mM NaClに調製すること。
** リンカーが不安定な構造（AT配列が多い、短い（～8 base）リンカー）の場合には、反応温度を下げて（＜10℃）1～2時間反応する。
